В начале 18 в. образовалось Кокандское ханство , которое в 1-й четверти 19 в. владело Ташкентом, почти всем бассейном Сырдарьи, частью Семиречья и др. территории. В 1812—13 состоялся обмен послами между Россией и Кокандом. В 1842 Кокандское ханство было захвачено Бухарским ханством, но восстание народа против власти эмира и использование местной знатью поддержки кипчакских племён восстановили в том же году самостоятельность Кокандского ханства. В 1847 против власти Коканда в Ташкенте вспыхнуло крупное народное восстание. В результате Ташкент получил относительную самостоятельность. В Хивинском ханстве в середине 18 — начале 19 вв. произошёл ряд народных восстаний, вызванных недовольством масс непомерными налогами. В 18 — 1-й половине 19 вв. происходили войны между среднеазиатскими ханствами (только из-за Ура-Тюбе кокандский хан воевал с Бухарой 15 раз). Войны и постоянные междоусобицы внутри ханств сопровождались опустошениями, грабежом, подрывали хозяйство и культурную жизнь.
Отсталость и консерватизм характеризуют духовную жизнь узбекских ханств 19 в. Но, несмотря на преследования со стороны реакционных правителей и духовенства, зарождалась национальная прогрессивная интеллигенция. В Коканде в начале 19 в. жили и творили поэты Гази, Махмур , Мухаммед Гульхани и др.; в Хиве — историк и поэт Шир-Мухаммед Мунис Хорезми и его племянник Агахи Мухаммад Риза, в Бухаре — поэт Мирза Садык Мунши и т.д. Развивалась, несмотря на феодальную отсталость, хозяйственная жизнь ханств. Строились и совершенствовались ирригационные сооружения, улучшалось с.-х. производство, возникали новые города.
В 19 в. Средняя Азия стала объектом соперничества Великобритании и России. Россия старалась установить и всемерно укрепить дипломатические и торговые отношения с ханствами Бухары, Хивы и Коканда. Торговля с Россией была весьма выгодна для среднеазиатских купцов.
Присоединение У. к России. Социально-экономическое развитие У. во 2-й половине 19 в.
Царское правительство стремилось завладеть в Средней Азии источниками сырья для русской промышленности и сферами приложения капиталов для растущей буржуазии, а также воспрепятствовать проникновению туда Великобритании. В 1860-х гг. началось наступление русских войск на территорию У. Первоначально военные действия развернулись против Кокандского ханства и завоёванных им ранее земель. Осенью 1862 русские войска вступили в Пишпек, летом 1863 захватили крепость Сузак, весной 1864 — г. Аулие-Ата и г. Туркестан. 22 сентября 1864 штурмом был взят Чимкент. 17 мая 1865 отряд М. Г. Черняева после трёхдневного штурма овладел Ташкентом. Затем были разбиты бухарские войска, двигавшиеся к Ташкенту. Осенью 1866 русские войска захватили часть Бухарского ханства (города Ура-Тюбе и Джизак, крепость Янгикурган). Кокандское ханство оказалось отрезанным от Бухары. В 1867 на территории Туркестана , занятой царскими войсками, было образовано Туркестанское генерал-губернаторство (первым генерал-губернатором был К. П. Кауфман ) с центром в Ташкенте. 23 июня 1868 между Россией и Бухарой был заключён мирный договор, в соответствии с которым территория с городами Ходжент, Ура-Тюбе, Джизак, Каттакурган, Самарканд отходила к России. Из этих земель был образован Зеравшанский округ в составе Туркестанского генерал-губернаторства. 12 августа 1873 заключён мирный договор с хивинским ханом, который признал протекторат России. Аналогичный договор с Бухарой был подписан 18 сентября 1873. После подавления Кокандского восстания 1873—76 было ликвидировано Кокандское ханство, его территория включена в Ферганскую область Туркестанского генерал-губернаторства. К концу 1880-х гг. территория современного У. входила в состав Сырдарьинской, Самаркандской и ферганской областей Туркестанского генерал-губернаторства, а также Хивинского и Бухарского ханств.
