Для придания легитимности вооруженной борьбе предводители восстания применили метод, активно использовавшийся в период Смуты. Во время похода на Москву Разин объявил о том, что в его рядах находится чудом спасшийся наследник престола — Алексей, сын царя Алексея Михайловича. Царевич Алексей умер в возрасте неполных 16 лет за полгода до начала восстания, в январе 1670 года. Однако его воскрешение в рядах мятежников и использование имени царевича в лозунгах и призывах позволило оправдать ведение войны благими целями: исправить несправедливость и восстановить царевича Алексея в правах престолонаследия. Образ царевича, лишенного права наследовать престол, служил мощным стимулом и яркой идеей, привлекавшей на сторону бунтовщиков дополнительные народные силы.
К октябрю 1670 года под контролем восставших находилась огромная территория, простиравшаяся вдоль Волги от Астрахани до Симбирска. Вооруженные казачьи отряды овладели Саранском, Пензой, Козьмодемьянском, осадили Тамбовский кремль. На борьбу с бунтовщиками были брошены стрелецкие полки.
После ряда неудач 22 октября (1 ноября) царские войска под предводительством князя Ю. А. Долгорукого к северу от Арзамаса наголову разбили разинские отряды. Обозначился перелом в крестьянской войне, и уже к декабрю правительственные войска отвоевали захваченные казаками города.
Сам Разин после ранения при штурме Симбирского кремля был вынужден укрыться на Дону. Он не оставил мысль о новом походе и, едва оправившись от раны, снова начал собирать верные ему войска. Однако зажиточные казаки видели в Разине не только соперника во внутриказачьих делах, но и угрозу ужесточения московской политики на территории казачьего Дона.
13 апреля 1671 года сформированный «домовитыми» казаками отряд под началом атамана Корнея Яковлева разбил соратников Разина, сжег его ставку — Кагальницкий городок, а на следующий день захватил в плен самого предводителя и его брата Фрола. Пленников отправили в Москву на покаяние и суд государя.
2 (12) июня Разиных доставили в Москву, и за короткое время — всего за 4 дня — было проведено следствие. Власти спешили, боясь новых волнений в связи с прибытием вожака восстания в столицу. Разина подвергли допросу под пытками. Задавали в том числе десять вопросов, которые были отобраны лично царем Алексеем Михайловичем.
Один из царских вопросов касался известного эпизода, случившегося с Разиным еще до основных событий крестьянской войны: «О князь Иване Прозоровском и о дьяках: за што побил и какая шюба?» В 1669 году при возвращении разинцев из Каспийского похода они столкнулись с сопротивлением астраханского воеводы Прозоровского. Воевода не хотел пропускать казацкий отряд мимо Астрахани на Дон и требовал поделиться добычей, награбленной казаками в персидских владениях. Разину ничего не оставалось делать, как откупиться дорогим подарком и отдать Прозоровскому богатую восточную шубу. Через год, когда войска Разина захватили Астрахань, воевода, его сын и брат были жестоко казнены разинцами — то ли в отместку за препоны годичной давности, то ли за отчаянное сопротивление при взятии города. Позднее эпизод с вымогательством шубы был мастерски обыгран А. С. Пушкиным в песнях о Стеньке Разине:
«Стал воевода
Требовать шубы.
Шуба дорогая:
Полы-то новы,
Одна боброва,
Другая соболья.
Ему Стенька Разин
Не отдает шубы.
«Отдай, Стенька Разин,
Отдай с плеча шубу!
Отдашь, так спасибо;
Не отдашь — повешу
Что во чистом поле,
На зеленом дубе
Да в собачьей шубе».
Стал Стенька Разин
Думати думу:
«Добро, воевода.
Возьми себе шубу.
Возьми себе шубу,
Да не было б шуму».»
В нескольких других вопросах царь затронул фигуру Никона, бывшего патриарха, инициировавшего изменение обрядов и литургических текстов в соответствии с новыми правилами. Царя интересовала связь Разина и опального Никона, и особенно — возможная поддержка Никоном крестьянского восстания.
Признаки потенциальной вовлеченности Никона в крестьянское движение лежали на поверхности. Во время основных событий крестьянской войны Разин и его окружение пустили слух о присоединении свергнутого патриарха к восставшим. Самозванец, выдававший себя за Никона, сопровождал Разина в походе наряду с «чудом оставшимся в живых наследником престола», лже-Алексеем, и представлялся восставшим символом правомерности их выступления против боярства и клики церковников.