10 марта 1940 г. 81-ю серийную машину флот вернул фирме для переделки в разведчик Late 298Е. Длину кабины увеличили, а торпедную подвеску сняли, заменив ее подфюзеляжной гондолой для наблюдателя. Late 298Е должен был выполнять две функции: разведчика и патрульного самолета. В качестве последнего он нес стандартное вооружение из трех 7,5-мм пулеметов "Дарн" и двух бомб G2 весом по 75 кг. Дальность полета при этом составляла 1550 км.
На 10 мая 1940 г., когда немцы начали свое наступление, пять эскадрилий имели по 10 Late 298 каждая. Т1, Т2 и ТЗ базировались в Шербуре и Булони, а Т4, НВ1 и НВ2 находились на средиземноморском побережье Франции. Две последние эскадрильи располагались на берегу, после того как "Коммандан Тест" превратили в транспорт. Первоначально гидропланы, базировавшиеся в Булони, патрулировали побережье, прикрывая высадку союзных войск в Вальхерене. Однако, отсутствие в пределах досягаемости немецких кораблей и нехватка штурмовиков у французских ВВС вынудила бросить поплавковые самолеты против колонн немецких войск. 21 мая "Латекоэры" покинули Булонь, но продолжали бомбить с пикирования и обстреливать части противника, летая из Шербура. Примером боевых операций эскадрилий, вооруженных Late 298, можно считать вылет 23 мая. 18 гидропланов сбросили с пикирования 500-кг бомбы на мосты и перекрестки дорог между Булонью и рекой Соммой. Потеряли три самолета, сбитых истребителями Bf 109Е, и один, уничтоженный немецкими зенитками. Если бы не выдающаяся живучесть и прочность, а также прекрасная маневренность Late 298, потери несомненно были бы значительно больше.
Ночные вылеты были более безопасны, поэтому Late 298 стали использовать чаще по ночам. Среди целей, атаковавшихся под покровом темноты, был, например, мост через Сомму в Ноэлле. Эскадрилья ТЗ бомбила его в ночь на 10 июня. В процессе отступления от Шербура до Уртина и Берра Late 298 осуществляли вылеты как на штурмовку, так и на противолодочное патрулирование. Несколько раз из Берра бомбили Геную. Эскадрилья НВ1, стоявшая на озере Убейра в Тунисе, атаковала итальянские крейсера.
С 23 марта 1940 г. на Late 298 начала переходить эскадрилья 1S1, а с середины июня к переучиванию приступила 3S6, размещавшаяся в Аспретто на Корсике. Капитуляция прервала процесс перехода на новую технику.
1 августа 1940 г. эскадрильи Tl, Т2, ТЗ, Т4, НВ1, НВ2, 1S1 и 3S6 переименовали соответственно в IT, 2Т, 3Т,4Т, 1НТ, 2НТ, 1S и 12S. На 15 августа французский флот обладал 75 Late 298. Экадрильи IS, 1НТ, 2НТ и 12S были расформированы, но правительство Виши организовало две новых эскадрильи поплавковых торпедоносцев 5Т и 6Т. Их сформировали в Берре, а в июле-августе 1941 г. самолеты перелетели в Дакар.
Производство гидропланов возобновили в марте 1942 г. с согласия германской контрольной комиссии. Заказано было 30 самолетов модификации Late 298F. Они были идентичны Late 298D за исключением некоторого упрощения рулевого управления. После событий ноября 1942 г. работники завода в Берре саботировали поставки самолетов немцам. Им удалось так растянуть работу, что "люфтваффе", после захвата ранее неоккупированной зоны получившие машины 6-й флотилии (в которую входили эскадрильи 3Т и 4Т), так и не смогли набрать техники для укомплектования хотя бы одной боеспособной эскадрильи.
На 7 ноября 1942 г. у флота правительства Виши имелись следующие части, вооруженные самолетами Late 298: 5-я флотилия (эскадрильи 1Т и 2Т) в Арзеве, 6-я флотилия (3Т и 4Т) в Берре, 7-я флотилия (5Т и 6Т) в Дакаре. Каждая флотилия по штату должна была располагать 13 машинами. 6-ю флотилию распустили 27 ноября 1942 г., а ее техника досталась немцам. 5-ю тоже вскоре расформировали и создали на ее базе эскадрилью 4S1, потру- лировавшую из Арзева западную часть Средиземного моря. Этим она продолжала заниматься и после переименования в эскадрилью 2S летом 1943 г. 7-я флотилия действовала подобным образом у побережья Западной Африки до переформирования 12 марта 1943 г. в эскадрилью 1S. Последняя располагала не только Late 298В, но и летающими лодками Луар 130. Эту эскадрилью расформировали в Дакаре 1 ноября 1943 г. Пригодные для полетов Late 298 передали в эскадрилью 2S в Арзеве, которая на 1 апреля 1944 г. имела 16 таких машин.
