Несмотря на войну, конструкторы «Фокке-Вульфа» продолжали разработку более совершенных гражданских вариантов «Кондора». Модификация под обозначением FW 200L-1, должна была получить моторы Bramo 323R-2 Fafnir (1000 л.с.), новое шасси и другие усовершенствования. Однако прототип этого варианта FW 200V14 достроить так и не удалось — все усилия были обращены на военные модификации.
В феврале 1941 г. «Кондоры», еще остававшиеся у «Люфтганзы», окончательно забрали люфтваффе. Большинство их попало в запасной отряд эскадры KG 40, дислоцировавшийся в Люнебурге. В 1943-44 гг. самолеты «Поммерн» и «Фрисланд» вернули авиакомпании для службы на линиях, связывавших Германию с Испанией и Скандинавией. Вечером 27 сентября 1944 г. «Поммерн» был сбит американским ночным истребителем у Дижона (Франция) во время очередного рейса в Испанию. Трое членов экипажа и пять пассажиров погибли. А 29 ноября был потерян и «Фрисланд», упавший в море в 9 км от берега в ходе полета в Швецию.
Передняя и задняя верхние стрелковые установки с пулеметами MG 131. Справа — бортовая установка с пулеметом MG 15
Нижние стрелковые установки: передние с пушками MG FF и MG 151/20, задняя с пулеметом MG 15
Основная опора шасси самолетов FW 200А-0 и FW 20 °C
1 августа 1939 г. в составе люфтваффе создали новое объединение — 10-й авиакорпус, задачей которого в предстоящей войне должны были стать операции против британского флота и судоходства. Однако находившиеся на вооружении двухмоторные бомбардировщики (не говоря уж об одномоторных «штуках») имели ограниченный боевой радиус, не позволявший действовать на океанских коммуникациях. Поэтому 5 сентября 1939 г. один из офицеров штаба 10-го корпуса гауптман Эдгар Петерсен (Edgar Petersen) прибыл в Бремен с целью выяснить возможность переделки находившихся в постройке планеров гражданских FW 200В в «каперские самолеты» (Kaperflugzeuge). Уже из самого термина было понятно, что в первую очередь целью «Кондоров» должны были стать не соединения Королевского флота, а торговые суда, следовавшие океанскими маршрутами.
Петерсен осмотрел сборочную линию, переговорил с инженерами предприятия и сделал вывод, что переоборудование самолетов может быть произведено в течение восьми недель после получения соответствующего указания. Из Бремена он отправился в штаб 2-го воздушного флота (которому подчинялся 10-й авиакорпус), где предложил все строившиеся FW 200В, начиная со второго экземпляра, переделать в разведывательно-ударный вариант и передать 10-му авиакорпусу. Предложение было одобрено, и после согласования с фирмой-производителем генерал-флюгцойгмейстер люфтваффе Ганс Ешоннек (Hans Jeschonnek) 18 сентября 1939 г. дал указание внести в план поставок люфтваффе коррективы, предусмотрев поставку 20 боевых FW 20 °C в период с ноября 1939 по август 1940 гг.
Прототипом новой модификации «Кондора» стал второй серийный FW 200В-1, после переоборудования получивший обозначение FW 200V11. На машине установили значительно увеличенную подфюзеляжную гондолу, ставшую характерной чертой всех военных «Кондоров». Оборонительное вооружение состояло из шести 7,92-мм пулеметов MG 15: два смонтировали в носовой и кормовой частях гондолы, два — на верхних турелях и два — в боковых окнах. В гондоле организовали и бомбоотсек, правда, относительно небольшой — на четыре 250-кг бомбы. Еще четыре такие же бомбы можно было разместить на наружной подвеске (два узла находились в месте стыка крыла с фюзеляжем и два — под внешними мотогондолами). На самолете установили 830-сильные моторы BMW 132Н.
