27 мая Турцик принял «Временное Положение о Рабоче-Крестьянской Красной армии Туркестанской Республики». Положение это было основано на тех же принципах, по которым строилась и армия центра, – была проведена отмена выборного начала, утвержден институт военных комиссаров.
В дальнейшем из бывшего штаба округа был создан военный комиссариат.
Крупным достижением этого периода является организация Туркестанской школы военных инструкторов имени тов. Ленина (начало занятий с 17 сентября 1918 г.). Боевую силу, кроме красногвардейских отрядов и первых частей Красной армии, представляли из себя еще и различные партизанские дружины, интернациональные части, созданные из бывших военнопленных, и революционные отряды, прибывшие из центра (Московский, Казанский, Жлобинский и др.).
В начале января 1918 г., наспех сколоченные, но полные энтузиазма и веры в победу, красногвардейские части бросаются на север к Оренбургу, стремясь восстановить связь с Советской Россией и разгромить Дутова.
Власть в Оренбурге захватил «Комитет спасения родины и революции», в состав которого входили представители буржуазии и социал-соглашательских партий.
Атаман казачьего войска Дутов, организовавший в городе переворот в пользу «Комитета», наименовал себя «командующим войсками округа» и спешно занялся формированием отрядов из белого офицерства.
Станция Бузулук находилась в руках красных 5 января, занимавший ее отряд т. Кобозева начал наступление на Оренбург-Белые, в составе около 1000 человек, двумя поездами выступили им навстречу. Разыгрался бой, который кончился отступлением красных, отошедших почти до границы Оренбургского казачьего войска.
Успех вскружил голову белому казачеству, и часть его, считая, что задача уже выполнена, разошлась по своим станицам.
16 января красные части вновь с запада начали теснить белых, и под этим нажимом враг безудержно покатился назад на свою базу – Оренбург. К этому времени подоспели головные отряды Ташкентской Красной гвардии, дошедшие до ст. Донгузская (23 версты к юго-востоку от Оренбурга). Стойко перенося потери, не страшась того, что белые неоднократно пытались перерезать в тылу железную дорогу, красногвардейцы перешли в наступление на Оренбург с юго-востока, стремясь к охвату противника. В стане белых при первой же неудаче воцарилась паника. Дутов не сумел даже организовать правильного отхода, и только около 1000 человек (главным образом офицеры) ушли из Оренбурга, по двум направлениям – на Верхне-Уральск и на Уральск. В ночь на 18 января ташкентские красные части соединились с Бузулукским отрядом в Оренбурге. Преследования отошедших в эту же ночь белогвардейцев организовано не было и на этом закончился первый период боев на Оренбургском фронте. В ряды туркестанских бойцов влились части красных отрядов, пришедших из Советской России. К этому времени завязалась борьба на других фронтах.
В последних числах января 1918 г. со стороны контрреволюции была сделана попытка использовать возвращавшиеся из Персии с оружием в руках казачьи части царской армии. Первый эшелон их был разоружен под Каганом в целях предупредить опасность, по возвращении в киргизские степи, вооруженного столкновения и расправы с киргизами. Основная масса эшелонов под Самаркандом была спровоцирована на выступление, но встретила отпор со стороны наспех сколоченных железнодорожных отрядов. На поддержку к ним был брошен отряд Красной гвардии из Ташкента. К моменту подхода отряда казаки потеснили железнодорожников и уже ворвались в Самарканд. Столкновение прибывших красногвардейцев с противником произошло 4 февраля у станции Ростовцево. Разбитые наголову казаки сдали оружие, и Самарканд был очищен от белых. Русская контрреволюция была на время задавлена. Назревала борьба с «автономным правительством Ферганы».
Начались вооруженные столкновения, причем количественный перевес был на стороне автономистов. Положение красных ухудшалось и тем, что в глазах большинства коренного населения «Кокандское Правительство» и соввласть являлись не классовыми врагами, а национальными. Местное население не было в состоянии различить разницы во власти русских капиталистов-колонизаторов и власти пролетариата, ведущим борьбу как со своими капиталистами, так и с буржуа – эксплуататорами национальностей Туркестана. Необходимые же меры, рассеивающие это убеждение, своевременно не были приняты, и представители объединившейся русско-мусульманской буржуазии, пользуясь этим, разжигали через своих агентов и мулл религиозный фанатизм и национальную вражду.