К этому времени эскадрилья 2S действовала в составе английского Берегового командования, взаимодействуя с "Веллингтонами". "Веллингтоны" искали подводные лодки, а "Латекоэры" атаковали их бомбами. В ноябре 1944 г. эскадрилью 2S перебросили в Сен-Мандрье для патрулирования южного побережья Франции. Ее усилили полудюжиной Late 298, найденных в Берре. Они стояли там на якорях с немецкими опознавательными знаками. Еще четыре машины (№№ 41, 49, 81 и 126) обнаружили там же законсервированными. Это позволило сформировать еще одну часть на Late 298 – эскадрилью 3S, появившуюся в Сен-Мандрье 1 апреля 1945 г. С 10 апреля четыре Late 298 из эскадрильи 2S находились в Уртине. Они патрулировали воды близ немецких опорных пунктов на атлантическом побережье Франции. Летчики достигли нескольких побед над немецкими вооруженными траулерами; два из них они вынудили зайти в занятые французами порты и сдаться. С января 1943 г. до дня победы над Германией Late 298 из эскадрильи 2S налетали 5363 часа, совершив 2038 боевых вылетов.
15 мая 1945 г. эскадрилью 3S перевели в Имменштадт под Фридрихсгафеном. Она использовала свои Late 298 для полицейского патрулирования до момента расформирования части 1 февраля 1946 г. Два месяца спустя распустили эскадрилью 2S. Все гидропланы из обеих частей передали эскадрилье 53S, превращенной в школу летчиков гидроавиации в Уртине. Там все машины, кроме трех, пустили на слом в 1950 г. Из этих трех две попали в школу техников морской авиации в Рошфоре, а одна, которая еще могла летать, использовалась в демонстрационных целях. В 1951 г. ее выставляли в экспозиции Морского салона. Самолет прибыл туда "своим ходом", сев в Суреснесе на реке Сене.
Существовал вариант самолета с убирающимся колесным шасси, предназначенный для использования с авианосцев. Программа А47 предусматривала замену устаревших палубных бипланов Левассер PL.7 и PL. 101. Разработанный фирмой "Латекоэр" на базе Late 298 самолет Late 299 не вполне соответствовал требованиям программы А47 и создавался в порядке частной инициативы. Тем не менее фирма предложила его морскому министерству. Обещавший значительную экономию средств за счет унификации с Late 298, проект новой машины быстро оказался в фаворе у чиновников. 5 июля 1938 г. заказали два опытных самолета.
В этих машинах постарались использовать как можно больше деталей от поплавкового варианта. Строились Late 299 в Тулузе. Фюзеляж по сравнению, с Late 298В практически не изменился. Единственным исключением являлась установка дополнительного шпангоута перед кабиной. Таким образом фюзеляж удлинили на 0,5 м и обеспечили необходимый объем для размещения аварийного надувного поплавка. Понадобилось также некоторое усиление набора в хвостовой части, где крепился посадочный крюк. Фонарь кабины, моторама, центроплан и горизонтальное оперение взяли целиком от Late 298. А вот ширину руля поворота увеличили, а замена поплавков колесами привела к необходимости увеличить стреловидность передней кромки крыла для сохранения центровки. Полуубиравшиеся радиаторы, стоявшие на поплавковом самолете между лонжеронами центроплана, переместили в гондолы , куда назад по полету убирались основные стойки шасси. В гондоле радиаторы размещались по обе стороны стоек. Место же между лонжеронами центроплана заняли бензобаками.
Первоначально предполагали установить на самолете мотор Испано-Сюиза 12Y27, развивавший мощность 920 л.с. на высоте 790 м, но фактически смонтировали 12Y43, дававший 970 л.с. на 1100 м и вращавший трехлопастный винт "Испано-Сюиза-Гамильтон". По проекту вооружение складывалось из двух 7,5-мм пулеметов "Дарн" в консолях (из них стрелял пилот, прицеливаясь с помощью прицела OPL38) и еще одного такого же на подвижной установке Бланше-Пилэн-60 в задней кабине. Состав экипажа варьировался в зависимости от выполняемого задания. Для разведки требовались три человека – пилот, штурман и стрелок-радист. При этом самолет нес фотоаппарат F.30, четыре бомбы по 75 кг и горючего на 1000 км пути. При полете с торпедой штурмана на борт не брали, торпеда весом 750 кг, подвешенная в полуутопленном положении под фюзеляжем, позволяла взять горючего только на 650 км пути. При бомбометании с горизонтального полета экипаж мог состоять как из двух, так и из трех человек. Запаса горючего в этом случае хватало тоже на 650 км. Бомбовая нагрузка складывалась либо из одной бомбы весом 450 кг, либо двух по 225 кг, либо четырех по 150 кг. При патрулировании экипаж состоял из трех человек, а под фюзеляжем самолет нес дополнительный бензобак, увеличивающий дальность полета до 1500 км.