Теперь все усилия Хокинса по реорганизации флота должны были подвергнуться проверке.
Он уже давно начал усовершенствовать конструкцию английских кораблей, учитывая свой опыт пиратских рейдов в колониальных водах. Башни, возвышавшиеся над кормами галионов, разбирались; киль судов делался глубже. Устройство кораблей менялось с целью улучшить их мореходные качества и скорость. Самым примечательным в этом было то, что на судах устанавливались тяжелые дальнобойные орудия. Пушки традиционно считались «постыдным оружием» и использовались только для первого залпа в абордажном бою. Однако Хокинс, зная, что английские корабли способны плавать в любых морях, выступал против рукопашных схваток и защищал тактику обстрела неприятеля из пушек. Английские капитаны горели желанием опробовать этот новый метод ведения боя на огромных вражеских галионах. Несмотря на все усилия Хокинса, в 1588 г. только тридцать четыре корабля с командой 6 тысяч человек удалось спустить на воду. Однако, согласно тогдашней практике, поспешно мобилизовали и вооружили для службы правительству все частные суда, так что всего удалось набрать сто девяносто семь кораблей, но по меньшей мере половина из них была слишком мала, чтобы использовать их в сражении.
Елизавета призвала моряков «не спускать глаз с Пармы» и послала большую часть флота к Плимуту. Это решение далось ей нелегко: королева опасалась совершить роковую ошибку. Фрэнсис Дрейк выступал за более смелые меры. В донесении от 30 марта 1588 г. он предлагал отправить главные силы для нападения на какой-нибудь порт на Пиренейском полуострове (не на Лиссабон, который был хорошо укреплен, а на какой-нибудь другой), чтобы вынудить «Армаду» выйти в море на защиту берегов. Он доказывал, что англичане вовлекут испанский флот в бой в Атлантике и можно будет не опасаться, что враг войдет в пролив, пользуясь благоприятным ветром.
Правительство отдало предпочтение гораздо более рискованной идее — расположить отдельные группы кораблей вдоль южного побережья Англии, чтобы иметь возможность отразить нападение в любом месте. Члены Совета настаивали на том, чтобы отправить небольшую эскадру к восточной части пролива для наблюдения за действиями Пармы. Лорд Говард Эффингем, командующий английским флотом, и Дрейк, встревоженные этим предложением, смогли предотвратить дальнейшее распыление сил лишь ценой огромных усилий. Рейд на испанское побережье был прекращен из-за поднявшегося сильного южного ветра. Английские корабли возвратились в Плимут, израсходовав припасы и потеряв часть экипажей из-за цинги. Англичане еще имели время, чтобы как следует обдумать свои действия и приготовиться к серьезным сражениям. «Армада» вышла из Тагуса 20 мая 1688 г., но тот же самый шторм, который заставил отступить Говарда и Дрейка, разбил и ее. Два судна водоизмещением в тысячу тонн остались без мачт. Их отвели для ремонта и переоснащения в Корунью, откуда они вышли только 12 июля. Вечером 19 июля известие о приближении «Армады» достигло Плимута. В ту же ночь английскому флоту пришлось выйти в море при легком встречном ветре, на следующий день усилившемся. В письме Говарда Эффингема Уолсингему от 21 июля сохранился короткий отчет о военной операции, где указывается, что бой 20 июля длился около четырех часов.
Если бы Медина-Сидония атаковал английские суда с подветренной стороны, когда они выходили из бухты 19 июля, Англию постигла бы катастрофа. Но он строго следовал полученным инструкциям, обязывавшим его пересечь пролив, соединиться с Пармой и переправить в Англию опытные войска, ожидавшие его в районе Дюнкерка. Доклад герцога в Мадрид демонстрирует, сколь мало он осознавал, что ему представлялась великолепная возможность разбить англичан. Рискованно маневрируя, английский флот зашел с наветренной стороны и в течение девяти дней висел на хвосте двигающейся по проливу «Армады», ведя огонь из дальнобойных орудий по неуклюжим испанским галионам. На помощь англичанам пришла погода. 23 июля ветер спал, и оба флота неподвижно застыли у Портленд-Билл. Испанцы попытались контратаковать противника, пустив в дело неаполитанские галеры, за веслами которых сидели сотни рабов, но Дрейк устремился к их главным силам, и, как доносил Говард Эффингем, «испанцы были принуждены уступить и сбиться в кучу, подобно овцам».
Следующее сражение произошло 25 июля неподалеку от острова Уайт. Испанцы, казалось, стремились захватить остров и превратить его в свою базу. Однако при окрепшем западном ветре англичане снова вытеснили их в море по направлению к Кале. Плавание по проливу стало для испанцев настоящим мучением. Пушки английских судов били по палубам галионов, деморализуя солдат. Гибло много испанских матросов. Сами англичане потерь почти не несли.