Царевна Софья передала на обсуждение Боярской думе челобитную стрельцов, и Дума из-за страха перед мятежниками высказалась в пользу соцарствия.
Из разных лиц, находившихся в Москве, собрали в Грановитой палате 26 мая 1682 года импровизированный Земский Собор, который, как и Дума, под угрозой стрелецких копий переменил свое прежнее решение и согласился с требованием бунтовщиков. Православная церковь в лице патриарха Иоакима благословила на царство обоих сыновей Алексея Михайловича — Ивана и Петра. Собор приговорил: «быть двум царям, Иоанну и Петру, со старшинством первого». Такое решение отодвигало царицу Наталью Кирилловну на второй план вместе с ее сыном, а Софью Алексеевну выдвигало на первый.
По сценарию царевны Софьи остался последний, но для нее главный пункт, еще не выполненный: провозглашение ее правительницей. Умная царевна не хотела принять корону из рук мятежников, понимая, что в глазах московского люда на нее падет тень позора участия в их кровавых злодеяниях.
И вот 29 мая еще раз появляются стрельцы во дворце и указывают боярам на необходимость, ввиду младенчества обоих царей, назначить Софью Алексеевну правительницей. Желание стрельцов было законом. Тотчас же цари, царицы (Наталья и Марфа), патриарх и бояре обратились к Софье с просьбой принять на себя регентство. Царевна, согласно обычаю, упорно и долго сопротивлялась, затем объявила о своей готовности подчиниться. Сразу же во всех указах ее имя появилось рядом с именами обоих братьев.
Невиданное ранее зрелище увидела Россия: двух царей на одном престоле и царевну правительницей государства. Регентства Софья добилась незаконным путем, ибо никаких прав на него она не имела. Такое право могли предъявить: мать Петра, царица Наталья Кирилловна, супруга Федора Алексеевича царица Марфа Апраксина, сестры царя Михаила Федоровича, из которых две еще были живы.
Так, с 29 мая 1682 года Софья стала по примеру византийской Пульхерии управлять государством за болезненного и «скорбного главою» своего брата Иоанна и малолетнего Петра. Использовав грубую силу в лице стрельцов, слабости патриарха, представительной власти, государственного законодательства, царевна Софья Алексеевна блестяще осуществила свой план захвата власти. Но путь к трону она проложила через кровь.
27 января 1689 года царь Петр в возрасте шестнадцати лет и восьми месяцев обвенчался с московской красавицей, дочерью стольника Федора Лопухина Евдокией. Она, как и все в то время, воспитывалась в духе старины, была ограниченной, но самое главное — не понимала и не разделяла устремлений молодого царя. К ней Петр не имел никакого сердечного влечения и женился по настоянию матери, из-за политических интриг Софьи. Бракосочетание проходило скромно, без особых торжеств и даже не в Благовещенском соборе, где обычно венчались русские цари, а в небольшой церкви св. апостолов Петра и Павла. Едва миновал медовый месяц, юный Петр оставил молодую жену и уехал в Переяславль строить суда.
Трагическая судьба царевича Алексея
Через год с небольшим после брака царица Евдокия 18 февраля 1690 года родила сына, которому в честь деда дали имя Алексей. Царь Петр был очень рад рождению своего первенца: он принял поздравление стрельцов Бутырского полка и через неделю сделал великолепный фейерверк на Пресне. Через полтора года у него родился второй сын, Александр, который умер в младенчестве.
Обучать грамоте царевича Алексея стали с шести лет. Наставником к нему был определен Никифор Вяземский, который сообщал царю, находившемуся под Азовом, что его сын, узнав буквы азбуки, начал учить Часослов.
Уже находясь в Европе, Петр решил развестись с Евдокией Федоровной Лопухиной и поручил своим приближенным уговорить ее добровольно уйти в монастырь. Не получив согласия на развод, царь в следующем году приказал насильственно постричь ее в монахини и отправить в Суздальский Покровский монастырь. Так царица очутилась там под именем старицы Елены. Что же касается восьмилетнего царевича Алексея, то он был на стороне матери, и это обстоятельство в будущем очень повлияло на взаимоотношения между отцом и сыном.
Трагическая судьба первенца великого Преобразователя России известна всем, ей посвящено много работ.
Царевич Алексей оказался на попечении тетки — царевны Натальи Алексеевны. Все исследователи пишут, что первоначальное влияние матери на Алексея оказалось глубоким. Уже в детстве он был восстановлен против державного родителя семейством Лопухиных, яростных защитников старины и ненавистников новшеств Петра. Враги царя-реформатора смотрели на царевича как на свою будущую надежду. «Главным несчастием было то, — что до десяти лет царевич находился под надзором матери, косневшей в предрассудках старины и ненавидевшей все, что нравилось Петру». Историк отмечает интересный факт из биографии сына Петра I. Дело в том, что царь решил отправить Алексея для обучения и воспитания в Германию, под надзор саксонского генерала Карловича, приезжавшего в Москву в 1699 году. Царевич должен был учиться в Дрездене, куда Франц Лефорт, сподвижник Петра, указал своему сыну Генриху в связи с этим ехать из Женевы.