Спустя несколько дней во Псков прибыли с передовым военным отрядом московские воеводы: князь Петр Великий, Хабар и Челяднин, и начали приводить граждан к присяге. За ними следовал сам государь с главными силами. Псковские посадники, бояре и дета боярские отправились встречать его в селение Дубровну, т. е. на самую границу своей земли. 24 января в четверг Василий Иванович вступил во Псков. Граждане вышли к нему на встречу за три версты от города и ударили ему челом в землю. Василий спросил их о здоровье.
— «Ты бы, государь, наш князь великий, царь всея Руси, был здоров!» — получил он в ответ.
Прибывший наперед его коломенский владыка Вассиан Кривой сказал псковским священникам, что великий князь не велел им выходить далеко к нему на встречу со крестами. Поэтому духовенство ожидало его со крестами на Торговой площади. Тут Василий слез с коня, принял благословение от владыки и отправился с своею свитою в собор Св. Троицы, где отслужили молебен и пропели многолетие государю. После чего владыка Вассиан, осенив великого князя крестом, сказал:
— «Да благословит тебя Господь Бог, Псков вземши».
Услыхав такое приветствие, бывшие в церкви псковичи оскорбились и горько заплакали. Очевидно, москвичи не ценили их покорность и относились к ним как к побежденному неприятелю. «Бог волен, да государь, а мы изстари были отчиною его отцов и дедов, и прадедов!» — говорили граждане.
Но мера их страданий еще далеко не исполнилась.
В ближнее воскресенье, 27 января, великий князь позвал на свой двор псковских посадников, детей посадничьих, бояр, купцов и житьих людей, говоря: «хочу вас жаловати своим жалованьем». Когда псковичи собрались на двор, повторилось то же, что произошло в Новгороде. На крыльце стоял князь Петр Васильевич Великий, бывший прежде наместником во Пскове и, следовательно, хорошо знавший лучших людей: он выкликал поименно посадников, бояр и старейших купцов, приглашая их войти в гридню. Там вошедших московские бояре немедленно «отдавали за приставы», т. е. под стражу московским детям боярским. А молодшим людям, оставшимся на дворе, Петр Васильевич сказал: «до вас государю дела нет, а до которых государю дело есть, тех он к себе емлет того для, что вы бивали на них челом не одинакова, что вам от них чинится продажа и сила великая, а вас государь пожалует грамотою своею жалованною, как вам вперед жити». С тем отпустил их со двора. Лучшим же людям, задержанным в гридне, объявлено, что «во Пскове им оставаться непригоже по причине многих на них жалоб и что государь жалует их своим жалованьем в Московской земле». На другой же день их с женами, детьми и легким имуществом отправили в Москву в сопровождении отряда боярских детей. С ними посланы также жены и дети тех псковичей, которые были прежде задержаны в Новгороде. Всего тогда выведено было из Пскова 300 семей. На место их во Псков переведено было столько же семей из торгового сословия разных московских городов. При самом размещении их во Пскове приняты такие меры, которые лишали его всякой возможности затеять какое-либо возмущение против московского государя, подобное новгородскому 1480 года. Во-первых, псковский детинец или Кром (т. е. Кремль) был совершенно очищен от построек или клетей, наполненных частным имуществом (которое хранилось здесь для большей безопасности). На их месте назначено построить государев двор и его хлебные житницы. Далее, в Среднем городе, примыкавшем к Домонтовой стене детинца, все дворы отобраны также на государя и розданы переселенцам из Москвы, а прежние их обитатели переведены в Окольний город и на посад. В Среднем же городе помещены были дворы московских наместников, а при них, в виде гарнизона, тысяча московских боярских детей и пятьсот новгородских Пищальников. Сообразно с этою мерою уничтожен и главный городской торг, находившийся в Среднем городе. Вместе с тем изменены и самые условия торговли: прежде во Пскове торговля была свободная; в городе не было застав или колод для взимания пошлин с привозимых товаров, а теперь московские гости, по приказу великого князя, установили московскую тамгу; въезды и выезды стали охраняться московскими пищальниками и воротниками. Деревни псковских бояр, сведенных в Москву, великий князь роздал своим боярам и служилым людям. Во Пскове он посадил двух наместников, Григория Федоровича Морозова и Ивана Андреевича Челяднина, и двух дьяков — Мисюря Мунехина и Андрея Волосатого; назначил 12 городничих, которые заведовали городскими укреплениями, огнестрельным снарядом, пищальниками и воротниками (вероятно, двух для Пскова, а остальных — для его десяти пригородов). Кроме того, определил 12 старост из коренных обывателей и столько же из новых, т. е. московских переселенцев. Эти 24 человека должны были но очереди присутствовать на суде наместников и их тиунов. В память псковского взятия Василий Иванович кол ел соорудить тут церковь во имя Ксении, ибо он прибыл во Псков в день ее памяти. Целые четыре недели он прожил здесь, перестраивая старую вечевую общину на московский лад. На второй неделе поста в понедельник Василий наконец выехал из Пскова, причем захватил с собою и другой, меньший, вечевой колокол или так называемый Корсунский вечник.