Поздний феодализм (17—60-е гг. 19 в.). После смерти Хидэёси феодал Иэясу Токугава (1542—1616) завершил объединение страны. В 1603 Иэясу был провозглашен сёгуном. Династия сёгунов Токугава правила до 1867. При Токугава Я. представляла собой централизованное феодально-абсолютистское государство. Экономическую базу Токугава составили земельные владения правившего дома, крупные города и рудники. Княжества при Токугава были административно-хозяйственными единицами. Во главе княжеств находились князья (даймё), имевшие большие дружины. Была установлена система жёсткого контроля правительства над даймё. Служилое сословие — самураи — сосредоточивались преимущественно в городах — резиденциях князей, получая жалованье рисом. Правительство установило систему 4 сословий — самураев, крестьян, ремесленников и торговцев со строгой сословной регламентацией.
Правительство Токугава, опасаясь экспансии европейцев, а также распространения христианства, которое становилось идеологией народного движения (см. Симабарское восстание ), принимало меры против христианства (указы 1612, 1613 и 1618) и европейской торговли. В 1633, 1636 и 1639 последовало 3 указа о «закрытии страны» (под страхом смерти запрещены въезд иностранцев, выезд японцев за границу и строительство больших судов). С 1641 ограниченная торговля с Китаем и Голландией была разрешена лишь в Нагасаки (Дэсима). В конце 17 — начале 18 вв. токугавская Я. достигла наивысшего подъёма. В дальнейшем токугавское государство вступило в длительный кризис, в основе которого лежало начавшееся разложение феодального строя. В 1601—1867 произошло 1640 крестьянских выступлений, из них в 17 в. — 216, в 18 в. — 713, за 1801—67 — 711. С 1712 начались городские восстания: в 18 в. их известно 95, в том числе в 80-х гг. — 60. Правительство ограниченными реформами (1716—33, 1789—93, 1841—43) пыталось разрешить противоречия феодального строя. Феодальная организация землевладения Я. в токугавский период в целом характеризовалась наличием большого количества мелких крестьянских хозяйств, выполнявших феодальные повинности в пользу князей. Вместе с тем постепенно в деревне складывалась прослойка т. н. новых помещиков, которая формировалась из среды купцов, ростовщиков, деревенской верхушки, частично из самураев. Возникли мануфактуры, в том числе хлопчатобумажные, шёлкоткацкие. Капиталистическая мануфактура появилась в конце 18 — 1-й половине 19 вв. Постепенно складывался капиталистический уклад.
Внутриполитическая обстановка в стране в 50—60-х гг. 19 в. обострилась в связи с тем, что правительство Я. под давлением США и европейских государств было вынуждено отказаться от политики самоизоляции. Послав эскадру М. Перри , США добились в 1854 открытия портов Симода и Хакодате для иностранных кораблей. Договоры, заключённые США и европейскими державами с Я. в 1854—58 (см. Ансэйские договоры ), включали Я. в мировой рынок. В 1855 был заключён первый русско-японский договор, положивший начало официальным межгосударственным отношениям между Я. и Россией.
Незавершённая буржуазная революция 1867—68. Промышленный капитализм (1868 — конец 19 в.). В 1867—68 в Я. произошла буржуазная революция (см. Мэйдзи исин ). Против сёгуната выступали широкие массы крестьянства и городской бедноты, торгово-промышленная буржуазия, низшие слои дворянства (самурайства), связанные с буржуазией, а также придворная аристократия и оппозиционно настроенные крупные феодалы, среди которых руководящую роль играли лидеры юго-западных княжеств Сацума, Тёсю, Тоса и Хидзен. Борьба крестьянских масс и городских низов явилась той решающей силой, которая подточила устои сёгуната и обусловила в конечном счёте его ликвидацию. В 1868 правительство сёгуна пало, и к власти пришло императорское правительство. Однако стихийность народного движения в сочетании со слабостью буржуазии в Я. привели к тому, что у руководства антисёгунским движением оказались умеренно радикальные элементы, тесно связанные с императорским двором и оппозиционной феодальной верхушкой, что и обусловило незавершённость Революции 1867—68. Вместе с тем глубокий кризис феодальной системы, крайнее обострение классовой борьбы, требования торгово-промышленной буржуазии, а также необходимость укрепления экономической мощи страны в борьбе против колониалистской политики США и европейских держав заставили новое правительство стать на путь проведения политических и социальных преобразований. Они носили, однако, половинчатый характер и, открыв путь для становления в Я. капиталистического способа производства, в то же время предопределили сохранение многих полуфеодальных пережитков.
В 1871 были ликвидированы княжества и вместо них созданы префектуры. В 1872 вместо прежних четырёх учреждены три сословия: высшее дворянство, в состав которого вошли бывшие феодальные князья и придворная аристократия: дворянство, к которому были отнесены все бывшие самураи; сословие простого народа, объединившее остальные слои населения, включая торгово-промышленную буржуазию. Были приняты законы о равенстве всех сословий, свободе выбора профессий и передвижения по стране. В 1872—73 была проведена земельная реформа, законодательно закрепившая частную собственность на землю за теми, кому она фактически принадлежала к моменту реформы. Земля оказалась в основном в руках т. н. новых помещиков и зажиточного крестьянства. За подавляющим большинством крестьян были закреплены ничтожные земельные наделы. В июне 1873 принят закон об отмене всех феодальных податей и повинностей и о введении ежегодного денежного налога в размере 3% от цены земли, правительством.
Незавершённость Революции 1867—68, сохранение феодальных пережитков, узкая сырьевая база, лишение Я. таможенной автономии в соответствии с Ансэйскими договорами затрудняли создание крупной современной промышленности. С 1868 по 1885 в Я. частным капиталом было создано около 1300 предприятий, занимавшихся в основном переработкой с.-х. сырья. В этих условиях значительные расходы по созданию крупных промышленных предприятий взяло на себя государство, пополнявшее казну за счёт постоянного увеличения различных налогов на крестьянство. Построенные на государственные средства т. н. образцовые предприятия затем за крайне низкую цену передавались частным предпринимателям, в первую очередь таким крупным компаниям, как «Мицуи», «Мицубиси» и др. Тем самым укреплялись связи между буржуазией и монархическим государственным аппаратом. Важной опорой нового режима становились и помещики, концентрировавшие в своих руках земли разорявшегося крестьянства.
С развитием капиталистического производства в Я. шло формирование рабочего класса, который к 1890 насчитывал уже около 350 тыс. человек. Жесточайшая эксплуатация, полное политическое бесправие вызвали в 70—80-х гг. ряд крупных стихийных выступлений рабочих.
Во 2-й половине 70-х и в 80-х гг. в Я. развернулось «движение за свободу и народные права» (движение «Минкэн ундо» ), в котором участвовали как либеральные круги правящих классов, добивавшиеся принятия конституции, так и более широкие демократические слои. В условиях обострения политического кризиса в 1881 был опубликован императорский указ с обещанием созвать парламент в 1890. В 1889 была опубликована конституция, составленная по прусскому образцу и наделявшая императора исключительно широкими правами. Прерогативы парламента были резко ограничены. Конституция юридически оформила реакционный союз между монархией, высшей бюрократией, помещиками и крупной буржуазией.