Предусмотрительно к началу образования Директории (она была учреждена на собрании УНС, состоявшемся в Киеве в ночь с 13 на 14 ноября 1918 г.) его освобождают из заключения. На том же собрании УНС, на котором была образована Директория в качестве органа противогетманского восстания, Петлюру избирают членом Директории. Избирают заочно, так как все дни после освобождения из гетманской тюрьмы Петлюра находился в компании своих наставников в редакции «Час». Отсюда он подался в Белую Церковь, где дислоцировался полк сечевых стрельцов Е. Коновальца, и поднял его по тревоге, заявив, что приехал от Национального Союза с поручением начать акцию восстания. От собственного имени издал воззвание к украинскому народу с призывом к восстанию. «А когда Директория и члены Национального Союза, — вспоминает В. Винниченко, — поодиночке смогли пробраться через немецко-гетманские наряды, окружавшие Киев, то воззвание, подписанное «главным атаманом» С. Петлюрой о восстании, уже распространялось по Украине. И сия акция сразу приобрела тот характер персональности, которого так опасались инициаторы и организаторы восстания. Началось движение не украинское, не государственно-национальное и социальное, а петлюровское, не Национальный Союз и избранный им Высший Орган руководили им, а какой-то Петлюра, такой же, как были уже разные бандитские атаманы на Украине в те времена: Махно, Тютюник, Григорьев и другие. Народ отнесся с недоверием к воззванию Петлюри и первое время восстание успеха не имело».
Петлюра не упускал случая для саморекламы и самовосхваления. Где бы он ни появлялся со своим войском, там непременно организовывали парады и богослужения. Так, по случаю падения гетманщины в Киеве была построена торжественная арка и проведен помпезный парад; на протяжении двух недель после этого не прекращались оргии в виде так называемых обедов, вечеров, банкетов, на которых славили Петлюру» «освободителя» и его атаманов. Между тем город перешел на осадное положение. Запрещены какие бы то ни было собрания. Пресса взята под жесточайший контроль. Профессиональные и иные рабочие организации разогнаны, а их делопроизводство уничтожено. Карательные подразделения петлюровцев, преследуя большевиков, расстреливали свои жертвы без следствия и суда.
Любая агитация против Директории преследовалась, как тяжкое преступление. Высылке за пределы Украины подлежали не только сами агитаторы, но и их семьи. Настоящий геноцид обрушился на еврейское население. Еврейские погромы, начавшиеся с приходом петлюровщины, прокатились по всей Украине тысячу двести девяносто пять раз. Тысячи убитых и замученных людей, сотни разрушенных и сожженных городов и селений. Таким был «гуманизм» и «демократизм» Петлюры и петлюровщины.
Война, объявленная Директорией Советской России 15 января 1919 года, ничуть не упрочнила ее авторитет в глазах западных союзников. Союзники хотя и десантировались в Одессе, но с признанием УНР и оказанием ей военной помощи не спешили. Положение усложнилось после того, как Директория под натиском частей Красной Армии в начале февраля 1919 года оставила Киев и снова оказалась в Виннице. В ответ на просьбу ее представителя об ускорении военной помощи начальник штаба интервенционистских войск в Одессе французский полковник А. Фрейденберг ответил требованием «изгнать, как собак» из руководства У HP В. Винниченко и В. Чеховского (тогдашний глава правительства Директории — А. В.) за «большевизм» и С. Петлюру за бандитизм. Националистическое руководство УСДРП и УПСР тотчас отозвало своих представителей из Директории и ее правительства в пользу других, более приемлемых для союзников кругов. Петлюра же, который считался членом УСДРП, вновь заявил о своем выходе из партии и тем сохранил за собой место члена Директории и главного атамана. Тем не менее, деятели УНР ограничили его влияние, введя должность «наказного атамана». На последнего возлагались обязанности по «непосредственному ведению всех военных операций», а за Петлюрой оставался лишь «верховный присмотр вооруженными силами». К тому же «верховным присмотром» занимался и «министр военных дел» атаман Петров. После отъезда В. Винниченко за границу С. Петлюра не сразу занимает его место, довольствуясь сложившимся порядком, когда члены Директории председательствовали на ее заседаниях по очереди. В начале 1919 года в нарушение статуса Директории, созданной, как известно, для руководства противогетманским восстанием, Петлюра провозглашает себя ее единоличным председателем.