Два старших сына царя умерли еще при его жизни. Первенец — младенцем, второй — уже представленный народу как наследник — 15-летним. Наталья Кирилловна успела родить царю трех детей: сына Петра — крепкого, живого и сообразительного мальчика, дочь, названную по имени матери Натальей, и еще одну дочь — Феодору, но малышка умерла через год.
В день кончины царя, старшему сыну Федору исполнилось 15 лет, второму сыну, Иоанну — 10, а Петру всего 4 года.
Вопрос наследования решился просто: Федора провозгласили царем. Вдовая царица с малолетними детьми осталась жить во дворце на женской половине вместе с царевнами: 29-летней Евдокией, 24-летней Марфой, 19-летней Софьей, 18-летней Екатериной, 16-летней Марией и 14-летней Феодосией.
Вокруг царевен начала формироваться некая политическая партия, враждебная царице. Николая Иванович Костомаров пишет: «Шестеро сестер нового государя ненавидели мачеху Наталью Кирилловну; с ними заодно были и тетки, старые девы, дочери царя Михаила; около них естественно собрался кружок бояр; ненависть к Наталье Кирилловне распространялась на родственников и на сторонников последней. Прежде всех и более всех должен был потерпеть Артамон Сергеевич Матвеев как воспитатель царицы Натальи и самый сильный человек в последние годы прошлого царствования».
Федор Алексеевич начал масштабную перестройку Московского Кремля и Москвы в целом. При этом особый упор делался на строительстве светских зданий, почти 10 000 из них были каменными. Кредиты на их строительство Федор щедро раздавал из государственной казны, также созданы новые противопожарные службы. По приказу царя в Кремле разбили новые висячие сады.
Легенда гласит, что Федор хотел отселить Наталью Нарышкину с детьми подальше от царского дворца. Когда же она наотрез отказалась, он не стал спорить, а… перенес сам дворец. Так это было не самом деле, или нет, но ясно одно, что Федору не за что любить «партию Нарышкиных», хотя к вдове своего отца и к ее детям он относился с неизменным уважением, заботился о них, как и подобало главе семьи. Так, для маленького Петра он приказал сделать специальную палату для игр, в которой были лошадки, барабаны, солдатики, пушки и походные шатры. Он же приказал собрать для Петра «потешную ватагу».
В те годы царевна Софья находилась рядом с братом. Забота о больном, к которому она была искренне привязана, помогала ей выйти из своих покоев и участвовать в обсуждении политики, в заседаниях боярской думы хотя бы только в качестве слушательницы. А слушала она, как показало будущее, очень внимательно. Вероятно, она оценила разумную рачительность брата и сделала свои выводы. К ней начинают обращаться с просьбами: донести до царя ту или иную челобитную, она словно выходит из «зоны невидимости», в которой должны были пребывать русские царевны.
Править Федору довелось всего шесть лет. За столь короткий срок Федор сделал поразительно много. Кроме того, за это время он успел жениться, и жена родила ему сына Илью. Федору удалось то, что не удалось его отцу и деду: он женился по любви — Аграфена Грушецкая, наполовину полячка, не принадлежала к знатному роду. Бояре, не желавшие этого брака, клеветали на нее и обвиняли в распутстве, но в отличие от Михаила и Алексея, Федор сумел настоять на своем.
В тот год, что он прожил с женой во дворце, были заведены новые порядки: на пиры не пускали гостей в длиннополых кафтанах, царь считал, что они напоминают женские платья, и предпочитал одежду на польский манер и польские шапки, оставлявшие волосы открытыми. Бороды при Федоре не рубили насильно, а брили, повинуясь диктату новой моды. Но через год молодая царица умерла в родах, а через десять дней скончался и младенец.
Уже тяжелобольного Федора спешно женили, детей во втором браке у него не было. Когда он скончался, так и не оставив наследника, стало понятно, что Россию ожидает новая кровопролитная битва за власть.
В этой борьбе у Милославских был, как сказали бы шахматисты, «выигрыш темпа» — следующий по старшинству сын Алексея Михайловича — Иоанн, которому уже пятнадцать лет, т. е. вполне легитимный возраст для коронации. Михаил в свое время был не старше, когда взошел на трон.
Но у Нарышкиных «выигрыш качества»: Иоанн болезненный, как его старший брат, а по слухам, еще и слаб умом, тогда, как Петр — крепкий, смышленый и живой мальчик. И Нарышкиным удается «провести свою пешку в ферзи», т. е. короновать своего ставленника — 10-летнего Петра.