Бородин тоже работал с увлечением. Да, новое здание академии строители сдали с задержками и проволочками. Да, вместо оборудованной лаборатории он по приезде из Италии увидел голые стены: «Нас волочили обещаниями, что лаборатория будет готова чрез месяц, чрез два месяца, чрез два с половиною и т. д.». Да, не хватало служителей (говоря современным языком, лаборантов). Но в итоге химическая лаборатория благодаря административному весу Зинина была устроена лучше многих других. В новом здании имелись вентиляция, центральное отопление, газовое освещение… Здесь вновь возникает «но» огромных размеров, типичное для большинства петербургских «казенных» квартир. Отопление включали и отключали не вовремя, и работало оно далеко не идеально. Что касается «газового завода», то вот свидетельство историка академии, врача Григория Григорьевича Скориченко: «Газ проведен во все академические здания, но освещение им прекращалось с 15 мая по 15 августа. В течение учебного года оно то ухудшалось, то улучшалось и вообще вызывало много нареканий. Контракт с газовым обществом составлен так, что интересы Академии не приняты в расчет, зато кое-кто из хозяйственного правления получил благодарность, вероятно весьма ощутительную…»
Все же в сравнении со студенческими временами условия работы улучшились радикально. В ожидании окончательного переезда из старой лаборатории в новую Бородин делал «пустячки с альдегидами». Они-то на ближайшие десять лет и оказались в центре его внимания. Первым плодом увлечения стала работа «О действии натрия на валериановый альдегид». «Брошенный» Екатериной Сергеевной супруг в мае 1864 года в ожидании весточки из Москвы отчитывался о своем времяпрепровождении: «…только что переписал последний экземпляр моей работы. Ты не поверишь, как она мне опротивела: глядеть не хочется. Представь себе только, что она содержит 25000 букв, и я написал ее сначала вчерне, потом переписал три экземпляра и каждый проверил; это ужас что такое. Хотел послать ее в Парижскую Академию, но как вспомню, что должен перевести ее на французский язык и переписать два раза: один экземпляр для Академии; другой для Socidte chimique[11] — просто руки не подымаются. Плюнул!» Краткое изложение этой работы появилось во второй части бюллетеня Парижского химического общества за 1865 год. Все же 25 тысяч знаков еще раньше уместились на страницах Бюллетеня Академии наук в Санкт-Петербурге. А для «Военно-медицинского журнала» Александр Порфирьевич неутомимо готовил рефераты об успехах фармации.
Менделеев печатался в издательстве «Общественная польза». Идее общественной пользы и Бородин был не чужд: что, как не она, увлекло его в Порховский уезд Псковской губернии, где помещик Петр Петрович Балавенский открыл в русле речки Черной у деревни Хилово три источника минеральных вод. То было время бурного развития российских курортов (увы, закончившееся, едва железные дороги соединили Россию с Германией беспересадочным сообщением). Петр Петрович, чьим девизом было «Польза выше победы», действовал споро: в 1865 году обнаружил источники — в следующем году уже заключил с военным ведомством контракт на лечение солдат и офицеров.
Для анализа вод направили Бородина как уже имеющего опыт подобных исследований. О кокоревских трех тысячах речи не было — еле-еле удалось выторговать тысячу рублей. Екатерина Сергеевна немедленно загорелась мыслью ехать на воды, но желание профессора отправиться «с женою и прислугою» поставило в затруднительное положение аж самого военного министра Дмитрия Алексеевича Милютина. Заботливый муж тем самым тоже очутился в затруднении и принялся уговаривать жену: «Ты будешь одна, ибо мне некогда будет сидеть с тобою; ты же будешь скучать одна, бояться кривых потолков, воров, собак, лошадей, коров, кур, цыплят, воробьев, мух, тараканов, пьяных мужиков, трезвых мужиков, баб, ребятишек, грозы, холеры, тифа, простуды, разбойников, болот, темных ночей, часовых, которые караулят усадьбу… Вследствие прихотливости твоих легких, которым даже Итальянский климат не заменяет Московского, тебе климат Псковской губернии вряд ли придется по нутру. Ты будешь стонать, скорбеть по Москве, бояться простуды, может быть и в самом деле будешь простужаться, и результатом всего этого будет убеждение, что у тебя (а следовательно, и у меня) лето заедено». Екатерина Сергеевна действительно была пуглива, замужество ни на йоту не уменьшило ее боязни всего на свете.