Даже в России у «царевича Дмитрия» появились свои сторонники. Это были лица, недовольные правлением Годунова. После опалы на Романовых их число постоянно росло.
Поэтому, когда в октябре 1604 г. небольшое войско Лжедмитрия вторглось на русскую территорию, его ждал там успех. Некоторые северские города сразу же сдались ему без боя, а посланное против него царское войско сражалось вяло и безынициативно.
Исход противостояния решила смерть царя Бориса 13 апреля 1605 г. Его наследник царевич Фёдор не смог закрепиться на престоле и был свергнут в ходе московского восстания 1 июня 1605 г. Царское войско, стоявшее всю зиму под Кромами, присягнуло самозванцу.
В итоге 20 июня 1605 г. под звон колоколов Лжедмитрий I торжественно въехал в Москву. Горожане радостно его приветствовали, а бояре и служители двора поклялись преданно служить.
С воцарения самозванца участь маленького Михаила Романова счастливо переменилась. Лжедмитрий объявил себя защитником и покровителем тех, кто был несправедливо и жестоко наказан Б. Ф. Годуновым. Всех оставшихся в живых Романовых вернули из ссылки. Марфе Ивановне, несмотря на монашество, было позволено поселиться с детьми в доме на Варварке. Филарет вскоре был рукоположен в ростовские митрополиты. Иван Никитич, дядя Михаила, получил боярство и занял почетное место при дворе вместе с другими родственниками: Ф. И. Шереметевым, И. Б. Черкасским, Б. М. Лыковым и др.
Так, после четырехлетнего скитания юный Михаил смог вновь вернуться в родной дом и встретиться с обоими родителями. Правда, прежнее семейное счастье уже нельзя было вернуть. Ведь отцу и матери полагалось теперь служить Богу, а не заботиться о своих детях.
Самозванец смог продержаться на престоле меньше года. Для многих представителей русской знати его авантюра стала слишком очевидной. Кроме того, их возмутило появление при московском дворе большого числа поляков, женитьба Лжедмитрия на католичке Марине Мнишек, попирание им многовековых русских обычаев и насаждение новомодных польских.
Сразу после свадьбы Лжедмитрия и Марины Мнишек 17 мая 1606 г. при дворе произошел переворот, организованный самым знатным князем Рюриковичей В. И. Шуйским. Он закончился свержением и убийством авантюриста. На царский престол с согласия бояр и москвичей сел главный заговорщик – боярин князь Василий Иванович Шуйский.
Новые изменения на царском престоле еще больше упрочили положение Романовых. Ведь вторая супруга деда Михаила, Никиты Романовича, была из рода князей Шуйских. Иван Никитич, будучи ее сыном, вошел в родственный круг нового царя и стал его ближним боярином. Михаил, несмотря на юный возраст, получил свою первую придворную должность – стольника. Во время царских пиров ему полагалось вместе с другими знатными юношами прислуживать почетным гостям.
Правда, часто пировать царю Василию не пришлось. Его права на престол для жителей западных городов, имевших много льгот от «царя Дмитрия», сразу же показались сомнительными. Ведь он не был родственником прежних царей, и его не избирал представительный Земский собор, как царя Бориса. В приграничных с Речью Посполитой городах даже стали распространяться слухи о том, что «царь Дмитрий» спасся, живет в Самборе у тещи и вновь собирает войско для похода на Москву против узурпатора Шуйского.
Осенью 1606 г. большое и разношерстное войско двинулось из Путивля на Москву. Его возглавил бывший боевой холоп И. И. Болотников, объявивший себя эмиссаром «царя Дмитрия Ивановича». В декабре болотниковцы окружили столицу и начали ее осаду.
Вновь Михаил с матерью и сестрой были вынуждены испытать чувство страха. Многие жители говорили, что столицу хотят захватить грабители, насильники и «кровоядцы». Ведь на самом деле никакого «царя Дмитрия» нет. Еще в мае он был убит, а его труп публично сожжен и пепел развеян.
В войске И. Болотникова многим провинциальным дворянам тоже стало казаться странным, что «царя Дмитрия» все еще нет. Ведь цель борьбы состояла в том, чтобы вновь посадить его на московский престол. Без него поход на Москву терял всякий смысл.
Об этих настроениях в войске противника узнал и царь Василий. Он тут же послал в стан болотниковцев своих лазутчиков, и те уговорили рязанских дворян во главе с воеводой П. Ляпуновым и других городовых дворян перейти на его сторону.
Измена большого отряда испугала И. Болотникова, и он отошел сначала к Калуге, а потом и к Туле, где соединился с другим самозванцем – царевичем Петрушей. Здесь восставшие были окружены царскими войсками и осенью 1607 г. сдались.
Наказав бунтарей, царь Василий решил, что со всеми смутами и крамолами покончено. Несмотря на преклонный возраст, в январе 1608 г. он женился на молодой княжне Марии Петровне Буйносовой-Ростовской. Царь надеялся, что та родит ему наследника, который займет его трон.