Интересно отметить, что, по оценкам ОКБ и МГА, по состоянию на 1976 г Як-40 хорошо показал себя в эксплуатации и с экономической стороны. В целом рентабельность Як-40 оценивалась в 5,6 % против 1 % на Ил-14 и убытка на Ли-2. Ситуация изменилась позже в связи с всеобщим повышением цен на нефть и нефтепродукты. Вот тогда-то за Як-40 закрепилось прозвище «истребитель керосина» — намек на «прожорливость» двигателей АИ-25.
Самолеты Як-40 в Аэрофлоте не только перевозили пассажиров и грузы, но и выполняли другие работы в интересах народного хозяйства. В частности, в целях борьбы с браконьерством они привлекались к патрулированию рыболовной и морской экономической зоны на Дальнем Востоке. Як-40 успешно эксплуатировался в условиях высоких широт при низких температурах, хотя и возникали некоторые проблемы, такие как интенсивное обмерзание потолочной части кабины, сложности с обогревом стекол пилотской кабины, образование инея и льда натягах и роликах рулей высоты и направления.
Повышению надежности и долговечности самолетов Як-40, безопасности их использования служила, в частности, опережающая по налету эксплуатация самолетов-лидеров зав. №№ 9840101 и 9840202 (СССР-87677 и -87682) и исследование технического состояния самолетов головной группы. В этой группе по приказу МГА в марте 1971 г собрали 12 машин, каждая из которых должна была ежегодно нарабатывать на авиалиниях не менее 1500 летных часов и столько же посадок. Кроме того, велись эксплуатационные испытания самолета Як-40 № 87674 (зав. N9 9820900) с опережающей наработкой на 20 % по сравнению с самолетами головной группы.
В целом Як-40 показал себя как надежная машина, но некоторые проблемы в эксплуатации все же возникали. Так, летом 1975 г были обнаружены опасные дефекты в системе управления — трещины качалок РВ и PH. В 1974 г были выявлены массовые трещины верхних панелей крыла, что потребовало их усиления. Продолжали происходить отказы систем и агрегатов двигателя АИ-25.
В ГосНИИ ГА проводились исследования по проблеме самопроизвольного увода стабилизатора, а также повышения надежности системы управления стабилизатором. В 1974 г были проведены важные исследования по уточнению диапазона центровок самолета в связи с появлением в эксплуатации Як-40 в 32-местном варианте и введением в состав экипажа бортпроводника. Центровки стали более передними, что вызывало небалансируемые тянущие усилия на штурвале при заходе на посадку.
В 1975 г в ГосНИИ ГА был предъявлен на контрольные испытания самолет с доработанным рулем высоты (увеличена аэродинамическая компенсация), благодаря этому ожидалось значительное уменьшение усилий на штурвале.
Велась постоянная работа по увеличению ресурса Як-40. К 1975 г парку самолетов Як-40 был установлен назначенный ресурс 10000 полетов. На основе лабораторных исследований было высказано мнение, что по запасам выносливости самолет Як-40 может эксплуатироваться примерно до 30000-35000 полетов.
Як-40, побывавший на авиасалоне в Ле Бурже, на одном из северных аэродромов
Як-40 ранних серий выпуска на пневмоподъемниках после вынужденной посадки
Як-40 (зав. № 0108) — один из ранних серийных, еще без реверса тяги
Что касается межремонтного ресурса, то самолеты первых серий имели гарантийный ресурс 1500 посадок и срок службы 1,5 года. В результате исследований, проведенных в ГосНИИ ГА, приказом МГА № 127 от 30 марта 1972 г самолетам Як-40 был установлен ресурс до 1-го ремонта 5000 летных часов, 6000 посадок и срок службы 5 лет. В июле 1973 г. МГА своим приказом установило для Як-40 временный назначенный ресурс 10000 летных часов (посадок). Для самолетов- лидеров эта цифра была увеличена до 12000 посадок.
О дальнейшем развитии дел в данном вопросе заместитель главного конструктора самолета Евгений Адлер в 1994 г писал: «В назначенный первоначальный ресурс двадцать тысяч летных часов и столько же посадок самолет легко укладывался в ходе эксплуатации. По ревизии его состояния ресурс последовательно увеличивали до тридцати, а потом и до тридцати двух тысяч часов. До двадцати пяти тысяч возросло количество посадок. Срок летной годности с двадцати был увеличен до двадцати пяти лет эксплуатации». Видимо, он продлевался и далее.
Як-40 использовался и силовыми ведомствами СССР, хотя и в ограниченных масштабах. «Салоны» Як-40 несли службу в ВВС и других силовых структурах.
Летные характеристики Як-40 позволили использовать его для установления авиационных рекордов. Первыми здесь оказались пилоты Чехословакии. В 1979 и 1980 гг они установили на нем сразу 12 высших мировых достижений, в том числе мировой рекорд высоты без груза и с грузом 1 и 2 т В Советском Союзе 23 и 24 апреля 1981 г летчики-испытатели С.Е. Савицкая и ГГ. Корчуганова установили на Як-40 мировые достижения по поднятию максимального груза на высоту 2000 м. В частности, были подняты 5 т в подклассе транспортных самолетов С-1-i.
Рассказывая о Як-40, нельзя умолчать о том, что в его карьере (как, впрочем, в карьере большинства самолетов) были не только светлые, но и печальные страницы. Особую главу в биографии Як-40 составляют случаи повреждения или гибели самолетов и людей в результате военных действий, террористических актов и тому подобных обстоятельств.
Самолеты Як-40 не раз оказывались в «горячих точках». Так, 17 марта 2011 г ливийские Як-40 5A-DKG и 5A-DKM были повреждены на стоянке в Бенгази в ходе развернувшейся в стране гражданской войны. Российский Як-40 RA-87999 в 1996 г был ликвидирован выстрелом из гранатомета на стоянке в Монровии в ходе гражданской войны в Либерии. 19 марта 1976 г сирийский Як-40 YK-AQC был уничтожен на стоянке в Бейруте в результате теракта. В Афганистане два местных Як-40 УА-КАВ и YA-KAF были уничтожены минометным огнем на стоянке в аэропорту Кабула 1 августа 1992 г. Ангольский правительственный самолет Як-40 D2-TYC 8 июня 1980 г был случайно сбит в районе Матала ракетой размещенных в Анголе кубинских сил ПВО, целившихся в американский самолет.
Уникальный в своем трагизме и в своей нелепости случай произошел в ходе гражданской войны в Таджикистане. 28 августа 1993 г самолет компании «Точикистон» Як-40 с бортовым номером 87995 прилетел в Хорог, захваченный боевиками, чтобы вывезти из города группу беженцев. Когда началась посадка, боевики, угрожая оружием, начали сажать людей на борт по своему усмотрению. В общей сложности в 28-местный салон поместили 81 человек, включая 14 детей. Авиалайнер был перегружен на целых 3 тонны, поэтому экипаж поначалу отказался взлетать, однако после угрозы расстрела вынужден был согласиться.