Несмотря на реакционную политику царизма, присоединение У. к России имело исторически прогрессивное значение. У. был втянут в экономическую систему развивающегося российского капитализма, что ускорило процесс хозяйственного развития края, способствовало возникновению промышленного пролетариата и зарождению буржуазных отношений. На У. распространилось влияние прогрессивной русской культуры и науки. Узбекский народ начал общаться с самым революционным в мире русским пролетариатом. Создались условия для вовлечения трудящихся У. в активную революционную борьбу за национальное и социальное освобождение.
Главной задачей экономической политики царизма в У. было развитие хлопководства. Вскоре У. стал одним из основных поставщиков хлопка для русской промышленности. С 1884 в крае начали сеять американский хлопчатник, превосходивший по своим качествам местный. Основными производителями хлопка были мелкие крестьянские хозяйства. С ростом хлопководства расширялись и углублялись товарно-денежные отношения в узбекской деревне. Началось переселение русских крестьян в Сырдарьинскую и ферганскую области, нередко сопровождавшееся насильственным захватом земель у коренного населения. Были построены Закаспийская (Среднеазиатская, 1899), Оренбурго-Ташкентская (1905), Ферганская и Бухарская (1910— 1916) железные дороги. В 1900 в Туркестане было 195 различных промышленных предприятий (21 до 1880), на которых работали около 10 тыс. чел. Основу среднеазиатского пролетариата составляли рабочие хлопкоочистительных и маслобойных заводов и железнодорожники. Большинство фабрик и заводов принадлежало русским капиталистам. Колонизационная политика русского правительства была направлена на сохранение экономической, политической и культурной отсталости местного населения. В 80—90-е гг. происходят первые выступления рабочих: волнения на Зауран-Коштурском руднике (1885), забастовка строителей близ Коканда (1898), волнения рабочих Самарканда (1898). Под влиянием рабочего движения и усиления социального и национального гнёта росло недовольство крестьян, выливавшееся в стихийные, разрозненные столкновения с баями и местной колониальной администрацией. В 1881, 1891, 1895 происходили выступления крестьян в Наманганском и Андижанском уездах. Наиболее крупным явилось Андижанское восстание 1898 . В конце 19 — начале 20 вв. в области идеологии и общественно-политические мысли в У. существовали и боролись несколько течений: феодально-клерикальное — идеология крупных светских и духовных феодалов; буржуазно-джадидистское (см. Джадидизм ) — идеология формировавшейся национальной буржуазии; демократическое (А. Дониш , М. Алим, М. Муками , Фуркат и др.), выступавшее в защиту интересов трудящихся, за дружбу народов Средней Азии с русским народом; марксистско-ленинское — идеология рабочего класса, проводниками которой, в первую очередь, были социал-демократы, сосланные из Центральной России.
У. в период империализма и буржуазно-демократических революций в России (1900—17). В начале 20 в. на территории У. были обнаружены значительные запасы полезных ископаемых. В Ферганской долине начали добывать нефть, в районе Науката и Тарангутсая действовали медные рудники. Добывались озокерит и минеральные соли. С конца 19 в. крупные текстильные фирмы открывали в У. агентства, конторы, склады для реализации продукции и закупки хлопка. Они устанавливали заниженные цены на сырьё и повышенные на изделия промышленности. В У. производилась только первичная обработка сырья. К 1913 хлопкоочистительные и маслобойные предприятия давали 50,7% всей промышленной продукции. Непрерывно росли посевы хлопка за счёт сокращения посевов зерновых. В Ферганской, Самаркандской и Сырдарьинской областях в 1907 было собрано 15 301 тыс. пудов хлопка, в 1915 — 33 918 тыс. пудов. В 1914 хлопок составлял 80% общего объёма вывоза товаров из Средней Азии в Россию. Развитие хлопководства усиливало связь крестьянских хозяйств с рынком, ускоряло процесс расслоения крестьянства. Несмотря на сравнительно высокие темпы роста капиталистических предприятий, торговых фирм и банков, уровень развития буржуазных отношений в крае, особенно в сельском хозяйстве, был чрезвычайно низким. В узбекском кишлаке господствовали феодальные отношения. Идеологической основой феодализма был ислам. Мусульманское духовенство играло значительную роль в экономической и политической жизни У.