1990-е гг были периодом упадка в гражданской авиации на постсоветском пространстве, резкого сокращения объема перевозок на авиалиниях, в том числе местных. Тем не менее, Як-40 продолжали летать на регулярных рейсах, наиболее активно в России, как между крупными городами, так и небольшими районными центрами. 12 июня 2000 г открылся регулярный рейс Москва-Минск, выполнявшийся на Як-40 Орловского авиапредприятия совместно с авиакомпанией «Трансаэро». Некоторые авиакомпании стали использовать Як-40 для чартерных полетов в служебном варианте. Так, в середине 2000 г авиакомпания «Авиалайн» начала полеты на Як-40 VIP между областными центрами Центральной России по программе «Воздушное такси». Наконец, некоторые крупные частные компании («Газпром», «ЛУКОЙЛ», «АвтоВАЗ») приобретали для своего руководства самолеты Як-40, переоборудованные в VIP- варианты по спецзаказам.
Немало Як-40 осталось и в постсоветских странах. Свыше четырех десятков Як-40 унаследовал Казахстан, где они использовались авиакомпанией Kazakhstan Airlines и другими эксплуатантами. В Узбекистане около трех десятков Як-40 эксплуатировались в Uzbekistan Airlines. Более двух десятков Як-40, оказавшихся в Украине, работали сначала в «Авиалиниях Украины», а затем и в небольших новых региональных авиапредприятиях или как административные самолеты в различных структурах. По состоянию на 1997 г два десятка Як-40 числились в Таджикистане. Около полутора десятков работали в Азербайджане, более чем по десятку машин получили Грузия, Киргизия, около десятка оказалось в Белоруссии, столько же в Туркмении, по нескольку машин — в Латвии, Литве, Эстонии, Армении, Молдове (цифры округлены ввиду разночтений в источниках). За прошедшие два десятилетия число Як-40 в указанных странах неуклонно сокращалось. Например, по данным справочника JP Airline Fleets, на 2012 г Як-40 уже не числились в парке авиакомпаний Азербайджана, Грузии, Узбекистана, Эстонии.
В целом география распространения Як-40 существенно расширилась в основном за счет реэкспорта, а также аренды из государств, образовавшихся на руинах СССР. Вот алфавитный перечень стран дальнего зарубежья, где появились Як-40 за последние 20 лет: Албания, Бенин, Боливия, Бразилия, Венесуэла, Гватемала, Гондурас, Иран, Либерия, Ливия, Нигерия, Перу. Португалия, Руанда, Сан-Томе, Свазиленд, Словакия, Судан, Сьерра-Леоне, Филиппины, ЦАР, Шри-Ланка. Во многих случаях речь шла о краткосрочной аренде одиночных самолетов, однако в таких странах, как Иран и Ливия, Як-40 использовались в весьма значительных количествах (Иран — более 15) и на протяжении ряда лет.
В 1992 г ставшее открытым акционерным обществом ОКБ им. А.С. Яковлева и Смоленский авиазавод реализовали проект доработки Як-40 и Як-40К в варианты ЯК-40Д и ЯК-40КД, где буква «Д» означала «дальний». Самолеты оборудовали двумя дополнительными крыльевыми топливными баками-кессонами (отсеки № 5) емкостью по 800 кг, что увеличивало общую емкость топливной системы почти до 6000 кг Одновременно они оснащались системой централизованной заправки и дискретным топливомером для измерения количества топлива в дополнительных баках и управления централизованной заправкой. Максимальная взлетная масса для таких самолетов была установлена 17200 кг Максимальная дальность полета возрастала до 2500 км, но при ограничении коммерческой нагрузки, и «дальний» вариант оправдывал себя только для VIP-салонов. «Дополнение к РЛЭ самолета Як-40 по особенностям летной эксплуатации самолетов ЯК-40Д и ЯК-40КД (для проведения испытаний)» было утверждено в сентябре и октябре 1992 г Ряд машин был доработан до стандарта Як-40Д и Як-40КД. Например, ЯК-40Д, зав. №№ 9510738, 9620847, 9231723 (соответственно RA- 87334, RA-88170, RA-87807); Як-40КД, зав. № 9840259 (RA-21506).
