События на континенте повлияли на внутреннюю политику Англии. Поначалу большинство пуритан склонялись к поддержке церковной политики Елизаветы в надежде повлиять на церковь изнутри, но затем они стали подталкивать правительство к агрессивной протестантской внешней политике, стремясь в то же время обеспечить свободу собственных религиозных организаций. Позиции пуритан в стране были сильны. Они имели союзников при дворе и в Совете, например Уолсингема, с которым поддерживал тесные связи фаворит Елизаветы Лейстер. В городах и графствах Юго-Восточной Англии они действовали очень активно. Нарушая достигнутый религиозный компромисс, они начали образовывать независимые церковные общины с собственными священниками и особыми формами богослужения. Цель их состояла ни более ни менее как в установлении теократической власти. Подобно католикам, они придерживались той точки зрения, что церковь и государство существуют независимо друг от друга. Но, в отличие от них, считали, что церковная власть принадлежит советам старейшин, пресвитериям, свободно избираемым паствой, но после избрания осуществляющим неограниченное управление общинами и вытесняющим светскую власть из значительных сфер жизни прихожан.
Для пуритан англиканская церковь в том виде, какова она была во времена Елизаветы, с ее исторически сложившимся богослужением, со всеобъемлющими догматами и с епископальным управлением, была ужасна, потому что не соответствовала Писанию в том виде, как его интерпретировал Кальвин. Для них она не была истинной, бескомпромиссной церковью. Кроме того, за пределами Лондона, нескольких крупных городов и университетов обычный приходской священник в первые годы елизаветинского правления вовсе не был столь уж значимой фигурой. Ему удавалось сохранить свой приход при Эдуарде VI, при Марии ему приходилось менять вероисповедание, наконец, в правление Елизаветы он соглашался на все, чтобы обеспечить себе более или менее сносное существование. Едва зная латынь, чтобы читать старинный молитвенник, грамотный лишь настолько, чтобы произнести приличную проповедь, он и сравниться не мог с полными энтузиазма полемистами и спорщиками, красноречивыми проповедниками, едкими памфлетистами, уводящими от него паству, внушающими ей новые идеи о правах конгрегации на организацию, на собственное богослужение и церковный порядок. А почему бы — в один прекрасный день — и не на собственный политический порядок? И если не в Англии, то, может быть, где-нибудь еще? В английском обществе появилась трещина, которая со временем приведет к расколу. Лютеранство вполне уживалось с монархией, даже с абсолютной, но кальвинизм, достаточно широко распространявшийся по Европе, подтачивал традиционные государственные устои. После того, как протестанты, бежавшие за границу при Марии Тюдор, вернулись на родину, пуританизм постепенно превратился в своего рода пороховую бочку, заложенную под основание как государства, так и церкви (и взорвавшую в конце концов и то и другое). Елизавета знала, что пуритане — ее самые верные подданные, но одновременно опасалась, что некоторые горячие головы не только спровоцируют европейский конфликт, которого она опасалась, но и создадут угрозу самому единству королевства. Поэтому ни она, ни ее правительство не намеревались уступать ни доли своей власти — необходимо было избежать религиозной войны.
Вот почему елизаветинский Совет нанес ответный удар: цензура прессы была доверена специальному органу — суду Высокой комиссии, созданному в 1559 г. для разбора церковных дел и состоящему из высших иерархов церкви. Соединение функций епископа и цензора привело в ярость пуританскую партию. Начали активно действовать подпольные протестантские типографии, где за несколько десятков лет было напечатано множество анонимных памфлетов — от насмешливых до критических и откровенно злобных. Статьи, появившиеся в 1588 г. под вымышленным именем «Мартин Марпрелат», превзошли все, написанное ранее: в них резкой критике подвергся институт епископата, а также содержались едкие нападки на некоторых известных сановников официальной церкви. Эти смелые памфлеты елизаветинского царствования, полные насмешек и обличений, являют собой замечательные образцы английской прозы. В течение нескольких лет агенты Высокой комиссии охотились за организаторами этой подпольной пропаганды. В итоге случай помог арестовать печатников, но авторов широко разошедшихся нашумевших сочинений выследить так и не смогли.