Литература 16—1-й половины 19 вв. развивалась по двум линиям — придворно-панегирической и демократической. В оппозицию существующему строю часто вставали различные аскетически-отшельнические группы, распространённые в то время в Средней Азии как разновидности активного дервишества (см. Дервиши ). Некоторые из них сочиняли стихи мистического содержания, распространяли суфизм (см. Суфийская литература ).
Исторические события 16 в. отразились в героической поэме «Шейбани-наме» (1506) Мухаммеда Салиха (1455—1535), в творчестве Захиреддина Мухаммеда Бабура (1483—1530). До нас дошли его небольшой лирический диван и автобиографический труд «Бабур-наме». Но в произведениях Салиха и Бабура исторические события нередко получали тенденциозное освещение. Сочинения правителя Хивы Абулгази (1603—63) «Родословная туркмен» и «Родословная тюрков» (незакончен) содержат ценные сведения по истории туркмен, узбеков, каракалпаков, казахов, а также много народных легенд, преданий, сказаний, пословиц и поговорок. Значительный вклад в литературу 16 в. внёс Ходжа (Пошшоходжа) рассказами «Ключ справедливости» и «Цветник».
В период существования трёх самостоятельных ханств (Бухарского, Хивинского, Кокандского) народную тенденцию в литературе выражали видные представители демократической поэзии — Турди (17— начало 18 вв.) и Бабарахим Машраб (1657—1711), резко осудившие произвол феодальных правителей. Усиливается влияние фольклора на письменную литературу, укрепляются взаимосвязи и взаимовоздействия литератур народов Средней Азии. «Киссаи Сайфуль-мулюк» (начало 16 в.) Меджлиси — творческая переработка любовно-приключенческой темы из книги «Тысяча и одна ночь». В 1793—96 поэт Сайкалн создал дастан «Бахрам и Гуландам», любовно-приключенческий дастан «Хамро и Хурлико», получивший широкое распространение среди туркмен под названием «Хюрлукга и Хамра». Поэт 17—18 вв. Саййоди литературно обработал один из лучших фольклорных памятников — дастан «Тахир и Зухра», который популярен у многих народов Передней и Средней Азии.
В 18—19 вв. основными литературными центрами становятся Ферганская долина, Хорезм и Бухара. В Хивинском ханстве известность получил поэт и историк Равнак Пахлавонкули, творчество которого проникнуто пессимистическими настроениями. Мотивы разочарования содержит и поэзия Нишати Хорезми, испытавшего заметное влияние Навои и азербайджанского поэта Физули .
В конце 18 — начале 19 вв. выдвинулись поэтессы Надира (1791—1842), Увайси (80-е гг. 18 в. — около 1850) и Махзуна. Их творчеству свойственны формальное совершенство стиха и традиционная любовная тематика. В 1-й половине 19 в. передовое направление общественной мысли возглавили поэты Мухаммед Шариф Гульхани (конец 18 — начало 19 вв.), Махмур (умер 1844), Агахи (1809—74). Сочинение «Рассказы о Сове, или Поговорки» Гульхани, написанное в форме народной сказки по мотивам книги «Беседа птиц» поэта 12 в. Аттара , — блестящий памфлет против феодалов-правителей, реакционного духовенства и нравственно опустошённых придворных. Популярность обрели сатирические сочинения Махмура. Шедевром узбекской классической литературы стало поэтическое наследие поэта и историка Муниса Хорезми (1778—1829). Ему принадлежат также сочинения «Трактат о грамотности» (1804) и исторический труд «Сад счастья» (незакончен); эту работу завершил Агахи, оставивший также обширный диван «Талисман влюблённых».
Литература 2-й половины 19 — начала 20 вв. формировалась под возрастающим влиянием русской культуры, чему способствовало присоединение Средней Азии к России. Появляются переводы произведений русских писателей на узбекском языке. Передовые поэты воспевали русскую культуру, выступали против невежества, косности, консерватизма. Видными представителями прогрессивно-демократического крыла узбекской литературы были поэты Мукими (1851—1903), Закирджан Фуркат (1858—1909), Завки (1853—1921), Аваз Отар (1884—1919), поэтессы Дилшад и Анбар-Атин (1870—1915), которые ввели в литературу социальную и общественно-политическую тематику, положив начало реалистическому изображению действительности. Демократическое направление прокладывало себе путь в борьбе с идеологией буржуазно-националистического движения конца 19 в. — джадидизма . Благодаря просветительским начинаниям джадидов к ним временно примкнули многие представители интеллигенции, в том числе писатели, но впоследствии большинство из них отказалось от идейных позиций джадидизма и стало на защиту завоеваний Октябрьской революции. В числе таких литераторов были и основоположники советской узбекской литературы Хамза Хаким-заде Ниязи (1889—1929) и Садриддин Айни (1878—1954); последний, таджик по национальности, считается основоположником и таджикской советской литературы. Творчество основоположника советской узбекской литературы Хамзы формировалось под влиянием русских писателей, особенно драматургов и демократической поэзии. Хамза в 1915 создал театральную труппу из молодёжи, сам писал пьесы на местные темы. Творческое дарование Айни начало развиваться в ханской Бухаре, где в литературе сохранялись старые традиции. В ту пору эпистолярная проза была единственным видом нерифмованного письма. Айни начал прокладывать путь демократизации узбекского языка в том же эпистолярном жанре. В стихотворении «Марш свободы» (1918) Айни приветствовал Октябрьскую социалистическую революцию 1917 в России.