По образцу FW 200V11 достроили все находившиеся на сборочной линии FW 200B-1, выпустив 10 самолетов FW 20 °C-1. За ними последовали 8 машин модификации FW 20 °C-2, отличавшейся усиленными наружными бомбодержателями (максимальная масса бомбовой нагрузки возросла с 2000 до 2900 кг) и установкой в носовой части подфюзеляжной гондолы 20-мм пушки MG FF вместо пулемета.
Мощность двигателей первых FW 20 °C была явно недостаточной. Эту проблему постарались устранить на варианте FW 20 °C-3, прототипом которого стал самолет FW 200V13. Машина получила новые 9-цилиндровые моторы «Фафнир» (1200 л.с.). Усилению подверглась хвостовая часть фюзеляжа, а кресло пилота и рабочие места стрелков верхней хвостовой и обеих гондольных установок получили бронезащиту. Бомбовая нагрузка редко превышала 2100 кг: двенадцать 50-кг или две 250-кг бомбы в бомбоотсеке, две 500-кг — под внешними мотогондолами и две 250-кг — под крылом. При разведывательных полетах с полной заправкой, как правило, брали только четыре 250-кг бомбы.
Самолет получил широкий набор радиооборудования, включая основную радиостанцию FuG X, дополнительную коротковолновую радиостанцию, радиопеленгатор Peil GV, устройство для «слепых» полетов FuBI 1 и систему опознавания «свой-чужой» FuG 25.
FW 200А «Поммерн» (бывший борт D-AMHL) после мобилизации
Серийный ударный самолет FW 20 °C-2
Бомбардировщик FW 20 °C-3/U5 (борт F8+DH, изначально KE+IT)
Самолет FW 200V11 стал прототипом боевого варианта FW 20 °C-1
В течение 1941 г. построили 47 самолетов FW 20 °C-3. В рамках этой модификации существовало несколько подвариантов, наиболее массовым из которых (21 машина) стал FW 20 °C-3/U4. Такие самолеты получили в верхней хвостовой установке 13,2-мм пулемет MG 131 вместо MG 15, бронированный топливный бак в подфюзеляжной гондоле, а также наружные узлы, приспособленные для подвески торпед. Шесть FW 20 °C-3/U3 оснастили радиолокаторами. Другие варианты — FW 20 °C-3/U1, U2, U5, U6, U7, U8 и U9 — существовали в нескольких экземплярах каждый, отличаясь составом оборудования и вооружения.
С февраля 1942 г. начались поставки самолетов FW 20 °C-4 (в общей сложности 94 машины). Этот вариант, ставший самым массовым среди «Кондоров», унаследовал от предшественника планер и силовую установку, но получил более развитое радиооборудование и мощное вооружение. В частности, в передней верхней точке стоял 15-мм пулемет MG 151, в носовой части гондолы — такой же пулеметлибо 20-мм пушка MG 151/20, в задней верхней установке — MG 131, в хвостовой части гондолы и в боковых окнах остались MG 15. Максимальная масса бомбовой нагрузки — 2100 кг.
Бомбардировщик FW 20 °C-3/U2 (борт SG+KS)
Бомбардировщик FW 20 °C-4
Бомбардировщик FW 20 °C-5 (борт F8+NT, изначально ТА+МР)
FW 20 °C-8/U10 — самолет-носитель противокорабельных ракет Hs 293
Часть самолетов оборудовали радарами. Первоначально применялись локаторы FuG 216 «Нептун» S — по сути, экспериментальные станции с дальностью обнаружения, не превышающей 9 миль (около 17 км). Шесть FW 20 °C-4/U3 получили более совершенные радары FuG 218 «Росток». В ноябре 1942 г. на «Кондорах» появились станции FuG 200 «Хоэнвиль», представлявшие собой огромный шаг вперед в развитии радиолокации — дальность обнаружения морских целей достигала 230 км. Варианты FW 20 °C-4/U1, U2 и U4 (выпущено по две единицы каждого) представляли собой специальные пассажирские (курьерские) самолеты.