Все тренировочные полеты «Черных птиц» проходили тогда над континентальной частью США, в том числе и над крупными городами. Самолеты генерировали ударные волны, которые, несмотря на большую высоту полета, доходили до земли. От возмущенного населения пошли письма с жалобами на гром, периодически возникавший при ясном небе. Некоторое время официальные лица ВВС хранили молчание, но поток возмущений все возрастал, причем наибольшую активность проявляли жители Лос-Анджелеса. В конце концов, 10 июля 1967 г. ВВС признали, что сотрясавшие город звуковые удары вызваны стратегическими самолетами-разведчиками SR-71 и выразили готовность возместить убытки за любые разрушения, возникшие в их результате. Общественность немедленно отреагировала на это заявление – за месяц было подано 564 жалобы и 66 судебных исков на сумму 35000 USD. Вслед за Лос-Анджелесом потянулись иски из Сан-Франциско, Нью-Йорка, Чикаго, Сент-Луи и других городов. В общем, ВВС «попали на конкретные бабки», которые, впрочем, легко растворились в огромных общих затратах на эксплуатацию SR-71.
Как только все, что связано с организацией и выполнением полетов, было в достаточной мере отлажено, SR-71 отправили на Окинаву, где в тот момент как раз завершали свою работу «цереушные» А-12. В период с 8 по 13 марта 1968 г. три SR-71A (сер. №№ 64-17978, 64-17979 и 64-17974) перелетели на базу Кадена, Эти самолеты вместе с летным и техническим составом образовали так называемое «Подразделение I» 9-го авиакрыла. В дальнейшем летный состав на Окинаве менялся каждые 70 дней. Японцы дали самолетам прозвище «Хабу» (Habu) – за тонкий силуэт, сходный, по их мнению, с местной ядовитой змеей хабу. Название пришлось по душе экипажам разведчиков и получило распространение даже среди личного состава 9-го крыла, никогда не бывавшего на Окинаве. Положение этого острова позволяло «Подразделению I» контролировать советский Дальний Восток, Китай, Вьетнам, Корею. Полеты в этих районах требовали не только использования всех выдающихся возможностей SR-71, но и применения систем радиоэлектронной борьбы, которые были установлены на самолеты в конце 1967 г,
21 марта м-ры Джером О'Малли (Jqrome O'Mailey) и Эдвард Пайн (Edward Payne) совершили с базы Кадена первый разведывательный полет на SR-71A (сер. №64-17976) над Северным Вьетнамом. В дальнейшем подобные рейды выполняли от одного до трех раз в неделю. Взлет обычно назначался на 10.00-14.00 ч местного времени в зависимости от погодных условий. Самолет набирал скорость, высоту и ложился на курс, оставляя Тайвань с правого борта, Лусон с левого, у острова Хайнань поворачивал на боевой курс, пересекал Тонкинский залив и входил в воздушное пространство Вьетнама в районе Хайфона. Дальше маршрут вел к Ханою и через территорию Лаоса в Таиланд. По пути SR-71А иногда непроизвольно забирались в воздушное пространство КНР – Вьетнам оказался маловат для разворотов столь скоростного самолета. Над Таиландом, в окрестностях авиабазы Карат, разведчик дозаправлялся от KC-135Q и ложился на обратный курс, нередко вновь пролетая над ДРВ и ведя фотосъемку. За один полет разведчик фотографировал несколько сотен объектов, от отдельных танков до лагерей военнопленных американцев. В частности, перед неудачной операцией «зеленых беретов» по освобождению пленных из лагеря Сон Тай «Черная птица» произвела фотосъемку предполагаемого места содержания заключенных.
Погодные условия не всегда позволяли самолетам лететь на оптимальной высоте порядка 23000 м. В сезон дождей летчикам зачастую приходилось «подныривать» под тучи. Вьетнамцы неизменно пользовались этим, пытаясь сбить разведчиков огнем ЗРК; по американским данным, по SR-71A было выпущено несколько сотен зенитных ракет, но безуспешно. Считается, что это результат эффективной работы установленной на SR-71 аппаратуры противодействия, ослеплявшей радиолокатор системы наведения основного вьетнамского ЗРК С-75. После каждого вылета на борту SR-71 появлялось белое изображение змейки хабу. Большинство экипажей из числа первых летавших с Окинавы удостоены креста «За летные заслуги».