Несколько иерархов во главе с митрополитом Ефесским отказались подписать эти определения и тут же их опротестовали в самой резкой форме. Заметим, что Марк Евгеник, митрополит Ефесский, явился самым горячим защитником Православия на этом соборе. Его непреклонность вынудила даже Иоанна VII запретить Марку являться на заседания. Ученость Марка была настолько велика, что, когда папа Евгений узнал, что митрополит не подписал соборный акт, он воскликнул с досадой: "Значит, мы ничего не достигли!" По возвращению греческой делегации в Византию Иоанн VII предложил Марку патриаршество, но митрополит непременным условием поставил немедленное полное отвержение унии и тем дело кончилось.
Исидор же выказал себя ревностным сторонником унии, каковую подписал за Русскую Церковь и за патриарха Досифея I Антиохийского (1453—1462), имевшего несчастье ему довериться. Другим ярым приверженцем унии, кроме Исидора, оказался митрополит Виссарион Никейский; вскоре оба за это получили кардинальское достоинство от папы.
Епископ Авраамий Суздальский унии не подписал и был за это посажен в тюрьму разгневанным Исидором. Другой спутник его — Симеон — оставил интересное описание Флорентийского Собора под названием: "Повесть инока Симеона, иерея Суздальца, како Римский папа Евгений составил осмый собор67 с своими единомышленники". Симеон строго осуждает Исидора и был им гоним за свое сопротивление. Он пишет: "Исидор митрополит остался в Венеции и пересылался (переписывался) с папой, да, ходя по божницам, приклякал (приседал) по фряжски и нам приказал то же делати; но я много раз с ним спорил и он меня держал в большой крепости. Тогда я, видя такую неправду и великую ересь, побежал в Новгород, а из Новгорода в Смоленск". Смоленский князь выдал, однако, Симеона Исидору, который посадил инока в тюрьму и заковал в кандалы; там он просидел целую зиму в одной свитке, босым, пока из Смоленска не был отправлен в Москву ("Сборник библ. гр. Уварова", с. 408). Так вероломный митрополит думал закрыть рот спутникам, свидетелям его измены.
Как было нами рассказано в 1-й части, император был нагло обманут папой: помощь Рима выразилась в обещании ежегодного пособия в 12.000 дукатов для найма отряда в триста человек на охрану столицы, причем деньги должны были быть выданы при условии действительного проведения унии в жизнь в Константинополе. Получилось то же, что и с Лионской унией 1274 г.: греческий народ и духовенство в самой резкой форме осудили унию, как предательский акт, а епископы сразу покаялись публично, оправдываясь тем, что их насильно принудили подписать. Еще будучи в Венеции, епископы служили, не прибавляя к Символу "филиокве" и не поминая папу. Латинский архиерей вернулся в Рим в феврале 1440 г. и известил папу о полном провале унии, так как униатами остались лишь император и несколько придворных, а униатский преемник Иосифа — Митрофан II (1440—1443)68, не получил никакой поддержки среди духовенства. Вскоре, как известно, патриархи торжественно прокляли унию, низложили Митрофана, а Константинопольский Собор 1484 года признал латинян еретиками второй категории .
Вернемся к Исидору. Сразу после Собора папа даровал ему титул "Легата от ребра апостольского" в землях Лифляндских, Литовских и Русских. Евгений IV писал Василию II следующее, указывая на роль Исидора в Соборе: "Для этого соединения Церквей мы получили большую помощь и труд от всечестнаго брата нашего Исидора, твоего митрополита Киевскаго и всея Руси, легата Апостольскаго Престола, славно потрудившагося для единства".
Заметим, что отцы Базельского Собора, заседавшие вопреки Евгению IV, заклеймили его Ферраро-Флорентийский Собор как незаконный и антиканонический. Получив особые полномочия, Исидор только в октябре 1440 г. прибыл в Литву, где стал вести тайную латинскую пропаганду. Лишь в апреле 1441 г. он вернулся в Москву. Въезд его был торжественный: впереди несли четыреконечный латинский крест, затем три серебряные палицы. Была Вербная неделя. Исидор в первое же свое служение в Успенском соборе велел вместо Вселенских Патриархов поминать папу, а себя величать папским легатом. После литургии он приказал огласить грамоту о соединении Церкви под главенством Рима. Можно себе представить возмущение, вызванное таковыми действиями! Узнав, что Исидор учит, что Св. Дух исходит от Отца и Сына, что можно служить на опресноках и т.д., Василий II стал гневно обличать изменника и назвал его "латинским ересным прелестником" и "волком в овечьей шкуре". Митрополита свели с его двора и посадили в Чудов монастырь под стражу. В Москве был созван Собор в 1441 г., из епископов, архимандритов, игуменов и монахов; Русская Церковь первая заклеймила Флорентийскую псевдоунию и лишила сана Исидора, справедливо рассудив, что случившееся в Италии отвергается как дело рук папы и несогласное с православным вероучением.