5 июля 2003 года — теракт в Москве на рок-фестивале «Крылья». Погибли 16 человек, 57 получили ранения.
6 февраля 2004 года — теракт в московском метро, на перегоне между станциями «Автозаводская» и «Павелецкая». Погибли 39 человек, 122 получили ранения.
9 мая 2004 года — в результате теракта в Грозном погиб глава администрации Чечни Ахмат Кадыров.
24 августа 2004 года — взрывы двух российских пассажирских авиалайнеров, погибли 89 человек.
31 августа 2004 года — теракт у станции метро «Рижская» в Москве. Погибли 10 человек, более 50 ранены.
1 сентября 2004 — террористический акт в Беслане, в результате которого погибло свыше 350 человек из числа заложников, мирных жителей и военнослужащих. Половина погибших — дети. По данным на 20мая 2008года это последний крупный теракт в истории России.
12 марта 2000 года — в поселке Новогрозненский захвачен сотрудниками ФСБ и доставлен в Москву террорист Салман Радуев. Вместе с Радуевым были задержаны и доставлены в Москву начальник его личной охраны и финансист, который оплачивал расходы банды Радуева и других формирований. После доставки в Москву Радуев был отправлен в следственный изолятор ФСБ в Лефортово. Впоследствии Радуев был приговорен судом к пожизненному лишению свободы и скончался в местах заключения.
22 августа 2000 года — на территории Чечни задержан известный полевой командир Лечи Исламов, по кличке «Борода». По данным ФСБ, Исламов длительное время находился в федеральном розыске в связи с совершением им ряда тяжких преступлений (организация преступного сообщества, вымогательство, убийство, похищения людей). Он же, являясь активным участником незаконных вооруженных формирований, неоднократно выполнял задания главарей сепаратистов при покупке и доставке оружия в Чечню.
27сентября 2000 года — захвачен в плен полевой командир Мумади Сайдаев, глава штаба Аслана Масхадова. Он координировал боевые действия против федеральных войск, разрабатывал оперативные планы, причастен к большинству террористических актов и диверсий.
7 февраля 2001 года — в аэропорту Беслана при попытке вылететь в одну из стран Ближнего Востока сотрудниками ФСБ задержан чеченский бригадный генерал Усман Умаров по кличке «Архитектор».
11 марта 2001 года — подтверждено задержание Руслана Ахмадова, заместителя своего брата и главаря «клана Ахмадовых» Рамзана. Вместе с ним он принимал участие в захватах заложников и вел с родственниками похищенных переговоры по их выкупу. Сам Руслан Ахмадов причастен к похищениям с целью выкупа более 30 человек и убийству заложников. Нашел подтверждение факт участия Руслана Ахмадова в организации похищения 3 октября 1998 года в Грозном четырех сотрудников британской фирмы «Грейнджер телеком». Позднее, в ночь с 7 на 8 декабря 1999 года, они были казнены бандитами.
13 марта 2001 года — на российско-азербайджанской границе задержан известный чеченский полевой командир Сабурали Дибиров. Под его началом находилось около 50 боевиков. В период между двумя войнами Дибиров и его банда специализировались исключительно на похищениях людей с целью получения выкупа.
26 июня 2001 года спецподразделение МВД задержало в селении Шали известного полевого командира Турпала Мовсаева. Он возглавлял «особое управление» в формированиях Аслана Масхадова, участвовал в вооруженном нападении на Буденновск в июне 1995 года. Полевой командир входил в число наиболее опасных преступников, разыскиваемых Интерполом.
11 июля 2001 года в результате совместной операции ФСБ и МВД в Чечне был уничтожен арабский наемник Абу Умар — бывший руководитель лагеря по подготовке подрывников у Хаттаба. Под его руководством была подготовлена группа террористов, осуществившая взрывы в Москве, Волгодонске, Ессентуках, Минводах и на территории Карачаево-Черкесской республики.
23 июля 2001 года в Грозном убит один из известных чеченских боевиков Магомед Цагароев, ближайший помощник лидера сепаратистов Арби Бараева. Цагароев руководил действиями боевиков в Грозном во время контртеррористической операции федеральных сил РФ.
1 октября 2001 года в перестрелке в чеченском селении Старые Атаги был убит начальник разведки известного полевого командира Хаттаба Абу Якуб.
20 марта 2002 года — в результате секретной операции российских спецслужб убит профессиональный террорист, один из руководителей вооружённых формирований самопровозглашённой Чеченской республики Ичкерия Амир Хаттаб (ему было передано письмо, якобы от его матери, бумага которого была обработана ядом).
8 марта 2005 года — В селе Толстой-Юрт в подземном бункере в ходе спецоперации убит президент самопровозглашённой Чеченской Республики Ичкерия (ЧРИ) Аслан Масхадов. В ходе штурма Масхадов оказал сопротивление, и спецназовцы взорвали устройство, от воздушной волны которого Масхадов погиб на месте. Как утверждал сын Масхадова, российские спецслужбы вычислили местонахождение президента ЧРИ с помощью специальной аппаратуры, способной определить координаты мобильного телефона по IMEI-коду.