В 1797 году инспектор Астраханской врачебной управы Шателевич представил в Государственную Медицинскую коллегию сведения о лечебном действии вод, основанные на обобщении народного опыта использования минеральных источников. Главный директор Медицинской коллегии барон А.И. Васильев передал донесение императору Павлу I, предписавшему построить укрепления и госпиталь у «Кислого колодца» и послать в Пятигорье штаб-лекаря Ловенца и аптекаря Корнера для проведения химического анализа минеральной воды. В декабре 1798 года Левенц и Корнер представили в Медицинскую коллегию подробный доклад о пользе Нарзана в врачебных целях, подчеркнув необходимость дальнейших опытов. На основании доклада Кавказские Минеральные воды в 1798 году признаны возможным ввести во всеобщее употребление и начать командирование членов Кавказской армии для лечения на воды в летние месяцы. С 1799 года воды начали посещать и больные из России. Тогда посещение вод было опасным и только в 1803 году горцы были оттеснены к верховьям Подкумка и начать строительство Кисловодского укрепления.
Усиление и расширение российского влияния происходило в рамках Кавказского наместничества в составе Кавказской губернии и Астраханской области, учрежденного 5 мая 1785 года указом Екатерины II. Наместником до 1791 года был князь Г.А. Потемкин. В течение XIX века военные укрепления на Кавказской укрепленной линии продвигалась вглубь Кавказа. К 20-м годам XIX века граница с Терека и Кубани передвинулась к Сунже, верховьям Кубани, предгорьям Черных гор.
В 1801 году химик Симсон произвел несколько анализов воды горячих источников. Командующий Кавказской линией генерал Обресков доложил императору Александру I о благотворном действии Кавказских Минеральных вод. Царь приказал исследовать минеральные воды и далее. Весной 1802 года Медицинская коллегия командировала на Кавказ штаб-лекарей Гординского и Крушневича и аптекаря Швенсона – «чтобы они, сделав опыты по испытаниям на самом деле и сообразуясь с собственными наблюдениями, дали свое мнение, каким образом в пользу больных те воды употреблять, и какие нужно будет сделать для того там заведения».
Командированные провели на водах все лето и произвели количественные анализы горячего и кислого источников, целый ряд наблюдений над действием минеральных вод при различных болезнях. В ноябре лекари представили в Медицинскую коллегию подробный, считая необходимым устроить на водах необходимые приспособления, облегчающие больным пользования водами – «о действительности серных вод в накожных сыпях, перемежающихся лихорадках, любострастной и водяной болезнях и застарелой ломоте». Медицинская коллегия отнеслась к докладу критически, «водянку» и лихорадки минеральные воды не лечат, – «Хотя верные опыты доказали, что воды сии приносят великую пользу, но остается еще по долговременном их врачебном употреблении установить основанные на опытах правила, коими бы показаны были все способы врачевания, сообразно полу, возрасту и сложению, болезням и припадкам людей». Медицинская коллегия доложила своему начальнику, министру внутренних дел графу Кочубею свои соображения о назначении на Кавказские Минеральные воды от правительства постоянных врачей, одного с жалованием от 800 до 1000 рублей в год, другого – 400 рублей в год – «Чтобы они как военнослужащих, так и частных людей, туда приезжающих, пользовали и давали им все нужные наставления при лечении, и между тем бы первый, по опытам врачевания больных, занимался полным практическим сочинениям о врачебном употреблении тех вод со всеми обстоятельствами и способами врачевания, чтобы оное служило руководством для врачей, имеющих нужду пользоваться теми же водами, и которое можно было бы, по рассмотрении Коллегией, издать в свет». Кочубей доложил эти обстоятельства Александру I. Тогда же, 4 января 1803 года, главноуправляющий Грузии князь Цицианов, серьезно интересовался минеральными водами, доложил императору о сооружении возле кислого колодца укрепления с целью обезопасить приезжающих туда больных от нападений горцев.
24 апреля 1803 года император подписал указ о признании района Кавказских Минеральных вод лечебной местностью государственного значения – началось официальное существование Кавказских курортов. В том же году была построена Кисловодская крепость. Официальное присоединение Кисловодской долины к Российской империи произошло в 1806 году.
«Высочайший указ господину генерал-лейтенанту, Астраханскому военному губернатору, главноуправляющему в Грузии князю Цицианову.
