Четвертование предполагало последовательное отрубание рук и ног приговоренного, и в последнюю очередь — головы. Такая казнь считалась одной из самых мучительных. Но в этот раз случилось непредвиденное. Болотов запечатлел этот эпизод в своих мемуарах:
«…вместо того, чтоб, в силу сентенции, наперед его четвертовать и отрубить ему руки и ноги, палач вдруг отрубил ему прежде всего голову, и Богу уже известно, каким образом это сделалось: не то палач был к тому от злодеев подкуплен, чтоб он не дал ему долго мучиться, не то произошло от действительной ошибки и смятения палача, никогда еще в жизнь свою смертной казни не производившего; но, как бы то ни было, но мы услышали только, что стоявший там подле самого его какой-то чиновник вдруг на палача с сердцем закричал: «Ах, сукин сын! Что ты это сделал?» И потом: «Ну, скорее — руки и ноги».»
Казнь закончилась быстро. Голова Пугачева показалась на столбе посреди эшафота, а руки, ноги и тело были брошены на закрепленное на том же столбе колесо. Казака Перфильева, приговоренного к четвертованию, ждала та же участь и опять же в нарушение очередности ему сперва отрубили голову. Вокруг эшафота вершилось правосудие над пугачевскими сподвижниками: качались на виселицах трупы, свистели кнуты и плети, разрывались ноздри, выжигались клейма на щеках и лбу. Останки Пугачева вместе с эшафотом и санями, на которых его доставили к месту казни, были сожжены.
Почему же палач облегчил мучения главных злодеев? Допустил ли палач ошибку, или такова была воля государыни? Вариант с ошибкой выглядит надуманным по той причине, что, допустив оплошность при казни Пугачева, палач повторил ее при четвертовании Перфильева. Совершение одной и той же ошибки дважды говорит о преднамеренности случившегося. Этот вывод находит подтверждение в переписке Екатерины II: в письме графине Бьелке, отправленном в феврале 1775 года, императрица рассказывает о своем снисхождении и приказе не подвергать приговоренных чрезмерным мукам:
«Сказать вам правду, вы верно отгадали относительно промаха палача при казни Пугачёва. Я думаю, что генерал-прокурор и обер-полицмейстер помогли случиться этому промаху, потому что, когда первый уезжал из Петербурга для производства суда, я сказала ему шутя: «Никогда больше не попадайтесь мне на глаза, если вы допустите малейшее мнение, что заставили кого бы то ни было претерпеть мучение», и я вижу, что он принял это к сведению.»
Начавшись в казацких степях, история великого преступника завершилась в первопрестольной Москве. Суровая действительность провинции проникла в столичную жизнь в виде показательной казни на Болотной площади. Крестьянская война легла черным пятном на великолепное царствование Екатерины II. Неудивительно, что императрица стремилась выкорчевать из народной памяти любые свидетельства тех событий. Реку Яик переименовали в Урал, Яицкий городок стал Уральском. Не обошли стороной и родину Пугачева — донскую станицу Зимовейскую: ее стали называть по имени начальника следствия над восставшими — Потемкинской. Дом, в котором родился Пугачев, было приказано сжечь, а имя предводителя восстания — предать анафеме.
Тем не менее, ради того, чтобы не допустить повторения подобных ситуаций, правительство было вынуждено провести ряд реформ. Губернская реформа сформировала более дробное деление страны на губернии, а губернии, в свою очередь, на уезды, что позволило усилить управление на местах. Полицейская реформа создала логичную и стройную систему полицейских органов — это упростило поддержание правопорядка. Такие меры позволили на долгое время предотвратить массовые выступления низов, погашая их в зародыше и не давая выплеснуться на более или менее видимые горизонты.
Первым серьезным исследователем пугачевского восстания стал поэт Пушкин. Он посетил основные места, по которым прокатилось казацко-крестьянское восстание, встречался с постаревшими очевидцами событий. На основе собранного материала он написал повесть «Капитанская дочка» и научный труд «История Пугачева». В концовке «Истории Пугачева» он отметил значение пугачевского бунта для населения этих мест: «…имя страшного бунтовщика гремит еще в краях, где он свирепствовал. Народ живо еще помнит кровавую пору, которую — так выразительно — прозвал он пугачевщиною».
Слово «пугачевщина» в обиходе приобрело негативный оттенок, связанный с представлениями о злости, невежестве и жестокости мятежников. Но насколько пугачевцы вели себя по-варварски, настолько же и даже в большей степени власти отвечали им при подавлении восстания. Такова природа всех междоусобиц: ни одна из противоборствующих сторон в итоге не остается действительно правой — все в той или иной мере виновны.