«Порт Фэйри» в тот раз избежал попаданий, но вечером 12 июля он был атакован двумя «Кондорами», возвращавшимися из разведывательного полета. Все усилия экипажей пары американских летающих лодок «Каталина», прикрывавших пароход, отогнать непрошеных гостей оказались тщетными. В первом же заходе одна бомба поразила кормовую часть «Порт Фэйри», выведя из строя рулевой механизм. «Фокке-Вульфы» выполнили еще два захода, но новых попаданий не добились, и почти неуправляемый пароход сумел преодолеть 500 миль до Касабланки. За июльские успехи 40-й эскадре пришлось заплатить шестью FW 20 °C: два стали жертвами британских истребителей, один пропал без вести, а еще три разбились при посадках.
В следующем месяце были потеряны еще шесть «Кондоров». Из них четыре сбил противник, один затонул после вынужденной посадки на воду и еще один был интернирован в Испании. При этом собственные результаты оказались бледной тенью на фоне удачного июля — повредить удалось лишь два судна (13879 брт).
В сентябре потери были меньше: 2-го числа один «Кондор» сбили зенитки британских кораблей в Арктике, а другой не вернулся из боевого вылета 22 сентября. При этом FW 20 °C выполнили 8 атак по надводным целям, потопив транспорт «Форт Барбайн» (7135 брт) и повредив эсминец «Уинчелси».
1 октября 1943 г. «Кондоры» предприняли последний бомбовый налет против конвоя. В тот день 18 машин вылетели на поиск конвоя MKS 25, но из-за крайне плохой погоды найти его смогли лишь три экипажа. Все сброшенные бомбы упали мимо целей. При возвращении на базу один «Фокке-Вульф» разбился. До конца октября по той же причине было потеряно еще 3 самолета.
В ноябре 1943 г. «Кондоры» лишь эпизодически появлялись над Северной Атлантикой. Причиной снижения активности стали плохие погодные условия, постоянное присутствие в охранении конвоев эскортных авианосцев и активизация истребителей дальнего действия противника. Последние смогли отличиться 20 ноября, когда «Бофайтер» из 307-й (польской) эскадрильи Королевских ВВС в районе к западу от мыса Ортегаль сбил FW 20 °C-5. Весь его экипаж, возглавляемый гауптманом Хорстом Лукштедтом (Horst Luckstedt), погиб. В том же месяце были потеряны еще два «Кондора».
FW 20 °C-4 из группы I/KG 40 выходит в атаку
3 декабря 1943 г. командующий авиацией Атлантики направил в штаб люфтваффе рапорт, подводящий итог боевому применению «Кондора»: «Ввиду недостаточного вооружения FW 200 не может использоваться в районах, лежащих в пределах радиуса действия вражеских истребителей сухопутного базирования. Схватки между такими истребителями и FW200 в условиях умеренной облачности почти всегда ведут к уничтожению FW200. Дальнейшее развитие FW 200 лишено смысла, поскольку он достиг пределов своих возможностей и должен быть заменен Не 177».
Ко времени составления цитируемого рапорта группа 1/КС40уже почти полностью перевооружилась на Не 177, a III/KG 40, в ноябре 1943 г. передислоцированная из Бордо-Мериньяк в Коньяк, продолжала летать на FW 20 °C, неся серьезные потери. За декабрь убыль составила пять «Кондоров». Один из них совершил вынужденную посадку в Ирландии, где его экипаж был интернирован, один разбился под Лиможем, а еще три погибли в боевых вылетах. Особо примечательный бой состоялся 28 декабря — в ходе него FW 20 °C-4 был сбит… четырехмоторной летающей лодкой Sunderland!
В начале 1944 г. патрульные полеты «Кондоров» участились — в связи с разворачивавшимся подводным наступлением они вели интенсивную разведку акваторий, лежащих на стыке Северного моря и северной части Атлантического океана. В марте основным районом операций FW 20 °C стают окрестности Лофотенских о-вов. Потери были относительно редкими: в январе погиб только один «Кондор», в марте — три, причем все в последний день месяца. В дальнейшем интенсивность боевых операций группы III/KG 40 существенно снизилась, а после высадки союзников в Нормандии ее передислоцировали в Норвегию, на аэродром Тронхейм-Вернес.
