Вполне распространенная в мире ситуация взаимодействия «мировой религии» с религией местной зачастую заканчивается тем, что местная религия, оказав определенное влияние на формирование локального извода религии мировой, заканчивает свое самостоятельное существование. Однако японский исторический опыт оказался иным. Находясь под сильным буддийским влиянием, синтоистские святилища не прекратили своего функционирования. Имена синтоистских божеств (ками), признанные за временные воплощения (аватары) будд и бодхисаттв, не были окончательно забыты. Обрядность синто также не исчезла полностью. Отодвинутый на второй план при сёгунатах императорский дом, легитимность которого обеспечивалась прежде всего синтоистским мифом и ритуалом, продолжал свое существование и выступал в качестве хранителя традиций синто (его мифов и ритуалов). Все это свидетельствует о том, что все эти «аксессуары» синтоистской жизнедеятельности находились в «рабочем» состоянии, хотя сам синто и был растворен в многокомпонентной японской культуре.
Рост нативистских настроений реализовался в XVIII–XIX вв. в трудах ученых школы кокугаку. Их идеи находились поначалу на периферии общественного сознания, однако ход истории способствовал их актуализации в дальнейшем. Именно ученые кокугаку стали последовательно применять термин «синто». Вместе с насильственным «открытием» Японии западными державами (середина XIX в.) страна приступила к решению двуединой задачи. При решении неотложных проблем в области ускоренной модернизации (без этого Япония была бы обречена на колониальный или полуколониальный статус) в полный рост встала и задача по созданию национального государства и национальной идентичности. Без создания такой идентичности, без осознания важности ощутить себя «японцами» задачи по превращению страны в конкурентоспособную державу решены быть не могли.
В соответствии с планами реформаторов (большинство из них принадлежали к низкоранговому самурайству), новая форма японской государственности, создававшаяся в рамках движения известного как «обновление Мэйдзи» (Мэйдзи исин), была объявлена преемницей древнеяпонской монархии. Взошедший на престол в 1867 г. император Мэйдзи позиционировался как преемник «великих» государей древности (прежде всего, актуализировалась фигура мифического первоимператора Дзимму). В данном случае не имеет значения, насколько это соответствовало действительности. Важно, что общественное сознание согласилось с этим. А это повлекло за собой актуализацию всего комплекса представлений, имевшегося (или якобы имевшегося) в древней Японии. Той Японии (или того фрагмента Японии), которая еще не подверглась континентальным влияниям и сохранила «первозданную» чистоту. В первую очередь, это коснулось синто, того синто, который, наряду с буддизмом и конфуцианством, обслуживал нужды государства в древности. В информационный оборот была введена концепция «единства ритуала и управления» (сайсэй итти), предполагавшая, что император объединяет в себе жреческие и управленческие функции. В старые тексты вчитывались новые смыслы, императору (якобы в соответствии с древними установлениями) была придана новая функция — военачальника, функция, которой он на самом деле никогда не обладал. Полузабытые ритуалы древности реконструировались, немало обрядов было создано вновь, но они выдавались за старые. Анонимные курганные захоронения древности (кофун) волевым порядком связали с именами конкретных императоров. В борьбе за «национальное единение», которое предполагало отсечение локальных субкультур, многие синтоистские святилища подлежали упразднению (слиянию), кое-кто из неортодоксальных синтоистских деятелей подвергся преследованию. Иными словами, была предпринята значительная работа по унификации синтоистских верований и ритуалов, работа, в результате которой и был сформирован тот идейно-ритуальный комплекс, который стал широко известен (как в самой Японии, так и за границей) под названием «синто». Работа по выделению древнего субстрата и новейших напластований также входила в задачу авторов «Энциклопедии». Такая работа весьма важна не только для истории собственно синто; она дает выходы на широкие исторические проблемы, связанные с процессом модернизации, формированием феномена национализма, тоталитарного государства, способов манипулирования общественным сознанием и подсознанием.