Вскоре по окончании Стародубской войны неблагосклонное внимание правительницы привлек последний из сыновей Ивана III, удельный князь Андрей Иванович Старицкий, двор которого был прибежищем для многих недовольных регентством Елены Глинской. В мае 1537 г. он поднял мятеж против правительства Елены Глинской, бежал из Старицы и двинулся с верными ему людьми к Новгороду, намереваясь склонить этот город на свою сторону. Однако достичь своей цели мятежный удельный князь не успел: настигнутый правительственным отрядом, возглавленным фаворитом Елены Глинской, князем Иваном Телепневым, он поверил клятвенному обещанию полной амнистии и отправился в Москву. В столице Андрей Старицкий немедленно был взят под стражу, а Ивану Телепневу регентша для вида даже объявила опалу за самовольную гарантию неприкосновенности мятежнику. Андрей Старицкий был отправлен в ссылку и вскоре, в декабре того же года, скончался. Семья князя Андрея еще три года после этого оставалась под стражей, а Старицкий удел был «взят на государя».
Помимо расправ с недовольными правлением регентши и потенциально опасных для ее сына лицами, правительство Елены Глинской занималось и в полном смысле этого слова созидательной деятельностью. В 1535 г., в частности, началось продолжавшееся три года строительство Китайгородской стены, протяженность которой составила около 2,5 км при 12 башнях. В случае вражеского нападения (наиболее вероятным в те времена полагали прорыв к столице крымских татар) новая укрепленная линия могла защитить большую часть населения Москвы. С именем Елены Глинской связано также проведение важной денежной реформы. В феврале 1535 г. был оглашен указ, вводивший на территории всей страны единое денежное обращение. Проводимая денежная реформа подразумевала ликвидацию денег, которые ранее чеканились в удельных княжествах. Кроме того, в целях экономии правительство Елены Глинской пошло на «порчу монеты» – при прежнем номинале вес серебряных денег уменьшался примерно на 15 %. Самой крупной монетой, которую чеканили на новгородском монетном дворе, стала копейка (на аверсе монеты было помещено изображение всадника с копьем). Весила копейка 0,68 г. Московский монетный двор чеканил монету такого же веса, но с изображением всадника с саблей в руке, вследствие чего она стала называться сабляницей. Монета вдвое меньшего веса именовалась денгой, а еще более мелкая монета, достоинством в половину денги, звалась полушкой. Покупательная стоимость этих серебряных денег была довольно высокой – стоимость одного пуда ржи в те годы не доходила до 5 копеек, а пуд овса стоил около полутора копеек.
Разумеется, маленький великий князь Иван Васильевич в государственных делах настоящего участия принимать еще не мог, но формальный статус правителя Московского государства обязывал его быть участником официальных церемоний. Ивану не исполнилось и четырех лет, когда летом 1534 г. ему пришлось дать первую в своей жизни аудиенцию – он принимал приехавшего из Крымского ханства посла. При этом великий князь совершал все полагавшиеся по дипломатическому протоколу действия: «корошевался» (традиционный для контактов с восточными государствами дипломатический обряд корошевания сочетал в себе рукопожатие и объятие) с послом, подавал ему кубок с медом, одаривал платьем. Правда, традиционного в таких случаях приглашения к столу не было – «того для, что еще ел у матери, а у себя столом не ел». Вероятно, Иван не только ел, но и жил в эти годы в покоях матушки. Возраст великого князя вполне оправдывал некоторые изменения в дипломатическом протоколе. Литовскому посланнику, которого принимали в Кремле в августе 1536 г., незадолго до шестилетия Ивана IV, было от имени маленького государя сказано: «Пригоже нам было тебя жаловати, ести к себе звати, да еще есмя леты несовершенны, и быти нам за столом – и нам будет стол в истому». Разумеется, великий князь Иван Васильевич должен был участвовать и в других официальных церемониях; вместе с матерью и младшим братом он выезжал на богомолье за пределы Москвы. Последняя из таких поездок, в Можайск, состоялась в январе 1538 г.
А через два месяца в жизни Ивана произошло событие, раз и навсегда изменившее ход его жизни. Утром 3 апреля 1538 г. внезапно скончалась его мать, Елена Васильевна Глинская. В тот день для Ивана, ставшего круглым сиротой, кончилось детство.