Против методов гитлеровцев необязательными обещаниями добиваться сотрудничества Украины для борьбы с большевиками, а выполнение обещаний откладывать до окончания войны, Степан Бандера выдвинул систему совершенных фактических действий, — собственной конкретной политикой и борьбой заставить Германию окончательно принять принцип суверенности, или преждевременно раскрыть свои империалистические цели и потерять симпатии и поддержку Украины и других народов, которые ждали от войны освобождения.
30 июня 1941 года, через неделю после нападения Германии на СССР, передвижные группы ОУН во Львове по радио провозгласили восстановление Украинской державы. Новая украинское правительство возглавил соратник С. А. Бандеры Ярослав Стецько. Почти тут же А. Гитлер поручил гестапо ликвидировать этот «сговор украинских самостийников». С.А. Бандеру пригласили на переговоры по делу о невмешательстве Германии в суверенные права Украинской державы и обманом арестовали. Они расстреляли или посадили в тюрьму тысячи украинских националистов. ОУН перешла в подполье и в 1942 году организовала Украинскую Повстанческую Армию — УПА.
С. А. Бандера полтора года просидел в Берлине в полицейской тюрьме, еще полтора года — концлагере Захсенхаузен. Осенью 1944 года он был освобожден — гитлеровцы безуспешно пытались сделать его союзником в войне против Советского Союза, зная его популярность на Украине. Немецкое предложение С. А. Бандера решительно отклонил и на сотрудников с фашистами не пошел.
Несмотря на то, что С. А. Бандера сидел в тюрьме, вся революционная борьба во время Второй мировой войны была связана с его именем. После его ареста некоторое время исполняющим обязанности Проводника ОУН был Николай Лебедь. На III Чрезвычайном Съезде ОУН в 1943 году было создано Бюро Провода ОУН из трех человек: Роман Шухевич, Ростислав Волошин и Дмитрий Маевский. После смерти последних двух ОУН фактически руководил Роман Шухович, поддерживающий связь с С. Бандерой через его жену Ярославу, которой давали свидания с мужем.
На Краевом Совете Провода ОУН на украинских землях в феврале 1945 года, который был объявлен как часть Большого Сбора ОУН, было выбрано Бюро Провода в составе: Степан Бандера, Роман Шухович, Ярослав Стецько. Зимой 1946 года в Мюнхене на расширенной конференции были созданы Заграничные Части ОУН также во главе со Степаном Бандерой. Эти выборы утвердила Конференция ЗЧ ОУН в 1947 году, на которой Степан Бандера вновь стал Председателем Провода всей ОУН.
В 1946 году при активном участии С. Бандеры для борьбы с Советским Союзом создается Антибольшевистский блок народов — АБН во главе с Я. Стецько. До последнего своего дня С.А. Бандера боролся против Москвы, организовывая связь Украиной и боевые группы ОУН.
Много времени и сил С.А. Бандера занимала политическая борьба в ОУН, в которой после войны постоянно действовала оппозиция, происходили конфликты и расколы. IV конференция ЗЧ ОУН в мае 1953 года снова выбрала С.А. Бандеру Председателем Провода ЗЧ ОУН. То же произошло и в 1955 году на V конференции ЗЧ ОУН. Особенное внимание С.А. Бандеры привлекала работа по организации территориальных органов, связь с Украиной и внешняя политика. О его роли в борьбе с Москвой говорит то, что для убийства С.А. Бандеры было послано последовательно 6 агентов и 7-му все-таки удалось убить вождя ОУН.
15 октября 1959 года Степан Андреевич Бандера, живший в Мюнхене, около часу дня вернулся домой с рынка на ул. Крайтмарштрассе, д. 7. он поставил свой старый Опель-капитан в гараж и своим ключом открыл двери в подъезд дома. Через несколько секунд раздался крик — С.А. Бандера упал на ступени лестницы, весь в крови. Он умер по дороге в больницу. Первым поставленным диагнозом был перелом основания черепа в результате падения. Однако позднее была проведена медицинская экспертиза, установившая, что в организме С.А. Бандеры — цианистый калий. Сомнений не было ни у кого, это — убийство. Сразу убийцу найти не удалось.
20 октября 1959 года С.А. Бандера был похоронен на кладбище Вальдфридгоф в Мюнхене. На похоронах присутствовали тысячи человек, делегации от ОУН из Австрии, Западной Германии, Франции, Испании, Бельгии, Голландии, Великобритании, Канады, США.
12 августа 1961 года в представительство американской полиции в Западном Берлине обратились мужчина и женщина. Они заявили, что их зовут Богдан Сташинский и Инга Поль и что они убежали из Восточного Берлина.