Но оживление в экономике страны длилось недолго. Изменение направления мировых торговых путей, возобновление в 70-х гг. 16 в. войн между Сефевидским государством и Турцией, внутренние феодальные междоусобицы вели к общему замедлению темпов социально-экономического развития стран Востока, в том числе и А. государство Сефевидов охватили антифеодальные, выступления ремесленников, городской бедноты и крестьян, вызванные ростом налогового бремени. Самым крупным из них было восстание тебризских ремесленников 1571—73.
При шахе Аббасе I (правил в 1587 — 1629) Сефевидское государство переживает своеобразный процесс перерождения в иранское. На десятом году своего правления Аббас I перенёс столицу из Казвина в глубь Ирана — в Исфахан, что способствовало усилению влияния Иранской знати при дворе и в государственном аппарате. Опорой шаха всё более становятся Иранские феодалы, в их руки переходят главные придворные должности и высшие административные посты. Из армии были удалены многие азербайджанские военачальники. А. начал превращаться в одну из окраин Иранского государства. Азербайджанскому народу отныне приходилось бороться не только против эксплуатации местных феодалов, но и против Иранского гнёта. В то же время народные массы страдали от тяжести длительных войн между султанской Турцией и шахским Ираном, продолжавшихся с небольшими перерывами с 1602 по 1639. В эти годы прославилось имя народного героя Кёр-оглы — предводителя одного из крестьянских отрядов, выступавших против иноземных и местных угнетателей. После мира, заключённого между Ираном и Турцией в 1639, А. опять оказался под властью Ирана.
В начале 18 в. вновь усилилась борьба Ирана и Турции за А. и остальное Закавказье. Завоевательская политика этих стран представляла большую опасность для народов края, т. к. несла с собой не только усугубление его собственной социально-экономической отсталости, экономической и политической раздробленности и установление наиболее жестоких форм феодального гнёта, но и угрозу прямого истребления значительной части населения. В 1715—31 в Закавказье происходили выступления против Турции и Ирана.
Экономические и политические интересы, связывающие А., как и остальные страны Закавказья, с Россией, необходимость искать защиты от ирано-турецких поработителей усиливали среди части населения А., особенно горожан, тяготение к России. Это совпадало с интересами царской России, стремившейся к расширению и укреплению своего влияния на Востоке. Правительство России хотело закрепиться на берегах Каспия, придавая особенное значение занятию Баку — лучшего порта на Каспии. Летом 1723 в Баку высадился десант русских войск и после преодоления непродолжительного сопротивления местного гарнизона занял его. Вслед за Баку к России были присоединены прикаспийские области вплоть до Решта и Астрабада. Западноевропейские державы — Англия и Франция, стремясь расширить свои колониальные владения на В., всячески противодействовали усилению русского влияния на Кавказе. Подстрекаемая европейскими государствами Турция начала готовиться к войне с Россией. Летом 1723 султанские войска вторглись в Грузию, а в конце 1723 — начале 1724 ими уже были захвачены многие области Закавказья. Россия, только что вышедшая из войны со Швецией, не могла вступить в новую войну с Турцией. По договору между Россией и Турцией, подписанному 12 (23) июня 1724 в Константинополе, за Россией были закреплены прикаспийские области А. с Баку, Сальянами и Ленкоранью. Остальная территория А. оставалась в руках Турции и Ирана. Такое положение существовало вплоть до 1735, когда России во избежание новой войны с Ираном и Турцией пришлось уступить Ирану прикаспийские области А. В марте 1735 между Ираном и Россией был подписан Ганджинский договор, согласно которому русские войска ушли из Баку и Дербента; прикаспийские области опять оказались под властью Ирана. Правительство Надир-шаха установило там невыносимый гнёт. В конце 30 — начале 40-х гг. Ширван, Шеки и другие области А. были охвачены крупными антииранскими восстаниями.
Во 2-й половине 18 в. на территории А. сложилось около 15 государственных образований — ханств, наиболее крупными из которых были Шекинское, Карабахское и Кубинское. Существовали и более мелкие феодальные владения — султанства и меликства. Господствующим в А. всё ещё продолжало оставаться натуральное хозяйство. Домашнее ремесло было соединено с земледелием. А. не достиг ещё мануфактурной стадии производства. В ремесленных мастерских изготовлялись орудия труда, оружие, ткани, кожаные изделия и другие предметы домашнего обихода. В разных ханствах были распространены различные виды ремесла. Шеаха была центром шёлкоткачества, в Ширванском ханстве развилось производство медной утвари и оружия, в Кубинском — ковроткачество и т. д.
Города А. во 2-й половине 18 — начале 19 вв. представляли главным образом административные центры ханств. Значительная часть городского населения не порвала связи с сельское хозяйством. Вся земля в А. формально считалась собственностью ханов, но фактически большая её часть находилась на правах условной (тиуль) или наследственной(мульк) собственности в руках светских феодалов — беков и агаларов; часть земель была в руках религиозных учреждений (вакф). К крупным землевладельцам принадлежала также и знать кочевых племён, захватившая часть земель, населённых полуоседлыми и оседлыми крестьянами. Основную массу крестьян составляли прикрепленные к земле райяты. При переходе земельного владения от одного хозяина к другому вместе с ним к новому владельцу переходили и райяты. Их положение было очень тяжёлым. Помимо большого количества податей, вносимых ими землевладельцу-феодалу натурой и деньгами, они отбывали также в его пользу отработочные повинности. Кроме того, они платили налоги и отбывали разные повинности и в пользу хана. Другую, менее многочисленную, группу крестьян составляли ранджбары — лично-зависимые крестьяне, не имеющие своего хозяйства. Их положение было ещё более тяжёлым. К крестьянскому населению относились также и зляты — кочевники-скотоводы. Они входили в состав кочевых племён и были зависимы от племенной знати.
Засилье феодалов сохранялось и в городах А. Нередко они сосредоточивали в своих руках значительное количество торговых заведений, ремесленных мастерских, применяя тяжёлые формы феодальной эксплуатации. Феодалы оказывали влияние и на ход торговли, особенно внешней. Существование таможенных перегородок между ханствами, высокие пошлины, наличие различных денежных систем и мер веса — всё это препятствовало развитию и росту торговли внутри страны.