Тем временем для развития в стране производства кислорода было решено создать в составе Министерства черной металлургии СССР Главное управление по кислороду — Главкислород. Правительство предложило академику Капице пост начальника этого главка и председателя технического совета. Это был редкий случай в практике, когда знаменитого ученого-физика пригласили занять ответственную должность в государственном аппарате. Капица согласился. Он представлял себе Главкислород как организацию особого рода, объединяющую науку и промышленное производство, основанное на научных достижениях.
В 1942 году произошло событие, о котором стало известно лишь много лет спустя. П.Л. Капицу, А.Ф. Иоффе и В.И. Вернадского срочно вызвали в Москву для участия в очень важном секретном совещании. Первый раз ученые и представители правительства обсуждали конкретно вопрос о создании советского атомного оружия. Участники совещания должны были решить, кого назначить руководителем «атомной проблемы». А.Ф. Иоффе сразу же предложил поручить это его ученику — И.В. Курчатову.
Как показало время, выбор был сделан правильно. Курчатов проявил себя выдающимся научным руководителем и организатором огромного коллектива ученых, конструкторов, инженеров и техников — участников работ по «атомной проблеме», завершившихся полным успехом.
Капица не участвовал в этой работе непосредственно. Но Курчатов обращался к нему за консультациями по отдельным вопросам.
Еще до окончания войны, летом 1943 года. Институт физических проблем возвратился из эвакуации в Москву. Переезд из Казани, как и отъезд туда, был неимоверно труден и потребовал больших усилий всего штата, которому пришлось вторично демонтировать оборудование, упаковывать его и грузить в эшелон.
Эта задача была успешно выполнена. Вновь, как и прежде, в корпусах на Воробьевском шоссе закипела работа. Капица и его сотрудники сумели быстро восстановить нормальный ход работы института и приступить к прерванным войной исследованиям. Конечно, одновременно институт продолжал заниматься промышленными и оборонными задачами — война еще продолжалась.
Капица вернулся к своим делам, в том числе и не связанным непосредственно с Институтом физических проблем. К ним относились различные совещания, консультации, экспертизы и т.д. Некоторые из этих мероприятий имели большое государственное значение. Другие затрагивали отдельные важные и интересные вопросы, главным образом относящиеся к изобретениям, технологии, учебной работе.
В сентябре 1943 года Комитет по делам кинематографии обратился в Институт физических проблем с просьбой дать заключение на новое изобретение «интегрального экрана». Изобретателями этого важного устройства для стереоскопического кино были два талантливых инженера С.П. Иванов и А.Н. Андриевский.
Просьба была выполнена, и Капица направил в Комитет по делам кинематографии два заключения — свое и Л.Д. Ландау.
Вот что он писал по поводу интегрального экрана: «Я сам также ознакомился с этим делом (официальным экспертом был Ландау. — Ф. К.) и нахожу, что пионеры нашего стереоскопического кино Иванов и Андриевский добились результатов, превосходящих результаты, известные нам заграницей. Хочу отметить, что с моей точки зрения, работы тов. Иванова и тов. Андриевского необходимо всячески поддерживать и предоставить им все материально-технические средства для наиболее успешного их развития, а также, если есть возможность, зафиксировать наш приоритет в этой области».
Этот отзыв приведен в виде примера той работы Капицы, которая в значительной мере способствовала признанию некоторых важных результатов науки и техники. Таких примеров множество, и все они свидетельствуют о прогрессивности Капицы, его постоянной заинтересованности в нашем научном и техническом развитии.
Вскоре после окончания войны в силу сложившихся обстоятельств П.Л. Капица был вынужден оставить работу в созданном им институте. Хотя ученый тяжело переживал это, он ни на мгновение не изменил своим научным и человеческим принципам.
Капица приступает к оборудованию личной лаборатории на своей даче на Николиной горе под Москвой.