Война прекратила деятельность Миссии. Но уже в 1858-м году в Иерусалим прибывает ей на смену новая Миссия в составе 11-ти человек с Епископом Кириллом (Наумовым) во главе. Ассигнованная для миссии сумма вдвое превышает то, что получала первая миссия (14.650 руб. вместо 7.000 руб.) Преосвященный Кирилл, как и его предшественник, развил успешно всестороннюю деятельность. Добившись уважения турецкой администрации, местного населения и православного духовенства, он смог значительно улучшить положение и условия пребывания в Св. Земле русских паломников. Миссия совершила большую работу по возращению в лоно православной Церкви арабов униатов.
В эту эпоху в Петербурге зародилось Общество, которое станет Императорским Палестинским Православным Обществом. Общество занялось сбором пожертвований на Св. Землю по всей России. В результате деятельности общества с 1858-го по 1864-й г. было собрано свыше миллиона рублей. Получив средства, Миссия приступила к покупкам участков земель, освященных тем или иным событием Священной Истории и к сооружению на этих участках странноприимных домов, богаделен, амбулаторий и др. учреждений.
В 1864-м году Епископ Кирилл был отозван. Около года его заменял иеромонах Леонид (Кавелин); после чего в Святую Землю прибыл из Константинополя, где он был настоятелем посольской церкви, Архимандрит Антонин, роль которого в истории Миссии будет первостепенна.
Продолжая и развивая деятельность своих предшественников, о. архимандрит Антонин выискивал священные места, еще не занятые инославными и скупал их. На купленных участках разводились сады, возводились храмы, учреждались и строились школы. В конечном счете приобретенные участки, (всего 30) представляли собой площадь в 42 гектара. Отметим среди них:
Участок у Дуба Мамврийскаго, вершина горы Елеонской, участок в Аин Карем, где учреждена была женская обитель «Горнее», участок близ гор. Яффа с обширным садом, где посторен был храм, участок в Иерихоне, и др.
Кроме мероприятий хозяйственного характера, о. архимандрит уделял много внимания научно археологическим изысканиям, чем обогатил библейскую науку. Отметим здесь раскопки на русском участке в Иерусалиме, которые обнаружил базилику времен Константина Великого (IV в.), а особенно остатки городских стен и «Судные ворота». (Осужденные на смертную казнь велись из претории на лобное место через «судные ворота», у которых в последний раз читался смертнику приговор. Таким образом Спаситель вне всякого сомнения был проведен через эти ворота и Его пречистые ноги коснулись обнаруженного при раскопках порога). Наконец о. Антонин провел большую работу по изучению библиотек монастырей и составил каталог Синайского монастыря Св. Екатерины.
Потрудившись на Святой Земле 30 лет, о. Антонин почил 24-го Марта 1894 г.
В 1871-м году Святую Землю посетил Василий Николаевич Хитрово, который обратил внимание на беспомощность русских паломников. Несмотря на то, что уже было для них сделано, они все же страдали от произвола турецкой администрации и арабов проводников.
Путем докладов В. Н. Хитрово начал знакомить общество с положением паломников. Свои сообщения он особенно развил по окончании войны 1877-го года, а в 1880-м году предпринял второе путешествие, во время которого он смог ознакомиться с построенными архимандритом Антонином странноприимными домами.
В 1881-м году Святую Землю посещают Великие Князья Сергий и Павел Александровичи. Вернувшись с паломничества, Великий Князь Сергий Александрович выразил согласие стать председателем Палестинского Общества, устав которого был утвержден 8 Мая 1882-го года. В 1889-м году Обществу было передано управление всеми земельными участками и всеми учреждениями (странноприимными домами, больницами, школами), дотоле бывшими в ведении азиатского департамента Министерства Иностранных Дел.
После убийства Великого Князя Сергия Александровича, «заботу о близком сердцу почившего деле», Государь Император Николай II-й поручил вдове Великого Князя, Великой Княгине Елизавете Феодоровне.
а) Культурно-просветительная: В 1907-м году насчитывалось до 347-ми сочинений по палестиноведению.
