Безусловно, «Черные птицы» были очень необычными летательными аппаратами. Соответственно, и испытания они проходили необычные. Например, на режимах крейсерского полета отключали систему повышения устойчивости. Сейчас это представляется дикостью, так как почти со 100% вероятностью ведет к разрушению машины, а тогда люди просто хотели посмотреть, что из этого получится. Правда, в итоге выяснили аэродинамические коэффициенты, присущие самолету такой компоновки. В общем, перед передачей машины в эксплуатацию старались «прощупать» ее как можно более тщательно, несмотря на дефицит времени. И все же многие испытательные программы продолжали выполнять, когда самолет уже вовсю летал на боевые задания. Тогда же решили проблемы с воздухозаборниками, двигателями, разведывательной аппаратурой и добились нужной дальности полета. Официально 2 первых этапа испытаний SR-71 (аналоги соответствующих этапов советских Государственных совместных испытаний) завершились лишь в мае 1972 г. По их результатам в аэродинамику самолета внесли небольшое изменение – уменьшили наклон носка фюзеляжа до кабины пилота на 2°, что несколько улучшило продольные характеристики.
По воспоминаниям «Келли» Джонсона, ВВС ко всем проблемам доводки самолета относились «с большим пониманием». Правда, доводили его все-таки в варианте разведчика – главный идеолог его ударных функций генерал Лемэй в феврале 1965 г. вынужден был уйти в отставку из-за несогласия с политикой, которую администрация Линдона Джонсона проводила во Вьетнаме. Но название самолета в очередной раз менять не стали – наверное, надоело перепечатывать документацию. Тем не менее, военные еще не раз возвращались к идее превращения SR-71 в бомбардировщик. Так, в апреле 1965 г. вариант под фирменным обозначением В-71 был представлен группе генералов ВВС – руководство «Локхида» стремилось использовать ситуацию, когда программа В-70 уже была закрыта, a FB-111 все еще оставался экспериментальным самолетом с неопределенными перспективами. В декабре 1967 г. высших чинов SAC ознакомили с проектом еще одной «Черной птицы» – высотным бомбардировщиком FB-12. Эти проекты развития не получили, так как в то время традиционно сильное лобби «Локхида» в Конгрессе существенно ослабло.
К концу 1967 г. все заказанные экземпляры SR-71 были построены – 31 самолет, включая 29 боевых SR-71A (сер. №№ с 64-17950 по 64-17955 и с 64-17958 по 64-17980) и 2 учебно-тренировочных SR-71B (сер. №№ 64-17956 и 64-17957) (Иногда эти номера пишут в сокращенном варианте. Например, вместо 64-17958 пишут 61-7958). Их передали ВВС, за исключением машины, разбившейся на испытаниях. Еще несколько месяцев продолжались переговоры о новом заказе, но 5 марта 1968 г. они завершились ничем. «Локхид» получил лишь контракт на сопровождение в эксплуатации уже построенных машин.
Над «горячими точками»7 января 1966 г. Рэй Хаупт (Ray Haupt) и Доуг Нельсон (Doug Nelson) перегнали первую «Черную птицу» из Папмдейла на базу ВВС Биэль (Beale AFB) в Калифорнии. Это был SR-71B (сер. № 64-17956) с поднятой кабиной инструктора, сдвоенным управлением и несколько упрощенным оборудованием. 4 апреля на Биэль прибыл и первый SR-71A (сер. № 64-17959). Обе машины зачислили в специально сформированное 4200-е стратегическое разведывательное авиакрыло (4200th SRW). 22 июня эту часть преобразовали в 9th SRW, две эскадрильи которого – 1 -я и 99-я – приступили к регулярной эксплуатации «Черных птиц». Помимо SR-71, на вооружение крыла поступили 16 учебно-тренировочных самолетов Т-38, предназначенных для поддержания навыков пилотирования у летного состава. С разведчиками взаимодействовали танкеры KC-135Q из 907-й заправочной эскадрильи (907th ARS) 456-го бомбардировочного авиакрыла (456th BW). Это был новый вариант КС-135, оснащенный системами, которые могли работать с топливом JP-7. Соответственно. SR-71 могли дозаправляться только от KC-135Q, которых в 907-й эскадрилье насчитывалось 30 единиц.
SR-71 А (сер. № 64-17960) из 9-го стратегического разведывательного авиакрыла. Авиабаза Мидленхолл (Великобритания), июль 1986 г.