До XVI-XVII веков население северо-западной и западной частей Башкирии было относительно однородным. Основную часть населения составляли башкиры. Положение стало меняться сразу после завоевания Казанского ханства Иваном Грозным. В. Н. Витевский писал об этом так: «Вскоре по завоевании Казани… многие из казанских татар и других инородцев, обитавших в пределах нынешней Казанской губернии, удалились в Башкирию и поселились в окрестностях нынешней Уфы, особенно в лесах и по берегам рек».
Особенно большой размах приобретает переселенческое движение нерусского населения Поволжья в Башкирию, начиная со второй половины XVII века, что было связано с увеличением различных повинностей нерусского населения и политикой насильственной христианизации, проводимой царизмом. По подсчетам Н. А. Фирсова, за период с 1678 по 1710 год с территории Казанской губернии убыло 184416 дворов. С 1710 по 1714 год с территории Казанской губернии убыло еще 35 215 дворов. Большинство из них перебралось на территорию Уфимского уезда. Переселенцы (мишари, служилые и ясачные татары, черемисы, чуваши, удмурты и другие) оседали на башкирских землях на основе припуска, то есть они становились припущенниками башкир.
Наши предки мишари (мещеряки) на территории Башкирии появились, по некоторым данным, с конца XVI века. Само название «мишари», «мещеряки» связано с название местности, с древней исторической областью Мещера в районе р. Ока. В XIV веке эта местность располагалась в пограничье с Нижегородским княжеством. То есть «мещеряки» – это такой же политоним, как и «алаторцы», «казанцы», «поморы». Таким образом, наименование «мишари» является вторичным по сравнению с этнонимом «татары».
Еще со времен Волжской Булгарии на службу к русским князьям стали отходить те или иные представители феодальной верхушки этого государственного образования. Приток на службу к русским князьям новых волн тюркских феодалов связан с возникновением на территории Дешт-и-Кыпчака (современных южнорусских степей) и сопредельных территориях новой империи Чингисидов – Золотой Орды. Именно с этого времени начинает распространяться среди народов Европы новый этноним – «татары».
Происхождение мишарей связано с буртасами и волжскими булгарами. Большую роль в этногенезе мишарей сыграли кыпчаки и выходцы из Золотой Орды. В документах XVI-XVIII веков мишарей называют также служилыми татарами. Служилые татары как военное сословие сформировались в течение XIV-XVII веков из представителей татарских феодальных родов. В это сословие, помимо собственно мишарей, влились представители арских (нукратских) татар (князья Арслановы, Давлетьяровы, Касимовы, Яушевы и др.), ногайских татар (мурзы Ишмаевы), отатарившейся мордвы (князья Ерзины, Ромадоновские и др.) и знатные роды казанских татар (князья Карачурины, Камаевы и др.).
На территории Башкирии мишари являлись служилым военным сословием на протяжении XVII-XIX веков. В 1792 году мещеряки Уфимского наместничества показали: «происхождение наших предков из ногайских владетельных фамилий и мурз, служилых мещеряков и татар». И. К. Кириллов, с именем которого связано основание Оренбурга, в своем изъяснении о населении Уфимского уезда в 1735 году подчеркивал, что «мещеряки, то есть служилыя татары… накликаны с начала города Уфы». В «Записке Оренбургского правления по вопросам управления разными группами населения Башкирии» (1800 год) о мишарях сказано так: «Сей народ не коренной Оренбургской губернии, но перешедший по нынешнему положению Симбирской губернии из Алаторского и Симбирского уездов».
Когда в 1658 году правительство собиралось обложить их ясаком, часть мещеряков подали ходатайства о неналожении на них этого ясака, мотивируя это тем, что «они-де служилые татары, служилых отцов дети, деды ж и отцы их служили по Алатырю, а иных по Арзамасу, по Кадому, по Темникову, по Романову, по Свияжску, по Курмышу, а они-де служат по Уфе по 15 лет, а ины и больше, всякие Великого государя службы и в посылках и в поезды ездят с дворяны и детьми боярскими и с иноземцы, с своею братьею, верстаными татары».