Стремясь уничтожить оппозицию внутри армии, в 1937 — 1938 годах были инспирированы сразу два скандала, так называемые дела Бломберга и Фрича, вследствие которых оба военных министра были отправлены в отставку, а пост рейхскригминистра и главнокомандующего вермахта182 остался вакантным. Помня о преданности и лояльности руководителя ВМС, Гитлер предложил Редеру возглавить министерство и занять высший пост в военной иерархии рейха, от чего тот отказался. Результатом данного отказа стало то, что фюрер возложил на себя обязанности военного министра и главнокомандующего, окончательно узурпировав власть в верхних военных эшелонах.
Продолжая начатую скандалами политику концентрации военной власти в своих руках, Гитлер в феврале 1938 г. упразднил военное министерство и создал Верховное командование вооруженных сил (Оберкоманндо дер вермахт — ОКВ), которое служило для разграничения военных и министерских функций главкома183, а фактически являлось личным штабом фюрера.
К 1939 г. в Третьем рейхе сложилась та система военного руководства, с которой Германия начала Вторую Мировую войну. Во главе государства и вооруженных сил находился Гитлер, совмещавший посты президента, канцлера и главнокомандующего. Верховное командование вермахта, сухопутная армия, военно-морской флот и военно-воздушные силы имели свои собственные штабы184. В функции ОКВ входила координация родов войск и разработка общих оперативно-стратегических планов. В структуре военного руководства Германии отсутствовал Генеральный штаб, несмотря на то что такое название носили штабы ВВС и сухопутных войск. Каждый из них отвечал лишь за планирование и руководство одним из родов войск и, как правило, не имел контактов с другими, осуществляя планирование изолированно. ОКВ на деле представляло из себя надштабную структуру, призванную координировать работу трех других штабов185.
Изменения, происходившие в военной структуре Третьего рейха, затронули ВМС не только внешне (изменение названия и должности командующего), но и внутренне. Внутри ОКМ был создан ряд новых управлений и отделов, определенному перераспределению подверглись и прежние функции различных подразделений флотского руководства. Структурно организация ОКМ выглядела следующим образом (Приложение № 2): во главе находился главнокомандующий флотом, который имел свой штаб, в составе начальника штаба (контр-адмирала) и пяти офицеров. Штабу главнокомандующего флотом подчинялись некоторые инстанции, такие, как морское управление печати, также в его юрисдикцию входили и морские атташе. В составе ОКМ находилось семь управлений (командования, вооружений, кораблестроительное и т. д.), шесть из которых подчинялись непосредственно главнокомандующему, а управление командования находилось в подчинении штаба руководства войной на море, который, в свою очередь, подчинялся лично Редеру. Управления подразделялись на различные отделы186.
Собственно, военно-морской флот находился в подчинении главнокомандующего, а в оперативном отношении подчинялся штабу руководства войной на море. Руководство соединениями ВМФ осуществлял командующий флотом, в чьем непосредственном подчинении находились командующие линейными, разведывательными, подводными и другими силами флота. В тактическом отношении германский ВМФ представлял из себя единое целое и не делился на флоты Балтийского и Северного моря, как это было в Первую Мировую войну. В мирное время командование флотом, новые линкоры, все крейсера, торпедные крейсера и четыре флотилии подводных лодок базировались на Киль, три дивизиона эсминцев и одна флотилия миноносцев на Свинемюнде, тральщики и сторожевые корабли на Пиллау и о. Рюген, составляя силы Балтийского моря. В Северном море находились броненосные корабли, два дивизиона эсминцев, две флотилии миноносцев, две флотилии подводных лодок, учебный линкор и учебный крейсер с базированием на Вильгельмсгафен, два дивизиона эсминцев на Бремергафен и тральщики на Куксгафен. Кроме того, в составе германского флота находилось несколько соединений специального назначения, которые носили наименование инспекций (учебная, торпедная (испытания торпедного вооружения), связи (испытания средств связи), минная, артиллерийская и машинная), в чьем подчинении находились надводные и подводные корабли, используемые в соответствии с задачами, поставленными перед каждой конкретной инспекцией.