А. в древности в чистом виде встречается редко (учение чарваков в Индии, Лукреция в Др. Риме). Чаще можно наблюдать различные формы религиозного вольнодумства. В Др. Греции атеистами называли людей, отрицавших богов народных верований (Секст Эмпирик упоминал 5 наиболее известных атеистов древности: Протагора Косского, Эвгемера Критского, Протагора из Абдеры, Диагора Мелосского, Феодора Киренейского). Ксенофан, критикуя антропоморфизм богов греческой народной религии, которым он противопоставил некое единое мировое божество, выдвинул идею о том, что именно люди создали богов по своему образу и подобию. Зарождаются различные концепции происхождения религии: возводимая к Демокриту идея о возникновении веры в богов из страха перед грозными силами природы; приписываемый афинскому тирану Критию взгляд на религию как на изобретение хитрого политика для управления людьми и др.
В эпоху средневековья открытый А. не встречается и можно проследить лишь тенденции антиклерикализма и свободомыслия в ряде средневековых ересей, в учении о двойственной истине у Ибн Рушда и Ибн Сины, в легенде о «трёх обманщиках» (Моисее, Иисусе и Мухаммеде) и т.п.
Становление капиталистического способа производства требовало развития науки, что привело к её столкновению с церковью и религиозной догматикой. «... Наука восстала против церкви; буржуазия нуждалась в науке и приняла участие в этом восстании» (Энгельс Ф., см. Маркс К. и Энгельс Ф., Соч., 2 изд., т. 22, с. 307). Антиклерикальные выступления гуманистов эпохи Возрождения П. Помпонацци, Л. Балла, У. фон Гуттена, Эразма Роттердамского, работы Н. Коперника, Дж. Бруно, Г. Галилея и др., обосновывавшие гелиоцентрическую картину мира, сыграли выдающуюся роль в подрыве духовной диктатуры церкви. Критика христианских идей личного бога, трансцендентности бога, творения мира из ничего и т.п. приводила многих мыслителей к пантеизму (Дж. Бруно, Л. Ванини, Б. Спиноза), деизму (Ф. Бэкон, Т. Гоббс, И. Ньютон), скептическому рационализму в вопросах религии (М. Монтень, П. Бейль, Вольтер).
Французские материалисты 18 в. (Ж. Мелье, П. Гольбах, Ж. Нежон, Д. Дидро, К. Гельвеций, Ж. Ламетри, С. Марешаль) выступают как представители последовательного А.. «бойкой, живой, талантливой, остроумно и открыто нападающей на господствующую поповщину публицистики...» (Ленин В. И., Полн. собр. соч., 5 изд., т. 45, с. 26). Ограниченность французских атеистов 18 в. связана с их антиисторическим подходом к религии и непониманием её общественной природы: видя в ней только продукт обмана и невежества, они боролись за освобождение от религиозных предрассудков путём просвещения масс, распространения знаний. Выдающимся представителем А. в 19 в. был Л. Фейербах, который с позиций антропологического материализма подверг критике религию и идеализм («Сущность христианства», 1841). Ключ к объяснению религии Фейербах видел в «самоотчуждении» человека, проекции человеческих чувств и желаний в образах фантастических существ — богов. Ограниченность антропологического понимания религии у Фейербаха выразилась, в частности, в попытке заменить традиционную религию новой «религией человеколюбия».
Атеизм в 19 в. связан в значительной степени с достижениями естественнонаучной мысли. Идейным обоснованием его служил, в частности, материализм Л. Бюхнера, К. Фохта, Я. Молешотта, а также эволюционная теория Ч. Дарвина. Опираясь на дарвинизм; Э. Геккель развил свою концепцию естественнонаучного «монизма» и организовал «Союз монистов» для борьбы с религиозным мировоззрением. С позиций иррационалистической философии жизни подверг критике христианство и религию Ф. Ницше (ср. его получившие известность слова: «бог умер»).
В 20 в. иррационалистическая линия критики религии получила развитие в т. н. атеистическом экзистенциализме (М. Хайдеггер, Ж. П. Сартр, А. Камю). В духе своей концепции психоанализа с отрицанием религии выступил З. Фрейд («Будущность одной иллюзии», 1927, рус. пер., 1930). С конца 19 в. возникают буржуазные атеистические союзы, которые издают журналы и альманахи, созывают конгрессы. Национальные общества свободомыслящих в различных странах объединены в настоящее время во «Всемирный союз свободомыслящих» (основан в 1880 в Брюсселе; 34-й конгресс состоялся в 1963). Примером современной просветительской критики христианства являются выступления Б. Рассела («Почему я не христианин», 1927, рус. пер. 1958).
В России развитие свободомыслия и А. связано с передовой русской мыслью 18—19 вв. У истоков его стояли М. В. Ломоносов и А. Н. Радищев, мировоззрение которых складывалось в русле деизма. Русские революционные демократы В. Г. Белинский, А. И. Герцен, Н. Г. Чернышевский, Д. И. Писарев непосредственно связывали А. с задачами антикрепостнической борьбы. Естественнонаучная традиция критики религиозного миросозерцания развивалась в работах И. М. Сеченова, И. И. Мечникова, К. А. Тимирязева.