Вторым фактором, повлиявшим на продвижение Ньютона по пути к его закону всемирного тяготения, были занятия алхимией и оккультными науками. В XVII веке никто не мог даже представить, что один предмет может влиять на движение другого предмета, не касаясь его. Такое поведение предметов сейчас называется «действием на расстоянии», и мы принимаем его как должное, но во времена Ньютона это рассматривалось как магическое, оккультное свойство. Поэтому благодаря занятиям алхимией Ньютон мог рассматривать тяготение более непредвзято, чем большинство его коллег.
Ньютон никогда не интересовался алхимией как средством личного обогащения или добывания золота. Его единственной целью было найти то, что он полагал скрытыми законами, управляющими Вселенной. Он был пуританином, который веровал в идею Слова Божьего и дела Божьего. Он был предан догматам Библии — Слова Божьего — и верил, что ему предназначено разгадать загадку жизни, исследовать все, что можно узнать о мире, — иначе говоря, изучить Божье творение.
Во времена Ньютона занятия алхимией считались преступлением, которое каралось смертной казнью. Более того, любой намек на то, что он занимается алхимией, разрушил бы его научную репутацию. Тем не менее Ньютон действительно тратил намного больше времени на алхимические опыты, чем на свои научные изыскания. После его смерти в 1727 году обнаружилось, что Ньютон владел крупнейшей библиотекой оккультной литературы; он сам написал множество текстов об оккультных явлениях, а еще больше слов потратил на толкование Ветхого Завета и высказываний ветхозаветных пророков.
Ньютон начал заниматься алхимией в 1669 году. Он ездил в Лондон, чтобы покупать запрещенные книги у знакомых алхимиков, и проводил опыты втайне от назойливых взглядов своих руководителей и соперников из научной среды. Сначала его алхимические опыты были очень простыми, но после углубленного чтения всего, что ему удалось раздобыть по этой теме, он вскоре продвинулся дальше, чем некоторые из его предшественников. В отличие от них он ставил опыты, не пренебрегая научной логикой и точностью, и скрупулезно записывал все, что обнаруживал в процессе.
Некоторые открытия в алхимии Ньютон сделал, наблюдая вещества в реторте, когда понял, что на них действовали какие-то силы. Он видел, что некоторые частицы притягиваются друг к другу, а другие отталкиваются при отсутствии физического контакта и какой-либо ощутимой связи. Иными словами, в алхимической реторте он наблюдал действие на расстоянии. Затем он начал осознавать, что это тоже могло быть действием тяготения и то, что он видел в микромире реторты и алхимического тигля, могло также происходить в макромире — мире планет и солнца.
Но, помимо оккультизма, на работу Ньютона влияли и другие факторы ненаучного характера. С середины 1670-х, когда ему было за тридцать, и до самой смерти в 1727 году Ньютон был одержим религиозными исканиями и потратил годы на изучение сравнительной теологии. Он верил в то, что философы дохристианских цивилизаций обладали огромным богатством тайных знаний, которые, будучи истолкованы современными мыслителями, могли дать ключи к отгадке основополагающих, фундаментальных механизмов Вселенной. Он потратил много лет, изучая первоисточники библейских сказаний, а также работы древних магов, занимавшихся алхимией.
Ньютон имел нелегкий характер, к тому же, по свидетельству его современников, не обладал чувством юмора. Рассказывают, что один студент, обучавшийся у Ньютона полтора года, лишь однажды видел его смеющимся — когда юноша спросил его, какую практическую пользу можно извлечь из геометрии Евклида. Ньютон был молчалив и предпочитал проводить время наедине с собой. С 1661 года и до того, как он покинул Кембридж и научное общество в 1696 году, он жил затворником, редко участвуя в жизни колледжа и только по необходимости покидая свою лабораторию.
Более двадцати лет Ньютон делил кров с теологом Джоном Уикинсом, которого встретил вскоре после поступления в университет. Уикинс, возможно, исполнял обязанности личного секретаря Ньютона, по крайней мере в ранние годы их знакомства. Для историка и биографа Ньютона это на удивление таинственная личность. Очевидно, он лучше всех знал Ньютона, но, к сожалению, не оставил практически никаких заметок о годах совместной работы и ничего об их личных отношениях.