Министр внутренних дел доставит вам заключения, в Государственной Медицинской Коллегии сделанные, о действии Кавказских минеральных источников по свидетельству врачей, посланных к их испытанию и описанию. Из них вы усмотрите и предположения ее к устроению нужных при сих источниках заведений.
По донесению вашему об одном из них, в 30 верстах от Констаногорской крепости лежащем, я разрешил уже вас от 7 минувшего марта на построение вблизи небольшого укрепления, ныне же поручаю вам приступить к устранению и всех тех заведений, кои для удобности врачевания и выгод больных в обоих местах признаются нужными. Сделав надлежащие к тому местные соображения и составив смету работ, вы доставите ко мне исчисление потребной на то суммы, для назначения отпуска из казначейства.
Между тем от Медицинской Коллегии вслед за сим определен туда будет один из искуснейших врачей и помощник.
Между предположениями, пользу и удобность сих вод обеспечивающими, мыль о поселении вблизи сих вод линейных казаков отдаю Я особенно на соображение ваше. Выгоды сего предположения очевидны, но произвести его в действо зависит от усмотрения местных удобностей, какие вы ближе и лучше определить можете, и о коих в свое время Я буду ожидать от вас донесения.
Александр».
Началось развитие курортов Пятигорска и Кисловодска. Был построен канал для вывода реки Ольховки в реку Березовку, затоплявшей временами источник Нарзан. С 1798 года существовал и редут Ессентукский.
Императорский указ раз и навсегда признал за Кавказскими минеральными водами выдающееся государственное значение – они стали государственным достоянием, были включены в круг ведения медицинских учреждений империи, поставлены под правительственный контроль.
На воды был назначен главным врачом доктор Сахаров, но его деятельности помешала чума, занесенная из Черкесского аула, свирепствовавшая в регионе до начала 1808 года. Посетивший новые курорты известный естествоиспытатель-ориенталист Клапрот в 1807 году писал: «Как мало забот прилагается к содержанию и лучшему устройству столь целебных минеральных источников, которые могли бы приносить большую пользу, если бы их больше знали и если бы пользование ими сопряжено было с каким-либо удобством. Ванна чрезвычайно узка и едва достаточна на шесть человек, между тем воды, бьющей из источника, хватило бы по меньшей мере на сорок». Чума, распространившаяся по всему Кавказскому краю прекратила приезд отдыхающих и больных на воды, сделав невозможным и дальнейшее развитие курортов – до 1808 года.
В 1809 году у главного источника Горячей горы, в Пятигорске, были выстроены две новые купальни с одной деревянной ванной в каждой, а в следующем году уже четыре ванны. Количество семей, приехавших в эти годы на воды доходило до 200. Будущий Пятигорск стал называться Горячегорском.
В 1809–1810 годах на Кавказских Минеральных водах находился известный врач Ф.П. Гааз, описавший ряд новых источников у горы Машку, подробно исследовал уже известные. По его просьбе точные анализы минеральных вод провел профессор Московского университета Рейс. Главной заслугой Газа было открытие Железноводских и Ессентукских источников.
Путеводитель по Кавказским Минеральным водам писал в 1904 году:
«Железноводские источники, затерянные среди густого, непроходимого леса, который в то время заполнил всю впадину между северо-восточным склоном Бештау и южной покатостью горы Железной, а также весь склон Бештау, разыскать было чрезвычайно затруднительно. Гааз пытался найти их еще в 1809 году, но не успел в то, так как не мог добиться от проводников точного указания, где именно они находятся, и принужден был возобновить свои поиски в следующем году, когда они и увенчались успехом. Железноводске источники начали быстро входить в славу, особенно Горячий источник, и с 1812 года стали, регулярно посещаться больными, хотя и в ограниченном количестве, как по причине полнейшего отсутствия каких бы то ни было жизненных удобств, так и вследствие постоянных нападений горцев.
Что касается до Ессентукских источников, то открытие их, как это часто бывает, обязано случаю. Гааз, получив от одного казака известие, что недалеко от Констаниногорска лошади, которые, как и рогатый скот, охотно пьют минеральную воду, наткнулись на новый минеральный источник, немедленно отправился на поиски и нашел возвышение, откуда источники берут свое начало, и которое он счел за прежний берег Подкума. Открытые им источники не вошли в употребление в виду того, что они, будучи по составу своему серно-щелочными, близко подходили к воде машукских источников, а потому и не имели особенного интереса. Щелочные источники же, которые составляют славу Ессентуков, Гааз оставил без внимания, и известность их начинается только с 1823 года, когда их подробно изучил профессор Нелюбин.