Мускулатура, особенно летательная, очень сильно развита. Так, участвующие в летании мышцы (главным образом грудные) могут составлять от 11 (лысухи) до 50% (тинаму) массы тела, расположены близко к его центру тяжести, что обеспечивает устойчивость в полёте. Хорошо развита и мускулатура ног. Различия в строении скелета и мускулатуры определяют особенности полёта у разных П. Он бывает парящий, как у альбатросов, аистов, хищных П., летающих с минимальной затратой мускульной энергии и использующих при этом восходящие потоки воздуха, и гребной (машущий), когда много сил расходуется на активную работу крыльями. П.-парители имеют удлинённый плечевой отдел крыла, тогда как у П. с активным полётом (колибри, стрижи) плечевая кость может быть предельно укороченной. Фазан затрачивает основную энергию на вертикальный (взрывной) взлёт и имеет относительно более мощную грудную мускулатуру, чем, например, чайки, часто парящие в воздухе.
Система дыхания у П. отличается своеобразием. Бронхи, пронизывающие небольшие, мало растягивающиеся лёгкие, соединены с системой из 9—10 эластичных воздушных мешков. Вдыхая воздух произвольно или автоматически (при взмахе крыла), П. прогоняют его через лёгкие в воздушные мешки, выдыхая — выпускают из мешков, снова прогоняя через лёгкие, увеличивая, т. о., интенсивность газообмена. Воздушные мешки несут у П. и функцию терморегуляции, а у водоплавающих П. помогают изменять плотность тела при нырянии. Интенсивное кровообращение обеспечивается большим относительным объёмом сердца, особенно у мелких П. (например, у колибри до 2,85% массы тела), и частотой его сокращений (например, от 60—70 ударов в мин у страусов до 1000 — у колибри).
Пищевод иногда имеет расширение — зоб для временного хранения пищи и её предварительной химической обработки. В переднем тонкостенном железистом отделе желудка пища обрабатывается пищеварительными соками, в заднем, мышечном, особенно мускулистом у зерноядных П., она тщательно перетирается. Пищеварение заканчивается в тонкой кишке, где действуют секреты поджелудочной железы и печени, и в слепых кишках (у попугаев и хищных П. они отсутствуют), открывающихся на границе тонкой кишки и короткой толстой, впадающей в клоаку. Пищеварение интенсивное; непереваренные кости, шерсть, чешую рыб и хитин насекомых многие П. отрыгивают в виде погадок.
Головной мозг П. относительно велик, хорошо развиты большие полушария (кора их слабо выражена, и ассоциативную функцию выполняют «полосатые тела»), зрительные доли и мозжечок. Продолговатый мозг слабо отделен от спинного, имеющего шейное и поясничное расширения, от которых отходят нервы к крыльям и ногам. Зрение, слух и чувство равновесия у П. развиты хорошо, в отличие от обоняния и вкуса. Глазные яблоки очень большие и мало подвижны в орбитах (у сов неподвижны). Связанная с этим ограниченность поля зрения, особенно у П. с фронтальным расположением глаз (совы, луни), компенсируется подвижностью шеи. При наличии высокоразвитых голосовых средств общения слух играет значительную роль в жизни П. Совершенный слуховой аппарат сов позволяет им и в темноте легко обнаруживать добычу. Гуахаро и саланганы, гнездящиеся в тёмных пещерах, ориентируются в темноте с помощью эхолокации.
Органы выделения — почки, очень крупные. Мочевой пузырь отсутствует, и мочеточники открываются в клоаку, где часть воды, содержащейся в моче, всасывается стенками, снижая потребность организма в воде. Половые органы самца состоят из 2 семенников, резко увеличивающихся перед началом гнездования. Семяпроводы, отходящие от семенников, впадают в клоаку; копулятивный орган имеют лишь немногие, более примитивные П. (например, страусы, гуси). Половые органы самки состоят из левого яичника и яйцевода, открывающегося в клоаку (у сов и хищных П. есть и правый яичник). Оплодотворённое яйцо в верхнем отделе яйцевода покрывается белковой оболочкой, затем одевается скорлуповыми оболочками и, наконец, известковой скорлупой; в самом нижнем отделе яйцевода яйцо приобретает окраску, характерную для данной группы П. Пестициды, полученные П. при поедании отравленных насекомых, грызунов и зерна, являются одной из причин откладки неоплодотворённых яиц с тонкой скорлупой.
Половая зрелость у трёхперсток наступает через 4—5 мес, у многих воробьиных П., голубей, уток — через 10—11 мес после вылупления, у стрижей, многих чаек и гусей — через 2 года, у орлов, грифов и аистов — через 4—6 лет, у королевского альбатроса — лишь на 8-м году жизни.