С 1996 г Смоленский завод стал предлагать еще одно направление модернизации, заключавшееся в переоборудовании салонов Як-40 с учетом индивидуальных пожеланий заказчиков и применением современных отделочных материалов и дизайнерских решений. Был отработан целый ряд новых компоновок Як-40 в VIP-исполнении или вариантах бизнес-класса с числом мест от 12 до 16, а также новых компоновок салона для пассажирских перевозок на 24–36 мест.
В настоящее время для обеспечения эксплуатации в Европе предусмотрена установка на Як-40 дополнительного навигационно-пилотажного оборудования, которое позволяет выполнять полеты в соответствии с требованиями зональной навигации (BRNAV RNP-5): системы спутниковой навигации (GPS), системы предупреждения опасного сближения самолетов в воздухе (TCAS), системы раннего предупреждения близости земли (EGPWS). Ведутся работы по поддержанию летной годности и увеличению назначенного ресурса самолета до 40 тыс. летных часов, 35 тыс. полетов, назначенного срока службы до 38 лет, межремонтного срока службы до 18 лет.
В 1992 г в ОКБ им. А.С. Яковлева появился документ «Технико-экономическое обоснование модернизации самолетов Як-40», подписанный руководителем темы главным конструктором С.А. Яковлевым, сыном основателя фирмы. В нем рассматривались возможности замены трех АИ-25 на три двигателя аналогичной тяги западного производства или два двигателя с тягой порядка 3000 кгс каждый. Отмечалось, что при использовании трех двигателей подходят Garrett TFE731, а при использовании двух — LF507 фирмы Textron Lycoming.
Раскапотированный правый двигатель АИ-25
Техобслуживание самолета «Южных Авиалиний». Одесса, 12 апреля 2006 г.
Осмотр антенны РЛС «Гроза» на Як-40 авиакомпании «Туркменистан». Минск, 1994 г.
Казахстанский парк Як-40 был вторым по численности на постсоветском пространстве
Второй вариант рассматривался как предпочтительный. Создаваемый в его рамках самолет получил обозначение Як-40Ти (TL — Textron Lycoming). На нем предполагалось установить два двигателя LF507-1H тягой по 3175 кгс, снабженные устройствами реверса тяги. Считалось, что таким образом можно будет переоснастить все Як-40 или значительную часть их парка. При 32-местном пассажирском салоне новые двигатели обещали снижение удельного расхода топлива и увеличение на 10–12 % крейсерской скорости, возрастание дальности полета на 25 %, уменьшение эксплуатационных расходов на 20 % по сравнению с исходным вариантом. Кроме того, разработчики рассчитывали улучшить характеристики самолета в условиях эксплуатации с высокогорных аэродромов и при повышенных температурах наружного воздуха.
На выставке «Фарнборо-92» с отделением газотурбинных двигателей компании «Текстрон Лайкоминг» был подписан меморандум о взаимопонимании, формально открывавший совместную программу Як-40TL. В 1994 г работы по ней продолжались. Одновременно планировалось заменить устаревшую авионику на современное оборудование фирм Bendix King или Collins. Однако из-за невозможности дальнейшего финансирования работы над Як-40TL были прекращены.
В конце 1990-х гг. свой проект модернизации Як-40 предложило и Тбилисское авиационное объединение. Руководство завода рассчитывало, что сборка модернизированного Як-40 обеспечит стоявшее в те годы предприятие работой. Разработка проекта велась в сотрудничестве с канадской фирмой Kelowna Flightcraft. На встрече с ее представителями, состоявшейся в июне 1999 г. в США, речь шла об установке на Як-40 двигателей американского производства при сокращении их количества до двух. До реализации проекта дело так и не дошло.