В 1855–1860 гг. после Крымской войны управление флотом было преобразовано. Главным начальником флота и морского ведомства с правами министра стал генерал-адмирал. Ему был подчинен управляющий Морским министерством, ведавший преимущественно хозяйственной частью.
В 1906 г. произошла новая коренная реорганизация управления флотом. Управление флотом было сосредоточено в руках морского министра, а наряду с Главным морским штабом был создан Морской генеральный штаб, на который были возложены вопросы оперативного характера.
7(20) ноября 1917 г. была образована Верховная морская коллегия, 22 февраля 1918 г. создан Народный комиссариат по морским делам.
В 1924 г. флот был подчинен Народному комиссариату по военным и морским делам (впоследствии Народному комиссариату обороны СССР). В составе Наркомата существовало Управление Военно-морских сил СССР (с 1926 г. Управление Военно-морских сил РККА). В марте 1937 г. образован Штаб морских сил РККА.
30 декабря 1937 г. был создан самостоятельный Народный комиссариат Военно-морского флота СССР.
С 26 марта 1946 г. существовало Главное командование Военно-Морскими Силами.
С 28 февраля 1950 г. — Военно-морское министерство СССР.
В 1954 г. флот был подчинен Министерству обороны СССР. 7 июня было образовано Главное командование Военно-морскими силами, переименованное 4 мая 1955 г. в Главное командование Военно-Морского Флота.
В советское время необходимость единства управления всеми видами ВС на уровне единого военного ведомства мотивировалась единством советской военной стратегии. Однако опыт ускоренного строительства ВМФ в предвоенные годы выявил, что сосредоточение военного руководства в руках представителей одного вида ВС (Сухопутных войск) чревато ведомственным подходом, предвзятостью и стремлением к переделу ассигнований без учета потребностей гармоничного развития ВС как единого комплекса. В связи с этим руководством СССР дважды принимались решения о выводе ВМФ из непосредственного подчинения представителям армии. Но этот опыт был неудачным, так как не было найдено оптимальных форм взаимодействия между видами ВС на стратегическом уровне.
ГЕНЕРАЛ-АДМИРАЛЫ РОССИЙСКОГО ФЛОТА
1. Апраксин Федор Матвеевич 1708-10.11.1728
2. Остерман Андрей Иванович 9.11.1740-25.11.1741
3. Голицын Михаил Михайлович 6.9.1756-10.4.1762
4. Павел Петрович (великий князь) 2.12.1782-6.11.1796
Павел I 6.11.1796-11.3.1801
5. Константин Николаевич (великий князь) 22.8.1831-13.1.1892
6. Алексей Александрович (великий князь) 15.3.1883–1906
ПРЕЗИДЕНТЫ АДМИРАЛТЕЙСТВ-КОЛЛЕГИИ
1. Апраксин Федор Матвеевич 1717–1728
2. Головкин Николай Федорович 1733–1745
3. Голицын Михаил Михайлович 1750–1762
4. Павел Петрович (великий князь) 1762–1796
5. Голенищев-Кутузов Иван Логинович 1798–1802
МИНИСТРЫ МОРСКИХ СИЛ
1. Мордвинов Николай Семенович 1802–1802
2. Чичагов Павел Васильевич 1807–1811
3. де-Траверсе Иван Иванович 1811–1828
4. Моллер Антон Васильевич 1828–1836
5. Меншиков Александр Сергеевич 1836–1855
УПРАВЛЯЮЩИЕ МОРСКИМ МИНИСТЕРСТВОМ
1. Врангель Фердинанд Петрович 1855–1857
2. Метлин Николай Федорович 1857–1860
3. Краббе Николай Карлович 1860–1876
4. Досовский Степан Степанович 1876–1880
5. Пещуров Алексей Алексеевич 1880–1882
6. Шестаков Иван Алексеевич 1882–1888
7. Чихачев Николай Матвеевич 1888–1896
8. Тыртов Павел Петрович 1896–1903
9. Авелан Федор Карлович 1903–1905
МОРСКИЕ МИНИСТРЫ
1. Бирилев Алексей Алексеевич 1905–1907
2. Диков Иван Михайлович 1907–1909
3. Воеводский Степан Аркадьевич 1909–1911
4. Григорович Иван Константинович 1911–1917
ВОЕННЫЕ И МОРСКИЕ МИНИСТРЫ
1. Гучков Александр Иванович 2.3.1917-30.4.1917
2. Керенский Александр Федорович 6.5.1917-8.1917
МОРСКОЙ МИНИСТР
1. Вердеревский Дмитрий Николаевич 30.8.1917-10.1917
КОМАНДУЮЩИЕ И НАЧАЛЬНИКИ МОРСКИХ СИЛ, НАРКОМЫ И ГЛАВНОКОМАНДУЮЩИЕ ВМФ
1. Иванов Модест Васильевич 27.10.1917
2. Дыбенко Павел Ефимович 1917 — апрель 1918
3. Альтфатер Василий Михайлович май 1918
4. Раскольников Федор Федорович 1918
5. Альтфатер Василий Михайлович 15.12.1918 — май 1919
6. Беренс Евгений Андреевич май 1919 — февраль 1920
7. Немитц Александр Васильевич февраль 1920 — декабрь 1921