После 873 г. Тахириды попытались установить некое подобие власти в Трансоксиане. В последующий год Тахирид по имени Хусейн вышел из Хорезма на Бухару и после осады овладел городом. Одержав поначалу победу, он был вынужден, бросив все, бежать оттуда без оглядки. Последовал ряд мятежей, и можно предположить, что контроль над городом оспаривали сторонники Якуба ибн Лейса и приверженцы главарей других мятежников. В то же время имеются свидетельства тому, что инакомыслящие мусульманские сектанты, хариджиты, укрепились в городе и, вероятно, вместе с какими-то союзниками некоторое время удерживали контроль над Бухарой. В этой неразберихе несколько знатных граждан Бухары обратились к Насру ибн Ахмеду, саманидскому наместнику Самарканда, с просьбой прислать к ним правителя. Наср отправил своего младшего брата, Исмаила, который и стал настоящим основателем династии Саманидов.
Исмаил родился в 849 г., в Фергане, но о его прежней жизни до прибытия в Бухару ничего не известно. Источники сообщают, что поскольку Исмаил пришел без войска, то он вряд ли пожелал бы войти в город без твердых заверений в поддержке знатных горожан. Как только с этим было улажено, Исмаил, к радости жителей, вошел в город и принял власть на себя. Это случилось в конце 874 или в начале 875 г. Наконец-то Бухара обрела достойного правителя.
Исмаила сопровождал в Бухару народ, осыпавший его монетами – древний обычай, доживший даже до более поздних времен московских государей. В тот же год прихода Исмаила в Бухару его брат, Наср, получил от халифа Багдада ярлык, назначавший его на должность наместника всей Трансоксианы. Имена Исмаила и Насра упоминались, наряду с именем халифа, во время всеобщих намазов в Бухаре – исключительное право, обычно предназначенное лишь для халифа.
Исмаилу пришлось усмирить несколько шаек грабителей в Бухарском оазисе, а затем отразить вторжение в оазис некоего Хусаина ибн Тахира, возможно того самого, что упоминался выше. Его власть и влияние понемногу росли, однако среди прочих задач ему необходимо было привлечь на свою сторону аристократию, возглавляемую Абу Мухаммедом Бухар-худа. Прибегнув к хитрой уловке, он отправил их в Самарканд к своему брату, который держал бухарцев под стражей, пока Исмаил укреплял свои позиции. Затем они вернулись в Бухару, где Исмаил радушно встретил аристократов и заручился их поддержкой.
Между братьями возникла ссора, возможно из-за суммы налогов, которые Исмаил должен был отправлять каждый год в Самарканд. Как бы там ни было, в 885 г. вспыхнула гражданская война, и поначалу верх одерживал Наср, поскольку Исмаилу даже пришлось оставить Бухару. Нет необходимости рассматривать ход этой борьбы, включая и первое примирение между братьями, за которым последовала дальнейшая вражда. В 888 г. Исмаил победил в сражении и взял своего брата Насра в плен. Обращение с Насром Исмаила записано в истории, дабы показать великодушие характера последнего. Повествование сообщает, что, когда Исмаил встретился со старшим братом, он спешился и поклонился, прося прощения за свои грехи и ошибки. Затем отправил Насра в Самарканд, оставив его главой рода Саманидов и наместником Трансоксианы. Наср был тронут таким отношением, а Исмаил заслужил вошедшую в историю репутацию доброго и чуткого правителя. В 892 г., после объявления Исмаила своим преемником и передачи на его попечение своей семьи, Наср скончался.
Новому правителю требовалось объединить свои владения, для чего устраивались экспедиции против потенциальных мятежников или врагов, во время которых Исмаил подчинил город Тараз, переделав главную церковь города в мечеть. Христиане-несториане были достаточно широко распространены среди тюрков и даже проникли в Китай за несколько веков до правления Исмаила. Свою власть в Трансоксиане Исмаил укрепил при помощи договоров с местными династиями, а также назначая наместниками членов рода Саманидов из близких своих приверженцев. Например, его младший брат, Исхак ибн Ахмед, стал наместником Ферганы вместо другого брата, поддерживавшего Насра против Исмаила. Государство нуждалось в единстве, поскольку схватки с Амром, братом и преемником Якуба ибн Лейса, было не избежать.