Протестантские кантоны во 2-й половине 16—17 вв. переживали экономический подъём. Этому способствовали приток в Ш. протестантов-эмигрантов из католических стран (особенно из Франции), с переселением которых в Ш. началось развитие новых отраслей промышленности (в частности, производство часов), а также неучастие Ш. в опустошительной Тридцатилетней войне 1618—48. По Вестфальскому миру 1648 самостоятельное государственное существование Швейцарского союза получило международное признание.
Страну раздирали внутренние религиозно-политические распри. Заключение в 1586 католическими кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден, Люцерн, Фрейбург, Цуг, Золотурн) сепаратного союза для защиты католицизма привело по существу к разделению страны на католический и протестантский блоки. Столкновения между ними, отражавшие в религиозной форме стремление буржуазных элементов экономически развитых кантонов изменить устаревшее государственное устройство Ш., обеспечивавшее политическое господство отсталым католическим кантонам, принимали форму открытых войн (например, т. н. 1-я и 2-я Вильмергенские войны, 1656, 1712). Против патрицианско-цеховых олигархий, захвативших власть во многих городских магистратах и стремившихся сохранить отсталые социально-политические порядки, выступало эксплуатируемое крестьянство городские округи (крупнейшее восстание — Крестьянская война 1653 ), поддерживаемое городским плебейством, а также буржуазная прослойкой горожан. Особенно усилилась борьба с городскими олигархическими режимами в 18 в. (восстание 1707 в Женеве во главе с П. Фатио , Генци заговор 1749 в Берне и др.).
Ш. в конце18 — начале 19 вв. Формирование и утверждение капитализма, создание централизованного буржуазного государства. К концу 18 в. в Ш. значительно развились промышленность (хлопчатобумажное производство в Цюрихе, шёлковое — в Базеле, производство часов — в Западной Ш.) и торговля. Великая французская революция стимулировала стремление буржуазии Ш. к ликвидации феодальных отношений, олигархические формы правления. Усилению революционной борьбы способствовала и деятельность созданного в 1790 в Париже «Клуба швейцарских патриотов» (см. Гельветический клуб ). В 1792 прошли революционные выступления в Женеве, Вале, Во, в Базеле образована т. н. Рауракская республика (в мае 1793 присоединена к Франции). Весной 1798 французские войска вступили в Ш., 5 марта заняли Берн. Конфедерация 13 кантонов распалась. 12 апреля в г. Аарау при поддержке Франции была провозглашена Гельветическая республика (в состав её наряду с прежними 13 кантонами вошли Вале, Леман, Ааргау, Беллинцона, Лугано, Реция, Зарганс, Тургау и Санкт-Галлен), введена конституция (составлена по образцу французской конституции 1795). Ш. становилась централизованным унитарным государством. Оборонительно-наступательный союз (август 1798) с Францией вовлек Ш. в войну со 2-й антифранцузской коалицией, в ходе которой территория Ш. стала театром военных действий (см. Швейцарский поход Суворова 1799 ). В Ш. развернулась борьба между унитариями и федералистами. В феврале 1802 была принята новая, т. н. Мальмезонская конституция (от названия г. Мальмезон, где происходили переговоры унитариев с федералистами), предоставлявшая кантонам ограниченное самоуправление. 19 февраля 1803 Наполеон I издал «Акт о медиации», восстанавливавший (с некоторыми изменениями) существовавшее до 1798 государственное устройство Ш. Кроме прежних 13 кантонов, в состав Союза включались Граубюнден, Ааргау, Тургау, Санкт-Галлен, Во, Тичино.
