Далее началась военная подготовка. Караваев вспоминал: «За неделю базирования в Гдове курсанты и красноармейцы, назначенные комендорами, сумели научиться стрелять из орудий по береговым и воздушным целям… Тренировки частенько прерывались воздушными налетами, и тогда начинались боевые стрельбы. Огонь по берегу отрабатывали на реальных целях».
Тем временем войска немецкой группы армий «Север» продолжали наступать и к середине июля уже продвигались по берегам Чудского озера. Незанятыми оставались лишь северный и северозападный берег. 17 июля флотилия отошла в исток реки Нарва, к поселку Васкнарва. Впрочем, где именно находится противник, никто не знал. По воспоминаниям Караваева, положение на фронте представлялось весьма туманно. Фактически моряки действовали по принципу «Увидел на берегу немца – пали!». Корабли обстреливали прибрежные дороги и деревни, хотя из-за малого количества стволов этот огонь был малозаметен. 17 и 18 июля канонерки и пароходы участвовали в эвакуации из района Гдова окруженных частей 118-й стрелковой дивизии.
19 июля кораблям пришлось отойти к эстонскому городку Муст-веэ, расположенному на северо-западном берегу озера. При этом из-за мелководья там к причалам смогли подойти только катера, все остальные же бросили якоря на рейде. 20 июля канонерские лодки «Нарва», «Эмбах» и «Исса» обстреливали прибрежное шоссе, на котором «наблюдалось оживленное движение автотранспорта противника». Проверить результаты стрельб не представлялось возможным. Другие корабли и катера в эти дни вели разведку побережья, занятого немцами, и доставляли оружие партизанам. Батальонный комиссар Караваев затем рассказывал: «Можно понять, как ценилась каждая возможность задержать продвижение противника хотя бы до того момента, пока к Луге и Кингисеппу будут выдвинуты наши войска, а на ближних подступах к Ленинграду не возведут оборонительные рубежи».
В это время Чудская военная флотилия фактически оказалась в тылу противника. Германское командование видимо обеспокоилось поступавшими от пехоты данными, что у берегов появляются какие-то уродливые корабли и палят по тыловым частям и обозам, мешают солдатам купаться. Поскольку создавать свою флотилию на озере немецкое командование не торопилось, то разделаться с русскими было поручено авиации.
Утром 22 июля над рейдом гавани Муствеэ появился самолет-разведчик, а чуть позднее три группы бомбардировщиков одна за другой атаковали корабли ЧВФ. Затем после 12.00 рейд бомбили и обстреливали шесть Bf-110F. В результате были потоплены две баржи с продовольствием, а все три канонерские лодки получили сильные повреждения. На «Иссе» и «Нарве» погибли все артиллерийские расчеты, а на «Эмбахе» полег весь комсостав. Еще на трех кораблях флотилии были убиты командиры и многие артиллеристы. По самолетам вели огонь из 45-мм пушек и винтовок, но эта пальба не причинила тем никакого вреда.
После завершения налетов командующий флотилией капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов, не надеясь больше на свою слабую ПВО, приказал рассредоточить корабли в устьях речек, замаскировав их ветками и рыболовными сетями. В последующие дни налеты повторились. 23 июля были потоплены канонерская лодка «Нарва» и посыльное судно «Уку», на остальных были разбиты все палубные надстройки, повреждены рулевые устройства, борта пробиты десятками осколков. На «Иссе» после двух суток бомбардировок из 48 человек личного состава в строю остались всего семеро.
Продвижение германских войск и налеты авиации заставили командование флотилии принять решение о затоплении вспомогательных судов и плавсредств и отходе остатков основных сил из Муствеэ. Канонерки «Исса» и «Эмбах», а также плавбаза «Плюсса» на буксире перешли на 20 км к северо-западу к устью реки Ранна-Пунгерн. Кроме них, в составе флотилии еще оставались два буксира, баржа с бензином и несколько катеров.
Уже на новой стоянке суда были снова атакованы самолетами Люфтваффе, и «Плюсса» получила тяжелые повреждения. 1 августа все оставшиеся были затоплены своими командами на мелководье. С плавбазы «Плюсса» и канонерки «Исса» сняли пушки и передали их частям 8-й армии. На сем история ЧВФ могла бы и закончиться…
Однако через несколько дней советское армейское командование спохватилось, что несколько поспешило с затоплением кораблей флотилии. Морякам пришлось поднять с грунта и снова ввести в строй канонерскую лодку «Эмбах» и несколько катеров. На них снова поставили вооружение!