Школ для арабов:
в 1900-м году их насчитывалось 70;
в 1904-м году 87 с 10.000 учениками;
в 1907-м году 101 с 10.594 учениками, из коих 5.526 мальчиков и 5.068 девочек.
Для обслуживания школ Палестинское Общество располагало мужским интернатом (по образцу русских учительских семинарий) в Назарете (основанным в 1886-м году) и женской семинарией в Беш-Джили (основанной в 1890-м году). Кроме учителей арабов, часть преподавательского персонала приезжала из России.
Первоначально школы открывались лишь в Палестине, в пределах юрисдикции Патриарха Иерусалимского. Но вскоре иерархия Антиохийского Патриархата, учитывая значение русских начальных школ, обратилась к Палестинскому Обществу с просьбой взять под свою опеку школы в Сирии и Ливане. Таким образом к школам Иудеи и Галилеи добавились:
Бейрутский округ с 5-ю школами (в 1900-м году) с 151 мальчиками и 864 девочками,
Южно-Сирийская Инспекция с 7-ю мужскими, 12-ю смешанными и 1-ой женской школами, в которых обучалось 2.111 мальчиков и 1.333 девочки, и Северо-Сирийская Инспекция с 4-мя мужскими, 9-ю смешанными и 1-ой женской школами, в которых обучалось 2.518 мальчиков и 1.446 девочек.
б) Санитарная помощь: Из отчета Императорского Общества, представленного 28-4-1913 г., выявляется, что через 1 больницу и 6 амбулаторий прошло паломников, учащихся в русских школах и местного арабского населения 115.093 нуждающихся в медицинской помощи.
в) Помощь паломникам: Во второй половине XX-го века, когда мы привыкли к ежегодным массовым движениям туристов в связи с каникулярным периодом и когда мы читаем о массовых паломничествах в Рим, Лурд и другие места, при наличии многочисленных туристических обществ с представителями во всем мире и при содействии всех правительств мира (для которых туризм является доходной статьей), трудно себе представить, что означало в начале века поездка русского крестьянина из России в Иерусалим. Незнание языков, доверчивость к местному населению являлись большими препятствиями для успешного паломничества. Поэтому цифра в 9.178 паломников за год, из коих 4.159 на Пасху в 1912-м году надо считать весьма большой. Что делалось для паломников Палестинским Обществом?
Благодаря «паломническим книжкам», паломник через Одессу (главным образом), Новороссийск или Батум спокойно ехал до Св. Земли. Стоимость проезда до Иерусалима и обратно в 3-м классе без продовольствия обходилась из Москвы через Курск, Киев и Одессу в 54 рубля. Тот же проезд в 3-м классе поездом и 2-м классом на пароходе с продовольствием на пароходе обходился в 174 рубля.
В Одессе (и других портах) паломника встречали на станции монахи или послушники, которые провожали его в одно из 3-х подворий (в Одессе), где паломникам представляли кров, ночлег и довольствие бесплатно. Кроме того, подворья брали на себя хлопоты с паспортами и билетами. (На паспортах должны были быть турецкие визы).
В Яффе, паломника встречал служащий Палестинского Общества, который сопровождал его во все время его пребывания в Св. Земле и оказывал ему всякую помощь и содействие. В Иерусалиме паломники, желающие остановиться в общих палатах русских странноприимных домов, ничего не платили за помещение в течение первых 14-ти дней. Квартирование в отдельной комнате, с бельем, освещением, отоплением и прислугой стоило от 30 коп. до 1 рубля. В общей палате кровать в сутки стоила 3 коп. (после 14 дней бесплатных). Довольствие для живущих в отдельных комнатах обходилось в день 1 р. 50 коп., а остановившиеся в общих палатах могли получить порцию чая или супа (с хлебом) за 5 коп. и порцию каши за 3 коп. (Данные на 1906–1907 гг. взяты из «Путеводителя по Св. Местам града Иерусалима». Изд Фесенко. Одесса, 1908 г. 229 стр. с илюстр. и картой).