Владычество князей Шуйских не было безраздельным, их власть оспаривала другая придворная боярская группировка, возглавленная князьями Бельскими. Глава семейства Бельских, князь Иван Федорович, летом 1540 г. был выпущен из заточения и вскоре, пользуясь доверием великого князя, оттеснил на вторые роли Шуйских и их сторонников. Ситуация при дворе и в стране в целом стала меняться: в декабре 1540 г. из-под стражи была выпущена семья покойного князя Андрея Старицкого. Планировался военный поход на Казань, где московские власти предполагали посадить на престол своего ставленника. Под этим предлогом из Москвы был окончательно удален глава клана Шуйских – князь Иван Васильевич Шуйский, которого назначили главным воеводой в полках, готовящихся к казанскому походу. Поход этот, однако, так и не состоялся в связи с вторжением летом 1541 г. в русские земли крымского хана Сахиб-Гирея. Набег крымчаков был остановлен на р. Оке у города Ростиславля полками под началом боярина князя Дмитрия Федоровича Бельского. Бывший правитель страны, Иван Васильевич Шуйский, тем не менее так и продолжал стоять со своими отрядами во Владимире до самого конца 1541 г. Его долгое пребывание вдали от столицы уже нельзя было считать ничем, кроме опалы. Именно так трактовал удаление старшего из Шуйских из Москвы и сам Иван Грозный: «Когда я стал подрастать, то не захотел быть под властью своих рабов; и поэтому князя Ивана Васильевича Шуйского от себя отослал».
Но торжество Бельских оказалось недолгим. Недовольное их усилением боярство составило против них заговор. В начале января 1542 г. опальный князь Иван Шуйский со своими полками («собрав множество людей и приведя их к присяге») выступил к Москве, а его сторонники в столице тем временем взяли под арест князя Ивана Бельского и его сторонников. В числе последних оказался и митрополит Иоасаф, которого с митрополии прогнали «с великим бесчестием». Самого же князя Бельского сослали на Белоозеро, где в мае того же года он был убит по приказу Шуйских. Правда, тогда же умер и признанный вождь Шуйских, князь Иван Васильевич, но – свято место пусто не бывает – место покойника во главе боярского клана занял князь Андрей Михайлович Шуйский, по свидетельствам источников – человек крайне жестокий и корыстолюбивый.
Расправлялись Шуйские с любимцами Ивана IV и позднее. В сентябре 1543 г. они прямо на глазах у государя арестовали боярина Федора Семеновича Воронцова: «Перед великим князем и перед митрополитом в Столовой избе у великого князя на совете… изымаша… за то, что его великий государь жалует и бережет, биша его по ланитам и платье на нем ободраша, и хотеша его убити, и едва у них митрополит умоли от убивства. Они же сведоша его… с великим срамом, бьюще и пхающе на площади». Этот летописный рассказ полностью пересекается с описанием самого Ивана Грозного, очевидца творимого боярами беззакония: «Потом князь Андрей Шуйский со своими единомышленниками явились к нам в Столовую палату, неистовствуя, захватили на наших глазах нашего боярина Федора Семеновича Воронцова, обесчестили его, вытащили из палаты и хотели его убить. Тогда мы послали митрополита Макария… передать им, чтобы они его не убивали, и они, с неохотой послушавшись наших слов, сослали его в Кострому; при этом они оскорбляли митрополита, теснили его и разорвали на нем мантию… и толкали в спину наших бояр».