В ноябре 1942 г. Императорская ставка утвердила "Дополнительную программу", которая предусматривала постройку 11 транспортных лодок типа D1. Эти корабли интересны прежде всего тем, что впервые в японском флоте не имели торпедного вооружения и предназначались исключительно для транспортировки грузов и обеспечения деятельности разведывательно-диверсионных подразделений. В марте 1943 г. МГШ аннулировал заказы на корабли, имевшие на тот момент готовность менее 40 %. Одновременно Императорская ставка приняла "Военную программу" 1943–1944 гг. Она предусматривала постройку исключительно транспортных и высокоскоростных лодок. К первым относились шесть кораблей типов D1, D2 и 12 типа SS. Ко вторым — крейсерские типа ST и корабли прибрежного действия типа STS. Создание последних требовало колоссальных материальных затрат и длителных научных исследований. Огромную помощь в решении проблемы оказали немцы, передавшие на I-8 техническую документацию по лодкам Вальтера и ХХI-й серии. Несмотря на усилия МТД и настойчивые требования Императорской ставки, до конца войны флоту удалось передать только три корабля типа SТ (I-201, I-202 и I-203) и девять типа STS (с Ha-201 по Ha-205 и с Ha-207 по Ha-210). Все они участия в боевых действиях не принимали. Иначе обстояло дело с транспортными лодками. Большие потери в торговых судах поставили экономику Японии на грань катастрофы. Прежде всего, не хватало топлива и продуктов питания, что заставило один из кораблей типа D1 (I-372) и все типа D2 переоборудовать в ТН для трансортировки в Метрополию нефти из Сингапура. Эти большие корабли сложной конструкции принимали на борт до 350 т сырой нефти. Они долго строились, были сложны в эксплуатации, не могли близко подходить к побережью и скрытно выгружать грузы (для чего собственно изначально и создавались). Не случайно их постепенно переоборудовали в носители человекоуправляемых торпед. Альтернативой большим транспортным ПЛ стали корабли типа SS, постройка которых, в ходе войны на Тихом океане, стала одним из самых удачных решений МГШ. Из 12 заложенных кораблей данного типа, в строй ввели только 10. Они совершили девять грузовых рейсов и при этом не имели потерь, что для японского флота в 1945 г. являлось большим достижением. Данные лодки имели небольшие размеры, хорошо продуманную и простую конструкцию, устройство работы дизеля под водой "шнорхель" и достаточную автономность.
К июлю 1944 г. для МГШ стало очевидным, что традиционные методы использования ПЛ стали неприемлемы, и он вынес на обсуждение Императорской ставки новую кораблестроительную программу, известную как "Военная программа" 1944–1945 гг. Она предполагала эаказ в общей сложности 419 лодок различных классов (98 скоростных прибрежного действия типа STS, 76 скоростных океанского типа SТ, 232 трансортных типов D1 и D2, 13 поддержки авиации типа SН). Кроме того, для борьбы с боевыми кораблями противника предлагалось развернуть программу создания человекоуправляемых торпед, а в целях обороны о-вов Метрополии и Филиппин начать постройку 540 карликовых лодок типа D и 760 карликовых ПЛ кайрю. Карликовые лодки планировали ввести в строй до сентября 1945 г. Одновременно МГШ начал работы над так называемыми "Специальными силами" или устройствами типа канамоно. По своей конструкции они являлись металлическими цилиндрами, оснащенными ЭД и имевшими в носовой оконечности отсек с тринитротолуолом и контактные взрыватели. Некоторые из канамоно имели в качестве боевой части торпеду. Подобные устройства могли пройти под водой около 10 миль со скоростью 9 узлов. Прототип кайрю был создан в Школе технических специалистов в Йокосуке и изначально предназначался для тренировки водителей карликовых ПЛ. После того, как Императорская ставка утвердила программу 1944–1945 гг., его усовершенствовали, приспособив для боевых целей. Кайрю мог проийти под ЭД 14–15 миль со скоростью 10 узлов, имел газолиновый мотор для надводного хода, в качестве боевой части использовал две 457-мм торпеды, навешивавшиеся на корпус или 600 кг тринитротолуола. Строительство этих кораблей началось в феврале 1945 г. и продолжалось вплоть до окончания войны. На момент капитуляции, японцы располагали 244 боеготовыми лодками данного типа, из которых 20 использовалдись в учебных целях. Карликовые ПЛ типа D, являлись развитием кораблей типа А, но не были приспособлены для транспортировки на крейсерских лодках. 18.08.1945 г. американским оккупационным властям было передано 115 боеготовых кораблей данного типа. Реализация "Военной программы" 1944–1945 гг. была остановлена после поражения в боях за Филиппины. 18.01.1945 г. на совещании в Императорской ставке было принято окончательное решение отказаться от дальнейшей постройки больших лодок с торпедным вооружением (как требующих больших материальных затрат и отсутствия подготовленных экипажей) и сосредоточить все усилия на развитиии "специальных" средств, в том числе и человекоуправляемых торпед. Среди "специальных" средств были, например, и такие как фукурю — шесть тысяч аквалангистов, управляющих самоходными минами. С этого момента все усилия японской судостроительной промышленности были сконцентрированы на развитии сил обороны Метрополии, что собственно означало конец эволюции лодок Императорского флота.
Б.1 Организация японских подводных сил до 1.12.1941 г.
Свои первые лодки японцы планировали использовать против тяжелых артиллерийских кораблей противника. Их свели в Специальную флотилию, находившуюся в подчинении командующего Соединенным флотом. По мнению офицеров флота, для успешного проведения торпедной атаки лодкам необходимо было иметь большую скорость надводного хода. С этой целью в Японии по иностранным проектам построили несколько опытных кораблей, оснастив их мощными главными механизмами. Эти опыты не привели к желаемым результатам, внимание к лодкам ослабло и их распределили по Военно-морским округам. В 1910 г. МГШ решил изучить возможность использования ПЛ в борьбе против судоходства. Однако автономность и мореходность имеемых в строю кораблей не позволяли эффективно решать эту задачу, и МГШ вновь вернулся к вопросу о применении лодок против линейных сил. В июле — августе 1912 г. была предпринята первая попытка провести учебную атаку флота "противника" совместно, группой ПЛ и броненосцами. Как оказалось, лодки не могли своевременно выйти в назначенную позицию и своими действиями только сковывали маневры кораблей. Тем не менее, в ноябре 1912 г. были разработаны Инструкции морского боя, определяющие тактику использования ПЛ в ходе генерального сражения. В частности, МГШ сформировал Отдельную эскадру, состоявшую из пяти дивизионов трехкорабельного состава. Лодки должны были следовать впереди своих линейных соединений, вести разведку в интересах командующего флотом и, в случае необходимости, атаковать противника до начала артиллерийского боя. В ходе атаки действиями ПЛ руководил командир эскадры, находившийся на одной из них.