Несмотря на резвый старт, русский адмирал понимал, что основные бои еще впереди. Острова Святая Мавра (Санта-Маура) и Корфу были очень сильно укреплены, имели большое количество орудий и сильные гарнизоны Кроме того, на Корфу присутствовали корабли французов.
Тем временем из Севастополя на помощь Ушакову была послана эскадра капитана 1-го ранга Павла Васильевича Пустошкина в составе 2 линейных кораблей (74-пушечные «Святой Михаил» и «Симеон и Анна»), бригантины «Феникс», использовавшейся как войсковой транспорт, и шхуны № 1, но к Ионическим островам соединение подошло только в конце января.
Корфу — Мальта УшаковПеред штурмом Корфу Ушаков решил выбить французов с острова Святой Мавры, обладавшего довольно сильными укреплениями. Там засели 500 французских гренадеров при 70 пушках, которые решили сражаться, пока не исчерпают для этого все возможности. Еще 16 октября отряд из 74-пушечного корабля «Святой Петр», 46-пушечного фрегата «Навархия Вознесение Господне», а также турецкого линкора и фрегата под общим руководством капитана 1-го ранга Дмитрия Николаевича Сенявина отправился к Санта-Мауре, но вскоре возникли очень опасные обстоятельства. Дело в том, что Али-паша Янинский (формально — союзник России в войне с Францией) вошел в тайный сговор с комендантом острова полковником Миоллетом, предлагая сдать крепость за 30 000 золотых червонцев и свободный выход гарнизона из города в любой порт, принадлежащий Франции. Али просто хотел присоединить этот остров к своему пашалыку и получить стратегическую крепость, ограждавшую его владения от десантов с моря. Это помогло бы ему отделиться от турецкого султана и завоевать самостоятельность, но подобное развитие событий не входило в планы Ушакова.
21 октября на материке, отделенном от острова узким и мелководным проливом, были высажен десант в 160 человек при 12 орудиях, который сразу же начал бомбардировку цитадели. К концу октября количество свезенных на берег орудий достигло 30, а солдат было высажено 674 человека. Ушаков, отрядив большую часть сил на блокаду Корфу, с 4 линейными кораблями («Святой Павел», «Мария Магдалина» и два турецких) и 3 фрегатами («Сошествие Святого Духа», «Счастливый» и турецкий фрегат) поспешил к Святой Мавре. Миоллет, узнавший о столь значительных подкреплениях, пришедших к осаждающим, сообщил, что согласен на почетную сдачу, но Федор Федорович отказал ему в этой просьбе. На 1 ноября был назначен штурм крепости, однако утром над цитаделью взвился белый флаг. Гарнизон в составе 466 солдат и 46 офицеров сдался на милость победителю, в крепости были захвачены 2 знамени, 59 пушек и провианта на 2 месяца. 3 ноября была подписана капитуляция, пленных погрузили на фрегат «Сошествие Святого Духа», который отплыл к Константинополю. Ушаков же поспешил к Корфу.
Нельсон24 октября эскадра Нельсона появилась у берегов Мальты. Он обнаружил, что инсургенты полностью блокировали Ла-Валетту, захватили форты Рикасоли, Коррадина, Самра, Заббар, Зейтун и Мануэль. Таким образом, крепости (Валетта, Флориана, Биргу, Санта-Анжело, Сенглея, Сент-Эльмо и Санта-Маргарита), в которых укрылись французы, оказались полностью окружены. Однако в военном деле восставшие были полные младенцы — они даже не смогли сообщить англичанам, пушками каких калибров они располагают. Нельсон отмечал, что мальтийцы, кроме всего прочего, не располагали мортирами и тяжелыми орудиями, столь необходимыми для осады таких сильных укреплений, какими являлись форты Ла-Валетты. В отличие от своего русского коллеги английский адмирал не решился на прямой штурм крепости, вместо этого он решил снабдить восставших боеприпасами и провиантом. Инсургентам были переданы 20 бочек пороха и большой запас провизии. К Вобуа были еще раз посланы парламентеры с предложением сдаться, в чем им повторно было отказано. 28 октября мальтийцы атаковали крепость на острове Гоцо, где в плен были взяты 200 французов, а также захвачены 15 пушек и немного пороха. Однако это был частный успех. Самое примечательное, что инсургенты взяли Гоцо без помощи английской эскадры, которая за все время штурма не истратила ни единого ядра. Вместо этого Нельсон начал писать письма неаполитанскому королю, призывая его прислать войска, оснащенные осадной техникой.