Организация, данная казакам Стефаном Баторием, представляет также один из темных пунктов их истории. В чем именно состояли его так наз. реформы, источники не дают ясных указаний. Польские хроники Гвагнина, Целлария, Пясецкого и др. упоминают об этой реформе коротко и сбивчиво; а русские летописи Грабянки, Самовидца и пр. повторяют только помянутые хроники, и притом не соблюдая точности. Извлечения из хроники бискупа Пясецкого в старом славянском переводе сделано Архим. Леонидом. См. «Памятники Древ. Письменности». LXVIII. Позднейшие компиляторы русские приписали Баторию уже вполне ту организацию, которую Малорусское казачество имело во времена Хмельницкого, с разделением на 20 полков и т. п. В документах же находим только одно относящееся сюда указание. Именно в помянутом Архиве Юго-Западн. России. Акт № VI, 1584 года, приводит слова луцкого возного Бромирского о том, что в Луцком замке в церкви Ивана Богослова находится сукно, назначенное для казаков. Относительно записи казаков в реестр первое о том указание относится к 1541 году: Сигизмунд по поводу своевольных нападений казаков на татар приказывает князю Андрею Каширскому всем Киевским казакам написать реестр и доставить ему королю. (См. Акты Южн. и Зап. Рос. I. № 105). О королевском жалованьи казакам (служившим при королевских замках) говорит уже грамота Сигизмунда Августа 1568 года (Архив Югоз. Рос. № III).
Распространение названия «войска Запорожского» на украинских казаков вообще доказывают, между прочим, такие документы, как письмо Семена Палея («с молойцами») королю Сигизмунду III и от 30 июня 1590 года с благодарностью за присланные на его полк деньги, с жалобой на Немировского коменданта Раппа за отобрание пернача, оружия и коней. (Археогр. Сборник, издаваемый при Вилен. Учеб. Окр. T. VII. № 37). Здесь, очевидно, дело идет о городовых украинских казаках: а м. т. Палей именут себя «полковником войска Запорожского». По тем же документам одновременно с Наливайкой и Лободою встречаем некоего Федора Полоуса, который называет себя «гетманом войска Запорожского». См. его письмо от 28 апреля 1595 года к вилен. воеводе Христофору Радивилу, который просил казаков не причинять более шкоды обывателям и уйти из Мозыря к себе на украйну. (Ibid. № 39). Полоус отвечает, что он дожидается своих послов, отправленных к королю, и когда те принесут известие, что казаки более не нужны королю, то они уйдут на свои обычные места. По-видимому, эти казаки в происходившем тогда казацком восстании держали сторону правительства. О нападении на Могилев и разорении его Наливайкой есть еще один акт в Историко-Юридич. материалах, извлеченных из Витебского Архива. Сазонова. VIII № 10. Вообще для казацкого восстания 1596 года см. Listy Stanisława Żółkiewskiego. Krakow. 1868. «Хронологическая опись исторических документов Несвижского Архива» указывает на значительное количество документов, относящихся к казацкому восстанию 1595–1596 гг. Летопись занятий Археогр. Комиссии. Спб. 1871.
Г. Кулиш в последнем своем сочинении «Отпадение Малороссии от Польши» пытается объяснить происхождение Днепровского казачества; но порывами своей фантазии и своими домыслами еще более его затемняет. Также мало достоверны его рассказы вообще о судьбах казачества в XVI веке и первых казацких бунтах; ибо он или совсем не указывает своих источников, или ссылается на них глухо и без всякой критики (Чт. О. Ист. Др. 1888. Кн. 2). Вопрос о генетической связи Днепровского казачества с древними обитателями южной Киевской украйны, полуобрусевшими народцами, Торками, Берендеями и вообще Черными Клобуками, я пока оставлю в стороне, по недостатку фактических данных и предварительных историко-критических исследований. О некоторых связях и симпатиях казачества с православной западнорусской мелкой шляхтой («околичною»), служившей также опорой православию и Русской народности, см. «Акты о происхождении шляхетских родов в юго-западной России». Предисловие В. В. Антоновича (Архив Ю. 3. Рос. Ч. IV. Киев. 1867). Вопрос о значении- церковной унии в казацких восстаниях уже давно обратил на себя внимание историков. По сему поводу см. заметку С. М. Соловьева в Библиограф. Записках Афанасьева. 1858 г., № 9. Соловьев склоняется к участию унии в этих движениях. Восстание Косинского произошло еще до Брестской унии; но в антипатиях к Польскому правительству, несомненно, участвовал и вероисповедный мотив. А к движению Наливайки, очевидно, присоединилось и брожение, вызванное явными приготовлениями к унии.