Именно Курженская обитель, укрытая непроходимыми лесами и болотами, стала местом сбора гонимых за старую православную веру русских людей. Здесь продолжали совершать богослужение по древлеправославному чину те священники, которые не приняли никоновских новшеств.
В старообрядческой рукописной традиции XVIII–XIX веков широкое распространение получил рассказ, приписываемый перу известного выговского писателя и богослова Андрея Денисова (Мышецкого), о том, что в 1656 году в Курженской пустыни, где в это время находился игумен Досифей, состоялся некий «великий собор», впервые четко обозначивший свою позицию по отношению к никоновским церковным реформам. Вполне естественно, что в условиях жестоких преследований инакомыслящих собор не мог собраться открыто и был собором тайным, а подписи многих лиц, стоящих под Деяниями Куржецкого собора, скорее всего, были собраны заранее (в древней Церкви была подобная практика, когда в условиях гонений соборы собирались тайно, а епископы присылали на них грамоты за своей подписью). На соборе были читаны грамоты митрополита Новгородского Макария, архиепископа Вологодского Маркела, епископа Вятского Александра, архимандрита Соловецкого Никанора, московского протопопа Аввакума и многих других наиболее авторитетных деятелей раннего старообрядчества. Стоит под Деяниями собора и подпись патриарха Константинопольского Афанасия Пателария, находившегося некоторое время в России. В своих грамотах все перечисленные архиереи и отцы предавали анафеме никониан и их новые догматы. На соборе было составлено жесткое определение: приходящих от никонианской церкви крестить и рукоположения ее не принимать.
«Мы, — говорится в Деяниях Куржецкого собора, — споспешествованием Святаго Духа собравшиеся в Куржецкой Святой обители, что в Соловецком уезде, из всего священноначалия, всех крестоносных и страданием помазанных мужей и всякого сословия мирских, мудростию и благочестием украшенных. И там мы, всячески довольно и с великим вниманием рассматривахом и судили всех нечестивых догматех и церковных чиноположений внесенных ныне в Россию Никоном патриархом. Наконец сих всех глубоких размышлений, по данной нам благодати от Христа Бога нашего и по правилам святых Апостол и Вселенских бывших соборов, на вечно днесь установляемом узаконяем всей Христовой Церкви: дабы все церковные тайны и обряды богослужебные, производимые по печатным книгам Никона патриарха, или ему последующих от ныне бо отнюдь и за священныя и благодатию всеянныя не признавать и не веровать. В случае обращающихся от никонианской церкви к нашему благочестивому согласию, то таковых паки подобает нам совершенно крестити. А хиротонисанных всякого чина, тоже подобает рукополагати архиерею. Все злочестивыя Никона патриарха догматы и его предание, приемлющих оныя, утверждаем присно быти под отлучением от Христа, и предаем их всех мы единодушно анафеме и всем клятвам изображенным на Вселенских Святых соборах и поместных. Аминь» [255].
Впоследствии реформаторы захотят уничтожить всякое напоминание об осудившем их соборе и о мятежной обители. Когда в 1663 году умер тайный приверженец старой веры митрополит Новгородский Макарий, то возглавивший Новгородскую епархию митрополит Питирим, известный гонитель древлеправославия и будущий патриарх, приказал стереть Куржецкую обитель с лица земли. «Тогда вышереченная Куржецкая пустыня лютым оным от архиерея гонением истребися, и в ней святыя церкви огнем пожжены быша» [256], — свидетельствует историк Выговской пустыни.