Саддам вышел на свободу вовремя: в 1966 году военный переворот привел в Дамаске к власти леворадикальное крыло БААС, придерживавшееся тех же взглядов, что и Али Салих аль-Саади. Афляк, аль-Битар и другие члены старой гвардии были арестованы, а Национальное управление, высший орган партии, был временно распущен.
В ответ Саддам созывает чрезвычайный съезд иракского отделения БААС и именно Саддам (Бакр сидит в тюрьме) проводит решение об отказе подчиниться воле сирийского отделения партии и создании собственного Национального управления. Отныне и навсегда партия БААС расколота, существует ее сирийское и иракское Крыло, причем каждое из них — содержит свой аппарат для работы в других странах арабского мира и считает себя единственным законным наследником старой БААС.
К этому времени — генерал Ареф, Абдель Салам Ареф уже мертв, он погиб при катастрофе вертолета. Его брат, новый президент Ирака Абдель Рахман Ареф слаб, нерешителен и не имеет тех тесных связей с армией, какие имел его брат. Но Саддам, фактически уже руководящий иракским отделением БААС не спешит с переворотом. Первое, что он понимает — сильная и самостоятельная в политике армия очень опасна. Второе — не менее опасны и левацкие элементы в партии. Поэтому — Саддам занимается политическими чистками, безжалостно избавляясь от всех сочувствующих коммунистическим идеям и создает партийную милицию. Всем членам партии — приказано любыми путями добывать себе оружие.
В 1967 году панараабская коалиция разгромлена Израилем в ходе Шестидневной войны. С тех пор — начинается стремительное падение доселе непререкаемого авторитета Насера. Во всех арабских странах — проходят миллионные демонстрации, разъяренная толпа выражает гнев перед бессилием своих правителей, не способных всем вместе победить один Израиль. Ирак — участвовал в войне минимально, и этим пользуется БААС, объявляя власть в стране незаконной так как она не способствует делу арабского единства. В последние месяцы 1967 и в первые месяцы 1968 года страну сотрясают демонстрации и забастовки с политическими требованиями. Общественная деятельность партии достигла высшей точки в апреле 1968 года, когда тринадцать отставных офицеров, пять из которых были баасистами, представили Арефу меморандум, требуя увольнения премьер-министра Тахира Яхья, учреждения законодательного собрания и формирования нового правительства.
Тем не менее Саддам понимает — повторно прийти к власти его партия может только через государственный переворот.
Еще Абдель Салам Ареф, обеспокоенный разгулом политического насилия в стране, наличием у политических партий боевых групп — создал подконтрольную ему партию «Арабское революционное движение». Саламу — оно было лояльным, а вот президент Рахман нравился ей все меньше и меньше. Баас — начал переговоры с членами этой партии, четырьмя старшими офицерами, зханимавшими ключевые посты: полковником Абдель Раззаком Найифом, главой военной разведки, полковником Ибрагимом Абдель Рахманом Даудом, командующим Республиканской гвардией (преторианской гвардией президента), полковником Саадуном Гайданом, командиром моторизованной бригады Республиканской гвардии, полковником Хаммадом Шихабом, командующим багдадским гарнизоном.
Офицеры выставили неприемлемые для партии БААС требования. Они потребовали кресло премьера для Найифа и министра обороны для Дауда. Саддам — принял их все до единого несмотря на протесты других членов партии.
17 июля 1968 года президенту Абдель Рахману Арефу позвонил генерал Хардан аль-Тикрити и сказал, что он свергнут. Ареф позвонил Дауду — но тот сказал, что армия против него. За два дня до того, когда по стране поползли слухи о перевороте — Ареф вызывал Найефа и Дауда во дворец и те целовали его руки и говорили, что всегда будут верны ему.
Переворот прошел практически без крови, раздавались только салюты в честь победы. Вся армия — предала Арефа и тому ничего не оставалось как покинуть страну и уехать в Иорданию. Он жил очень долго и видел очень многое — умер только в 2007 году.
После этого — в стране установилось двоевластие. У Найефа и Дауда была армия, но не было идеологии и партии. Но Бакра и Саддама — была идеология и партия — но не было армии. Точнее — отдельные сочувствующие в армии все-таки были.