В обстановке крушения наполеоновской империи союзный сейм Ш. отменил «Акт о медиации» и объявил (29 декабря 1813) о намерении Ш. соблюдать строгий нейтралитет. Новый союзный договор (выработан в сентябре 1814, утвержден сеймом в августе 1815) был одобрен Венским конгрессом 1814—15 , признавшим в специальной декларации (20 марта 1815) и «вечный» нейтралитет Ш. К Ш. присоединялись ставшие кантонами Вале, Женева, Невшатель (до 1857 формально личное владение прусского короля). Ш. стала объединением 22 самостоятельных, слабо связанных между собой кантонов; верховная власть принадлежала сейму. На рубеже 30-х гг. развернулось движение (во главе с либерально-буржуазными кругами) за окончательную ликвидацию феодальных отношений, за демократизацию политического строя и централизацию страны. Под влиянием революционных событий 1830 во Франции в Ш. усилились требования пересмотра союзного договора 1815. В марте 1832 7 кантонов, где у власти находилась либеральная буржуазия, основали Конкордат семи . В ответ 6 кантонов, в которых преобладали клерикалы, создали в ноябре 1832 Сарненскую лигу . Разработанный в 1832 сеймом проект нового федерального договора был отвергнут большинством экономически отсталых кантонов. В 1843—1845 7 католических кантонов создали реакционный блок Зондербунд . В развязанной руководством Зондербунда гражданской войне (1847) федеральная армия разгромила его войска. Военно-политическая победа буржуазии закреплялась конституцией 1848. Было создано единое федеративное государство, учрежден центральный законодательный орган — федеральное собрание (парламент), состоявшее из 2 палат: Национального совета и Совета кантонов. Исполнительную власть осуществлял федеральный совет (правительство), имевший право представлять Ш. во внешних сношениях, чеканить монету, осуществлять таможенные сборы и т.п. Объединялись почта, таможня, унифицировались системы мер и весов, денежная. Столицей Ш. стал Берн. Принятая 29 мая 1874 конституция (ныне действующая) расширяла компетенцию центральной власти (в области вооруженных сил и др.), вводила институт референдумов — плебисцитов, ограничивала сферу деятельности церкви; учреждала (в Лозанне) федеральный суд. Завершившаяся централизация способствовала экономическому развитию страны, утверждению капитализма в Ш. Важной предпосылкой индустриализации явилось накопление капиталов (благодаря посредничеству Ш. в международной торговле и развитию курортно-гостиничного дела, ставшего в 19 в. специфической отраслью экономики). Значительно развилась в 40—50-х гг. лёгкая промышленность, усилилась специализация сельскохозяйственного производства (швейцарское масло и сыры стали важными продуктами экспорта). В 1825—74 железнодорожная сеть выросла с 25 км до 1,5 тыс. км ; после открытия Сен-Готардского туннеля (1882) увеличился грузопассажирский транзит через Ш. В конце 90-х гг. появились многие отрасли обрабатывающей промышленности; в 1898 принят закон о выкупе государством железных дорог у частных компаний. В ходе индустриализации происходило формирование промышленной буржуазии и фабричного пролетариата. В 60—70-х гг. 19 в. созданы Женевская и другие секции 1-го Интернационала; ещё в 1858 возникли профессиональные организации (Швейцарский союз печатников и др.), в 1880 — Объединение швейцарских профсоюзов (ОШП). В 1888 основана Социал-демократическая партия Ш. (СДПШ). В Ш. находили убежище политические эмигранты из Российской империи, Италии, Франции и других стран (в 1870 создана Русская секция 1-го Интернационала, в 1883 — Группа «Освобождение труда» ).
Ш. в период монополистического капитализма. Ш. с конца 19 в. до 1918. В конце 19 в. в Ш. развиваются новые отрасли промышленности: машиностроительная, химическая, электротехническая и др.; определяется промышленная специализация страны (станкостроение, фармацевтика, производство часов, красителей и ядохимикатов и др.). За 1888 — 1910 число лиц, занятых в промышленности, выросло с 543 тыс. чел. до 811 тыс. чел.; значительно возрос приток иностранной рабочей силы (100—150 тыс. чел. в 90-х гг. 19 в., 300—500 тыс. чел. в 1910—14). К началу 20 в. усилился процесс концентрации банковского капитала, в 1905 был основан Национальный банк. Ш. стала одним из крупнейших экспортёров капитала на мировом рынке (в начале 20 в. его ежегодный экспорт из Ш. — свыше 3 млрд. франков), швейцарские активы за границей к 1914 составили 7,5 млрд. франков К началу 20 в. Ш.— страна монополистического капитализма. В Ш. прошли первые массовые выступления рабочего класса, крупнейшим из которых явилась всеобщая политическая стачка 1912 в Цюрихе. Под давлением рабочего движения был принят (1911) первый в стране закон о страховании трудящихся по болезни и несчастным случаям на производстве. В СДПШ началось размежевание на правое и революционное (лидер Ф. Платтен ) крыло.