Дело принимало неприятный оборот для конструкторов и адмиралов. Оказалось, что деньги, израсходованные на строительство атомных подводных лодок, оказались выброшенными на ветер. Боевая ценность новых кораблей была близка к нулю — из-за ненадёжной энергетической установки их нельзя было выпускать в море.
Как это обычно бывало в таких случаях во всех видах вооружённых сил СССР, началась длительная кампания по «доведению до ума» капризных реакторов и другого оборудования. Представители КБ и судостроительных заводов месяцами жили на лодках, выявляя и устраняя многочисленные инженерные недоработки, производственные недоделки, явный брак. В силу этих причин морские походы атомоходов носили эпизодический характер, поскольку авария могла произойти в любой момент. Радость по поводу уникальных возможностей новых подводных кораблей оказалась преждевременной. Количество «детских болезней» превышало пределы разумного, угрожая свести атомного «младенца» в могилу.
Помимо атомных реакторов с их капризами, существовали и другие причины для беспокойства. Советские атомные подводные ракетоносцы (не говоря уже о дизельных) по всем статьям проигрывали американским конкурентам. Ракетоносцы типа «George Washington» и «Ethan Allen» несли на своем борту по 16 ракет «Polaris», имевших значительно бо́льшую дальность полёта, чем советские ракеты. Это позволяло расширить зону их боевого патрулирования, следовательно, существенно уменьшало шансы противолодочных сил ВМФ СССР обнаружить и уничтожить их.
Три ракеты на борту советских лодок, для запуска которых требовалось всплывать на поверхность вблизи берегов противника, на фоне американских современников смотрелись весьма убого. Их реальная боевая ценность являлась минимальной.
В данной связи необходимо подчеркнуть, что при строительстве первых подводных ракетоносцев советские и американские конструкторы придерживались противоположных концепций. Если в США создание морской ракетно-ядерной системы «Polaris» происходило комплексно — строилась ракетная атомная подводная лодка, для неё разрабатывались специальные баллистические ракеты, создавалась система базирования и тылового обеспечения, — то в СССР всё было точно наоборот. Первые советские ракетоносцы наши конструкторы создавали по принципу «я его слепила из того, что было». Взяли армейскую оперативно-тактическую ракету, кое-как втиснули её в торпедную лодку проекта 611, о системе базирования даже не задумывались. Поэтому вполне закономерны печальные результаты национального подхода к созданию «системы» ракетно-ядерного морского вооружения.
Интересно, что оценка советского ВМФ того периода в американском издании «Ядерное вооружение СССР», выглядит гораздо более оптимистично:
«С конца 40-х и до конца 50-х основной задачей флота была оборона побережья СССР. Более половины подводных лодок и 70 процентов кораблей и сторожевых катеров было разработано именно для этой цели. К 1958 году советский ВМФ состоял примерно из 900 кораблей и 550 дизельных подводных лодок. Около 250 подводных лодок класса Whiskey (проект 613) и Zulu (проект 611) могли вести боевые действия в открытом море. Ни один из кораблей (крейсеры, эсминцы и фрегаты) не был вооружён ракетами «земля-земля» или «земля-воздух». Десятилетием позже все они были списаны или отправлены в резерв.
Вторая фаза развития началась примерно в 1958 году, когда развёрнутые в 1953—1954 гг. программы начали давать результаты. Основная задача этого периода — расширение сферы действия флота. Были введены в строй корабли и подводные лодки, способные нести ядерные крылатые и противокорабельные ракеты, торпеды и, возможно, ракеты «земля-воздух».
Атомные подводные лодки первого поколения — подводные лодки с баллистическими ракетами «Hotel» (проект 658), с крылатыми ракетами «Echo» (проект 659) и «Echo-II» (проект 675), торпедные лодки класса «November» (проект 627) — были построены в сравнительно небольшом количестве, но обладали значительно более широкими возможностями по сравнению со своими предшественниками...
Основной задачей ВМФ в течение второй фазы оставалась оборона прибрежных вод, в особенности от авианосцев. В этот период советский флот уже мог осуществлять сдерживающие функции в некоторых регионах океана.