В начале июля 1944 г. один FW 20 °C-3 участвовал в уникальной операции на Земле Александры — одном из островов архипелага Земля Франца-Иосифа, где с сентября 1943 г. действовала немецкая военная метеостанция с персоналом из десяти человек. В начале июля почти все они, за исключением вегетарианца Хоффманна (Hoffmann), отравились мясом белого медведя. Состояние больных ухудшалось с каждым часом. Требовалось доставить на остров врача с необходимыми лекарствами.
7 июля в 16.30 с северонорвежского аэродрома Банак поднялся в воздух «Кондор», управляемый экипажем обер- лейтенанта Карла-Хейнца Штанке (Karl- Heinz Stahnke). На борту находился военно-морской врач доктор Вендт (Wendt). Первые 700 км маршрута выдерживать курс помогали сигналы радиомаяка в Банаке, а дальше все зависело от мастерства штурмана фельдфебеля Рейнхольфа Вешлера (Reinholf Weschler). Он сумел точно вывести самолет к метеостанции, где авиаторы обнаружили импровизированную взлетно-посадочную полосу, обозначенную дымами. Но ее длина не превышала 650 м, а когда самолет снизился, то авиаторы заметили, что поверхность ВПП слишком неровная.
Тогда Штанке решил отыскать более подходящее местодляпосадки. Примерно в 5 км от метеостанции находилась достаточно ровная площадка, покрытая галькой. И хотя Хоффманн предупредил по радио, что выбранный пилотом район является подмокшим, Штанке решил садиться. Чтобы определить направление ветра в пробном заходе была сброшена дымовая шашка. Наконец, в 22.30 колеса «Фокке-Вульфа» коснулись земли. Но злоключения только начинались. На пробеге острый камень пробил правое внутреннее колесо, и, преодолев около 400 м, самолет застрял в подмокшем грунте. Его хвостовая часть резко поднялась вверх, а затем ударилась о землю, вследствие чего сломалась хвостовая стойка шасси…
Врач к больным подоспел вовремя. Оказав первую помощь, он решил, что их надо эвакуировать. На аэродром Банак отправили радиограмму с описанием сложившейся ситуации, а также просьбой доставить необходимые запчасти и оборудование, включая запасное колесо основной опоры шасси, хвостовую опору с колесом, пневматическую подушку-домкрат.
Полярной ночью 9 июля над Землей Александры появилась шестимоторная летающая лодка BV 222V2, с которой сбросили все необходимое. Но большая часть груза (в том числе и одно колесо) упала в ров, заполненный водой. Достать удалось практически все, кроме баллонов со сжатым воздухом для пневмодомкрата. Тем не менее, экипаж смог отремонтировать самолет, накачав пневматическую подушку ручным насосом. После этого на «Кондор» погрузили больных, и Штанке начал разбег. В его распоряжении было всего около 400 м полосы — дальше ее пересекал ров. Обер-лейтенант успешно справился со сверхсложной задачей и около 02.00 11 июля благополучно посадил машину в Банаке. За эту операцию Штанке был награжден Рыцарским Крестом.
В сентябре 1944 г. все остававшиеся в строю FW 2000 сосредоточили в отряде 8./KG 40, реорганизованном в отдельную часть — транспортный авиаотряд «Кондор» (Transport-Flieger-Staffel Condor), базой которого стал норвежский аэродром Гардемуен. К концу 1944 г. в нем числилось 28 FW 20 °C.
В январе 1945 г. три демилитаризованных FW 20 °C-3 (получили регистрацию D-ASHG, D-ASHH и D-AARB) вышли на линии «Люфтганзы». Первый из них был уничтожен 24 марта 1945 г. во время налета авиации союзников на аэродром Мюнхен-Рием, второй разбился вечером 20 апреля на подходе к тому же аэродрому, а третий летал вплоть до конца войны. 11 апреля 1945 г. «Люфтганзе» передали FW 20 °C-4 (борт D-ASVX). Он также эксплуатировался практически до последних дней войны, совершая полеты в Осло.
Самолеты, оставшиеся в авиаотряде «Кондор», выполняли транспортные перевозки фактически до конца войны. Последний полет «Кондора» люфтваффе был зафиксирован 8 мая 1945 г., когда одна машина этого типа приземлилась в Гетеборге (Швеция).
После налета FW 200 горит транспорт «Дачесс оф Йорк»