Софья ничего не знала о планировавшейся крупномасштабной расправе. Она старалась речами успокоить и образумить озверевших стрельцов, до последней возможности пыталась спасти жизнь своего основного политического противника И. К. Нарышкина. Ей удалось избавить от смерти К. П. Нарышкина, уговорив стрельцов ограничиться заточением его в монастырь. Можно уверенно говорить о непричастности Софьи к майской трагедии.
Историки почти единогласно утверждают, что царевна организовала стрелецкое восстание, чтобы получить власть. Действительно, законодательный акт от 29 мая 1682 года об установлении регентства Софьи Алексеевны при царях Иване и Петре определенно наводит на эту мысль. Однако тщательный источниковедческий анализ документа не оставляет сомнений в том, что он был составлен не ранее 1687 года. Никакого акта о регентстве Софьи в 1682 году принято не было. В результате восстания она не получила официальной власти. Ей пришлось самой взять на себя властные полномочия в сложнейших условиях лета и осени 1682 года, поскольку больше никто из членов царской семьи не был на это способен. Софья постепенно подавила стрелецкое восстание и тем самым спасла правящую династию, Москву и всю Россию.
Правление царевны Софьи Алексеевны отмечено активной и в целом успешной внешней политикой. В 1686 году был заключен «Вечный мир» с Польшей, который на 300 лет закрепил за Россией Киев и Левобережную Украину. Большим дипломатическим достижением Софьи и В. В. Голицына стал переход Киевской митрополии из-под власти константинопольского патриарха под юрисдикцию патриарха Московского и всея Руси, остававшуюся стабилизирующим фактором вплоть до наших дней.
Софья и Голицын отказались от планов борьбы со Швецией за возвращение захваченных в начале XVII века российских земель — Ингерманландии и Карелии. Ими было отвергнуто предложение датской дипломатии о вступлении России в союз Дании, Франции и Бранденбурга, направленный против Швеции, Англии и Голландии. В 1684 году был подписан русско-шведский договор, подтверждающий условия Кардисского мира 1661 года. Однако при этом Россия не отказалась в перспективе от борьбы за возвращение утраченных территорий.
Не пожелав вступить в антишведский союз, Россия присоединилась к антитурецкой Священной лиге Австрии, Польши и Венеции. Для выполнения союзнических обязательств были предприняты два похода на Крым. Считается, что они оказались совершенно безуспешными. Однако походы сковывали действия татар Крымской и Белгородской орд, не позволяя им воевать на стороне Турции в Молдавии и Валахии. Тем самым была оказана весьма существенная помощь действовавшим на этом направлении войскам польского короля Яна Собеского. Отвлечение крымских татар и части янычарского войска на борьбу с русской армией у Перекопа и турецких крепостей в устье Днепра способствовало успешным действиям венецианских войск в Центральной и Южной Греции.
Крымские походы стали завершающим моментом в преодолении позорных последствий владычества Золотой Орды. Отныне Россия отказалась от унизительной традиции посылать ежегодные подарки крымскому хану.
Внутренняя политика периода регентства Софьи стала реализацией мероприятий, запланированных в царствование Федора Алексеевича. Начались валовое межевание и описание поместных и вотчинных земель. Продолжился сыск беглых крестьян и холопов. Однако в этом отношении политика Софьи была двойственной. Соблюдая по возможности интересы помещиков и вотчинников, стремившихся вернуть беглых и предотвратить дальнейшие побеги, правительство вместе с тем проявляло лояльность к населению южных пограничных уездов, состоявшему в значительной части из беглых. Те из них, кто был записан в военную службу до 1675 года, не подлежали возвращению хозяевам. Тем самым Софья и ее советники предпочли заботу об обороноспособности страны интересам правящего сословия.