Несколько слов о методологии исследования проблемы. Все исследователи, занимавшиеся Русско-японской войной, пытались выяснить причины, приведшие к поражению России в военном конфликте с маленькой дальневосточной страной. Причины назывались самые разные: непопулярность войны, плохое снабжение, нерешительность командования и т. д., но все это звучало как-то неубедительно. Дело в том, что авторы заостряли внимание лишь на отдельных факторах, не пытаясь осмыслить их в совокупности. Между тем в таких крупных явлениях, как война или революция, никогда не бывает одной причины, а бывает комплекс, целый ряд обстоятельств, которые, складываясь одно к другому, предопределяют ход событий. Поэтому основным методологическим принципом, которым руководствовался автор при написании монографии, было стремление объективно отразить действительность, привлечь как можно более широкий круг источников и, опираясь на метод сравнительного анализа, попытаться распутать применительно к нашей теме огромный клубок проблем и причин, приведших к Портсмутскому миру.
Задачи работы предопределили структуру ее построения. Как уже говорилось выше, почти вся историография Русско-японской войны рассматривает собственно ход боевых действий, поэтому автор, освещая её в общих чертах, не ставит перед собой задачи подробного ее изложения.
В 1-й главе рассмотрено организационное устройство министерства перед войной и изменения в его структуре, вызванные боевыми действиями на Дальнем Востоке. При этом основное внимание уделяется таким важным вопросам, как штаты и бюджет министерства, компетенция и полномочия его руководителя — военного министра; бюрократизм «перестройки» аппарата управления и т.п. Эта глава является необходимой прелюдией к рассказу о работе аппарата Военного министерства в условиях войны. Затронутые здесь вопросы — такие, как финансирование, штаты, неповоротливость бюрократического аппарата, проходят затем красной нитью через всю работу. В начале главы вкратце показана та неприглядная общественная атмосфера, в которой в описываемый период пришлось работать военному ведомству империи.
Вторая глава — «Главный штаб в период войны» — освещает весьма разнородные вопросы — такие, как комплектование действующей армии и переподготовка запасных; тактическая подготовка войск; разведка, контрразведка и военная цензура; содержание военнопленных и, наконец, военные перевозки. Они собраны здесь воедино, поскольку все они находились в ведении Главного штаба. Цель главы — показать, как работала эта основная часть Военного министерства в экстремальной ситуации, как отражалась ее работа на действующей армии. Следует отметить, что деятельность Главного штаба в соответствии с целями и задачами нашего исследования рассматривается только применительно к событиям Русско-японской войны. Поэтому за пределами главы остается деятельность Главного штаба по отношению к тыловым частям, расквартированным на территории России на постоянной основе.
В третьей главе, которая называется «Административно-хозяйственная деятельность Военного министерства по обеспечению действующей армии», автор рассматривает работу тех структурных подразделений министерства, которые ведали административно-хозяйственной частью. Во время войны основными направлениями административно-хозяйственной деятельности министерства были снабжение действующей армии оружием, боеприпасами и инженерным имуществом; обеспечение продовольствием и обмундированием, а также организация медицинского обслуживания армии. В соответствии с этим автор рассматривает по очереди работу Главного артиллерийского, Главного инженерного, Главного интендантского и Главного военно-медицинского управлений. Так же, как и в случае с Главным штабом, работа этих управлений изучается применительно к Русско-японской войне и действующей армии, однако автор заостряет внимание и на тех последствиях для общего состояния Вооруженных сил России, к которым привело массовое изъятие для действующей армии неприкосновенных запасов войск, оставшихся на мирном положении.
В монографии нет специальной главы, посвященной деятельности Военного совета министерства. Это объясняется тем, что в описываемый период Военный совет занимался почти исключительно хозяйственными вопросами, поэтому, по мнению автора, работу Военного совета наиболее целесообразно рассматривать без отрыва от административно-хозяйственной деятельности соответствующих главных управлений Военного министерства, что и делается в третьей главе. Кроме того, как во 2-й, так и в 3-й главах автор пытается в контексте деятельности конкретных органов Военного министерства выявить механизм принятия решений, показать изнанку работ управленческого аппарата.