С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Из толпы вышли два купца и сказали князю: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть». В ту же ночь эти два купца были схвачены.
Какое-то время условия соглашения между Годуновыми и Шуйскими более-менее выполнялись обеими сторонами. А тем временем Шуйские готовили страшный удар Борису – развод царя Федора с Ириной. (У Федора с Ириной не было детей: хотя царица неоднократно беременела, но каждый раз случались выкидыши.)
Вскоре представители земства вместе с митрополитом явились во дворец и подали царю Федору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение это было равнозначно соборному приговору: его подписали князь Иван Шуйский и ряд членов Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада – гости и торговые люди.
Шуйские недооценили характер Федора. Еще в последние годы жизни Иван Грозный пытался заставить развестись Федора, но каждый раз наталкивался на решительное сопротивление. Применить же крайние меры после убийства царевича Ивана Грозный не решался. Сейчас же развода требовал не свирепый царь-отец, а подданные. Заметим, что хотя Федор не любил лезть в государственные дела и доверял это ближним боярам, но при этом никогда не считал их равными себе.
Царь категорически отверг идею развода. Кроме того, красноречивому Борису удалось перетащить на свою сторону митрополита Дионисия. Вопрос о разводе царя был снят.
Настал черед и Годунову нанести ответный удар. Шуйских он решил оставить напоследок, а пока надо было свергнуть церковную верхушку. 13 октября 1586 г. по приказу царя митрополит Дионисий был лишен сана. Борис Годунов довольно мягко обошелся с честолюбивым митрополитом. Дионисия сослали в новгородский Хутынский монастырь, игуменом которого он был до своего назначения на митрополию. Его ближайшего сподвижника сарайского и крутицкого епископа Вар-лаама Пушкина отправили в Антониев монастырь в Новгороде. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении. Место Дионисия на митрополичьей кафедре занял Иов.
Согласно «Истории патриарха Иова», в апреле 1569 г. Иван Грозный посетил Успенский монастырь, стоявший на берегу Волги напротив города Старицы. Царь обратил внимание на молодого монаха Иова – воспитанника архимандрита Германа. Был он красив, имел приятный голос, проникновенно читал наизусть Писание и произносил слова молитв столь трогательно, что Грозный царь со своими опричниками плакали в умилении… Царь повелел произвести Иова в архимандриты.
Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения. Вспомним, к примеру, что Никон и Аввакум были из одной деревни.
8 1571 г. Иов становится архимандритом московского Симонова монастыря, а через четыре года – архимандритом более престижного Новоспасского монастыря (родовой усыпальницы Захарьиных). 16 апреля 1581 г. Иов был рукоположен в сан епископа коломенского.
По свидетельствам современников, Иов имел достаточно хорошее образование, но был человеком посредственным. Такие люди навсегда задерживаются на средних ступенях служебной лестницы, они являются хорошими исполнителями, но мало подходят на роль главных действующих лиц.
9 января 1586 г., в разгар борьбы с Шуйскими, по велению Годунова Иова перевели из Коломны в Ростов и назначили архиепископом ростовским, ярославским и белозерским. Пробыв архиепископом менее года, Иов уже 11 декабря 1586 г. занял митрополичью кафедру.
В середине декабря 1586 г. Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора были убиты сам
Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался и сам мятеж был подавлен.
Расправа над побежденными на сей раз была жестче. Купец Федор Нагай и шесть купцов – сторонников Шуйских были публично казнены у кремлевской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житье».
Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 г. Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 г. старец Иов преставился, причем недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современникам, ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В.Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.
По отдаленным городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И.А. Татева сослали в Астрахань, И.Ф. Крюк-Колычева – в Нижний Новгород и т.д. На время из столицы был удален и свояк Шуйских князь Д.А. Ногтев-Суз-дальский. Его ссылка была почетной – он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф.В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в
1589—1590 гг., видимо, не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584—1585 гг., постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 гг. царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 г. Бориса большой северной волостью Вага.
Англичанин Горсей писал в 1589 г., что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают по крайней мере порядок богатства Годуновых.
Еще в 1586 г. Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис – величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.
Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 г. (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 г. Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем – царем всея Руси.