Князья Иван Фёдорович Мстиславский, Шуйские, Воротынские, боярские фамилии Колычевы, Головины и др. составили враждебную Борису партию. Против Бориса были также митрополит Дионисий, тщетно старавшийся примирить Бориса с его соперниками и считавший своим долгом печаловаться пред царём за гонимых Борисом людей. Чтоб подрезать в корне могущество Бориса, враждебная ему партия, имея на своей стороне многих московских купцов, собралась подать царю челобитную о разводе с бездетной Ириной и вступлении в новый брак «царского ради чадородия». Но Борис при своём влиянии на царя и при любви последнего к Ирине, а также благодаря своей ловкости осилил своих противников, и дело кончилось пострижением князя Ивана Фёдоровича Мстиславского, ссылкой Шуйских, в том числе Ивана Петровича, свержением митрополита Дионисия и вообще опалой их сторонников. На место Дионисия был посвящён в митрополиты ростовский архиепископ Иов, вполне преданный Борису человек. Теперь у Бориса не было более соперников: он достиг такой власти, какой не имел ни один из подданных.
Всё, что делалось московским правительством, делалось по воле Бориса, он принимал иностранных послов, переписывался и передаривался с иностранными государями: цесарем императором австрийским, королевой английской, ханом крымским (разрешение сноситься с иностранными государями было дано Борису официально в 1587 г.).
Внешняя политика за время правления Бориса отличалась осторожностью и преимущественно мирным направлением, так как Борис сам был неискусен в ратном деле и по характеру своему не любил рискованных предприятий. С Польшей, от которой в предыдущее царствование понесли тяжёлые поражения, старались поддерживать мир, хотя и путём перемирий, а в 1586 г., когда скончался король Стефан Баторий, сделана была попытка, впрочем неудавшаяся, устроить избрание в польские короли царя Фёдора Иоанновича или Максимилиана, эрцгерцога австрийского, С Швецией в 1590 году, когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причём сам царь выступал в поход в сопровождении Бориса и Фёдора Никитича Романова. Благодаря этой войне возвращены были отнятые шведами при Иоанне Грозном города: Ям, Иван-город, Копорье и Корела (последний по миру 1595 г.).
Отношения с крымскими татарами были натянутые вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторастотысячной ордой подошёл к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил, причём бросил весь обоз; дорогой хан понёс большие потери от преследовавших его русских отрядов. За отражение хана Борис получил три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почётнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем, 1592 г. нападением на Каширские, Рязанские и Тульские земли, причём увели много пленных.
С Турцией московское правительство старалось сохранить по возможности добрые отношения, хотя действовало вопреки турецким интересам: поддерживало в Крыму враждебную Турции партию, старалось настроить персидского шаха против Турции, посылало цесарскому двору субсидии деньгами и мехами на войну с турками. В 1586 году кахетинский царь Александр, теснимый с одной стороны турками, с другой персиянами, отдался под покровительство России, Ему послали священников, иконописцев, огнестрельные снаряды и возобновили крепость на Тереке, построенную при Грозном; оказали помощь против враждебного Александру Тарковского владетеля, но защищать против турок не решались. Англичанам, которые пользовались особенным расположением Бориса, в 1587 г. позволено было торговать в России беспошлинно вольной торговлей, но в то же время отказано в их просьбе воспретить другим иноземцам торговлю в России.
В высшей степени замечательна деятельность Бориса по отношению к окраинам Московского государства как колонизатора и строителя городов. В земле черемисов, усмирённых в начале царствования Фёдора, для избежания восстаний на будущее время был построен ряд городов, населённых русскими людьми: Цивильск, Уржум, Царёв, город на Кокшанге, Санчурск. Нижняя Волга, где опасность представляли ногаи, была обеспечена постройкой Самары, Саратова и Царицына, а также постройкой в Астрахани в 1589 г. каменной крепости. Построен был город и на отдалённом Яике (Урале). Для зашиты от опустошительных набегов крымцев Борис воздвиг крепости на южной степной окраине: Курск (возобновлён), Ливны, Кромы, Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки, под прикрытием которых только могла идти на юг русская колонизация. Насколько эти укрепления были неприятны татарам, видно из грамоты крымского хана Казы-Гирея, в которой хан, притворяясь доброжелателем московского правительства, убеждает не строить городов в степи, так как они, находясь близко от турецкой и татарской границы, могут тем легче подвергнуться нападению как со стороны турок, так и татар. В Сибири, где по смерти Ермака (убитого в ночь с 5 на 6 августа 1584 г.) и по уходе обратно за Урал казацкой дружины русское дело казалось проигранным, правительство Фёдора Ивановича восстановило русское господство. И здесь русская колонизация была упрочена постройкой городов: Тюмени, Тобольска, Пелыма, Березова, Сургута, Тары, Нарыма, Детского острога и переводом поселенцев из России, преимущественно Северо-Восточной. Во время управления Бориса также усилено укрепление Москвы постройкой Белого города (в 1586 г.) и воздвигнуты каменные стены Смоленска, сослужившие великую службу в Смутное время.